Cellrangerの使い方

インストール

Cellranger

以下のリンクからダウンロードできます。2022年１月時点で最新は6.1.2です。

curl -o cellranger-6.1.2.tar.gz "https://cf.10xgenomics.com/releases/cell-exp/cellranger-6.1.2.tar.gz?Expires=1642354921&Policy=eyJTdGF0ZW1lbnQiOlt7IlJlc291cmNlIjoiaHR0cHM6Ly9jZi4xMHhnZW5vbWljcy5jb20vcmVsZWFzZXMvY2VsbC1leHAvY2VsbHJhbmdlci02LjEuMi50YXIuZ3oiLCJDb25kaXRpb24iOnsiRGF0ZUxlc3NUaGFuIjp7IkFXUzpFcG9jaFRpbWUiOjE2NDIzNTQ5MjF9fX1dfQ__&Signature=jI-QeysdAnQn9ASLbuS79yah4TK3-L-oQ0aC6-bEar291OiFnztL0ozAKyXcCxw8G0-3Q3JbnTbVmBkq82GwK7qYSNu4hxb~6Ui00Oogd3GiEVnLlt~IHvF~4PfJ-f3LkXhFFco8N9BlF0oy7uAcWg8-PzJP8~doBCa9Ya316W1K~~yjsiJcX3qA1MIzveVUsIByrt8PC2rjf~TPzsuu~83rS75bOPCQ~QiLEOxGszeRO2wKuxmsSzBFYaMnKD1dX2-IBbUtU7Ywpud5XC-~YDW4UxJBb500AoziDStWYshDlKnhcTaBQIJG5QmUT4sPIGSfEr4UV65i1WTCUp4Wdw__&Key-Pair-Id=APKAI7S6A5RYOXBWRPDA"

Reference

現在HumanとMouse用が用意されています。さらにそれぞれGene expression（GEX）用とTCR・BCRなどのVDJ用が用意されています。

Human

GEX

curl -O https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp/refdata-gex-GRCh38-2020-A.tar.gz

VDJ

Mouse

GEX

curl -O https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp/refdata-gex-mm10-2020-A.tar.gz

VDJ

解析

cellranger \ 
count \ #必須。MappingをするというArgument
--id=sample345 \ #必須。アウトプットファイルが格納されるディレクトリの名前。すでにディレクトリが存在しているとエラーになる。
--transcriptome=/opt/refdata-gex-GRCh38-2020-A \ #必須。前述のリファレンスのPath
--fastqs=/home/jdoe/runs/HAWT7ADXX/outs/fastq_path \　#必須。fastqが格納されているディレクトリのPath
--sample=mysample \#必須。fastqの名前。〇〇_S1_L001_R1_001.fastq.gz　というfastqの〇〇の部分だけで良い