fastqを横一列に並べる
Before
@SEQ_ID
GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT
+
!''*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*''))**55CCF>>>>>>CCCCCCC65
After
@SEQ_ID GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTT + !''*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*''))**55CCF>>>>>>CCCCCCC65
上だとよくわからないけど、改行がタブになってます。
コマンド
for i in 1 2; do for j in 1 2 3 4; do zcat FASTQ_S1_L001_R${i}_001.fastq.gz | awk '{if(NR%4==$j){print}}' > R${i}-${i}; done; done
paste R1-1 R1-2 R1-3 R1-4 > R1
paste R2-1 R2-2 R2-3 R2-4 > R2
これが賢いやり方だとは思えないけど・・・