石川 昌和 | Masakazu Ishikawa

私は共生関係がどのように進化してきたのか興味があります。共生関係の進化に関する僕の知識や考えをまとめていきます。 I am interested in how symbiotic relationship evoles. This page curate my knowledge and thought.

僕の歴史について書いていきます。 I am writing about my history.

Single-cell sequencingに関しての僕の知識や考え方をまとめています。 I am curating and summarizing single-cell sequencing.

飛行機を使わずに、陸路だけで世界を旅してきます。 I am traveling around the world without an airplane. #project

主に大阪近郊で、外国のレストランに行って海外旅行気分を味わうことが目的です。 I go to Foreign restaurants around Osaka and feel foreign countries.

BiopythonでFASTAファイルの改行を削除する #Biopython import sys from Bio import SeqIO def delete_LF(fasta_file):     for record in SeqIO.parse(fasta_file, "fasta"):         desc = record.description         seq = str(record.seq)         print(">{0}\n{1}".format(desc, seq)) if __name__ == '__main__':     fasta = sys.argv[1]     delete_LF(fasta)

ASUS Chromebook C101PA #item

IUPAC nucleotide code IUPAC nucleotide code Base A Adenine C Cytosine G Guanine T (or U) Thymine (or Uracil) R A or G Y C or T S G or C W A or T K G or T M A or C B C or G or T D A or G or T H A or C or T V A or C or G N any base . or - gap #biology

VDJの VDJのfastaファイルはこのサイトにまとめてある。 http://www.imgt.org/vquest/refseqh.html#VQUEST 格納されているのはコーディングシーケンスである。 例えば、人のTCRの情報は以下の通りある。 TRAV http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/TR/TRAV.fasta TRAJ http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/TR/TRAJJfasta TRBV http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/TR/TRBV.fasta TRBD http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/TR/TRBD.fasta TRBJ http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/TR/TRBJ.fasta IGHV http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/IG/IGHV.fasta IGHD http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/IG/IGHD.fasta IGLV http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/IG/IGLV.fasta IGLJ http://www.imgt.org/downlo