CellrangerでCITE-seq解析をする
パイプラインはまず、普通のGene expressionの解析をする。その次に、Feature Barode referenceをもとにFeature Barcodeの解析をする。Feature-barcode matrix output filesにかかれている。
2つのインプットが必要
１．libraries.csv --libraries フラッグのあとにつける。
これは、Gene expressionのFastqか、Feature barcodeのFastqを指定するファイルである。
中身はこういう感じ
fastqs,sample,library_type
/path/to/pbmc_1k_protein_v3_fastqs/pbmc_1k_protein_v3_antibody_fastqs, pbmc_1k_protein_v3_antibody,Antibody Capture
/path/to/pbmc_1k_protein_v3_fastqs/pbmc_1k_protein_v3_gex_fastqs, pbmc_1k_protein_v3_gex,Gene Expression
とかく。
真ん中のFastqは
GEX_sample1_S0_L001_001.fastq.gz
の場合は、
GEX_sample1
とかく
２．Feature Reference CSV --feature-refがフラッグ。
中身はこういう感じ
（Totalseq-Cの場合）
id name read pattern sequence feature_type
CD3 CD3_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN CTCATTGTAACTCCT Antibody Capture
CD19 CD19_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN CTGGGCAATTACTCG Antibody Capture
CD45RA CD45RA_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN TCAATCCTTCCGCTT Antibody Capture
CD4 CD4_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN TGTTCCCGCTCAACT Antibody Capture
CD8a CD8a_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN GCTGCGCTTTCCATT Antibody Capture
CD14 CD14_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN TCTCAGACCTCCGTA Antibody Capture
CD16 CD16_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN AAGTTCACTCTTTGC Antibody Capture
CD56 CD56_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN TTCGCCGCATTGAGT Antibody Capture
CD25 CD25_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN TTTGTCCTGTACGCC Antibody Capture
CD45RO CD45RO_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN CTCCGAATCATGTTG Antibody Capture
PD-1 PD-1_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN ACAGCGCCGTATTTA Antibody Capture
TIGIT TIGIT_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN TTGCTTACCGCCAGA Antibody Capture
IgG1 IgG1_control_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN GCCGGACGACATTAA Antibody Capture
IgG2a IgG2a_control_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN CTCCTACCTAAACTG Antibody Capture
IgG2b IgG2b_control_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN ATATGTATCACGCGA Antibody Capture
CD127 CD127_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN GTGTGTTGTCCTATG Antibody Capture
CD15 CD15_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN TCACCAGTACCTAGT Antibody Capture
cellranger count --id=sample345 \
--transcriptome=/opt/refdata-cellranger-GRCh38-3.0.0 \
--fastqs=/home/jdoe/runs/HAWT7ADXX/outs/fastq_path \
--sample=mysample \ --expect-cells=1000
#biology
2つのインプットが必要
１．libraries.csv --libraries フラッグのあとにつける。
これは、Gene expressionのFastqか、Feature barcodeのFastqを指定するファイルである。
中身はこういう感じ
fastqs,sample,library_type
/path/to/pbmc_1k_protein_v3_fastqs/pbmc_1k_protein_v3_antibody_fastqs, pbmc_1k_protein_v3_antibody,Antibody Capture
/path/to/pbmc_1k_protein_v3_fastqs/pbmc_1k_protein_v3_gex_fastqs, pbmc_1k_protein_v3_gex,Gene Expression
とかく。
真ん中のFastqは
GEX_sample1_S0_L001_001.fastq.gz
の場合は、
GEX_sample1
とかく
２．Feature Reference CSV --feature-refがフラッグ。
中身はこういう感じ
（Totalseq-Cの場合）
id name read pattern sequence feature_type
CD3 CD3_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN CTCATTGTAACTCCT Antibody Capture
CD19 CD19_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN CTGGGCAATTACTCG Antibody Capture
CD45RA CD45RA_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN TCAATCCTTCCGCTT Antibody Capture
CD4 CD4_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN TGTTCCCGCTCAACT Antibody Capture
CD8a CD8a_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN GCTGCGCTTTCCATT Antibody Capture
CD14 CD14_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN TCTCAGACCTCCGTA Antibody Capture
CD16 CD16_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN AAGTTCACTCTTTGC Antibody Capture
CD56 CD56_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN TTCGCCGCATTGAGT Antibody Capture
CD25 CD25_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN TTTGTCCTGTACGCC Antibody Capture
CD45RO CD45RO_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN CTCCGAATCATGTTG Antibody Capture
PD-1 PD-1_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN ACAGCGCCGTATTTA Antibody Capture
TIGIT TIGIT_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN TTGCTTACCGCCAGA Antibody Capture
IgG1 IgG1_control_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN GCCGGACGACATTAA Antibody Capture
IgG2a IgG2a_control_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN CTCCTACCTAAACTG Antibody Capture
IgG2b IgG2b_control_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN ATATGTATCACGCGA Antibody Capture
CD127 CD127_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN GTGTGTTGTCCTATG Antibody Capture
CD15 CD15_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN TCACCAGTACCTAGT Antibody Capture
cellranger count --id=sample345 \
--transcriptome=/opt/refdata-cellranger-GRCh38-3.0.0 \
--fastqs=/home/jdoe/runs/HAWT7ADXX/outs/fastq_path \
--sample=mysample \ --expect-cells=1000
#biology