google cloud engine でFastqのTrimmingをするならseqkitがおすすめ

僕のパソコンが容量がしょぼくてHiseq dataの解析ができなくなった。代わりにGoogle cloud platformを使おうと決めたのだが、これがけっこうむずかしい。なんとかインスタンスを立ち上げ、Google cloud engineで解析をしようとしているところ。

Fastqファイルをアップロードし、Trimmingを行おうとするがなかなかうまくいかない。今一番使われているであろうTrimmomaticはJavaの下で動くので、Javaを入れなければいけないのだけど僕のポンコツな知識だとできない。古いFastx-toolkitを使おうとも思ったが、これもインストールのやり方がわからない。今まで何気なくMakeとかしてたから、今回もうまくいくと思ったがうまくいかなかった。

そんなときの強い味方がseqkit。これなら、これをダウンロードすればすぐ使える。いやーありがたい。しかしなんでみんなこういう単純なものにしないのかね。解析する人の時間の１０％はインストールに時間がとられている気がするよ。