無題のドキュメント

10x Genomicsのウェブサイトでは、複数のPBMCのSingle cell RNA-seqの結果をマージしたデータが載っている。6万細胞強のデータである。

https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/datasets/3.1.0/5k_pbmc_NGSC3_aggr?

このLoupeを開くと以下のクラスタリングが表示される。

t-SNE

UMAP

マーカーを頼りに、Subsetを決定していく。

まずはCD３

t-SNE

UMAP

どちらでもよさそうだが、UMAPのほうが見やすいので今後UMAPのみの表示にする。

次はCD１９

NCAM1

CD14

ということで、このPBMCの図の構成は以下のようになったと考えられる。

真ん中はミトコンドリアの遺伝子が多かったことから、死細胞だと思われる。

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