石川昌和 | Masakazu Ishikawa | いしかわまさかず

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Slidenoteがかなりいい感じ

10月 31, 2022

SlideNoteというものを買ってみた。ファイルなんだけど、A4の紙をはさんでカチッとすれば、冊子のようになる。僕のように大量の紙二メモをするときにはかなり重宝する。今までは自分でパンチに穴を開けていたんだけど、それも面倒なので、これはとてもいいかもしれない。

Photo by Pawel Czerwinski on Unsplash 1. Seuratのインストールまず、RにSeuratをインストールしないといけません。Seuratの他にHdf5ファイルを読み込むためのhdf5rもインストールしましょう。インストールのコマンドは以下です。 Biocondaでインストール（おすすめ）何かをインストールするとき、Biocondaでインストールできればそれが一番簡単です。ターミナルの画面で、R環境に入ってない状態で、以下のコマンドを入力します。 R環境下でインストール Biocondaじゃなくても、Rのinstall.packagesコマンドでSeuratをインストール可能です。ターミナルで”R”と入力すると、Rの環境に入るはずです。R環境下で以下のコマンドを入力します。上記のいずれかで、Seuratがちゃんとインストールされたかを確認するにはR環境下で、以下のコマンドを入力します。このコマンドを入力して何もエラーが出なければちゃんとSeuratがインストールされ、呼び出されています。いよいよ本番の解析です。現在、singleセルシーケンスの多くは10x Genomics社のChromiumプラットフォームを用いて行われています。なので、今回は10x Genomics社の解析ツールCellrangerで解析された出力ファイルを用いて解析を行います。練習用データをダウンロード 10x Genomics社のウェブサイトにデータセットがあるので、今回は 5k Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMCs) from a Healthy Donor (v3 chemistry) のデータを使いたいと思います。必要なデータは、 Feature / cell matrix HDF5 (filtered) です。hdf5形式と呼ばれるファイルです。まずこのファイルをwgerもしくはcurlでダウンロードします。こちらはR環境下ではうまくいきませんので、q()でRから抜けてください。その後に、これで5k_pbmc_v3_filtered_feature_bc_matrix.h5というファイルがダウンロードされました。再びR環境下で、そのファイル...

RのShinyでアプリケーションを作る方法

10月 31, 2022

1. 構造 Shinyは大きく、３つの構造になっています。 #R #User interface ui <- fluidPage() #analysis server <- function(input, output) {} #execute shiny app(ui = ui, server = server) 2. ui 2.1 navbarPage()の中にtabPanelを作る navbarPage(“navibar”, tabPanel(“Upload”,), tabPanel(“Result”,), ) 2.2 Sidebarのレイアウト sidebarLayout( sidebarPanel()) Server

medium経由でブログを書くことにした

10月 31, 2022

Photo by Kilimanjaro STUDIOz on Unsplash IFTTTの機能を使って、ブログをmediumでかき、Bloggerに転送することにした。普通にIFTTTを使うとmedium -> bloggerはただのリンクになってしまうので、mediumの記事をRSSにして、RSS -> bloggerにした。mediumのほうがかなり書きやすい気がする。