Seurat Diskのインストール

GitHub - mojaveazure/seurat-disk: Interfaces for HDF5-based Single Cell File Formats

上記を参照

R上でインストール

if (!requireNamespace("remotes", quietly = TRUE)) {
  install.packages("remotes")
}
remotes::install_github("mojaveazure/seurat-disk")

Seurat DiskをR上で起動してみる

library(SeuratDisk)

しかしエラーとなる

エラー: package or namespace load failed for 'SeuratDisk' in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]):
 名前空間 'htmltools' 0.5.3 は既にロードされましたが、>= 0.5.4 が要求されています

どうやらhtmltoolsを最新にしないといけないらしい。ということでhtmltoolsを再インストール

install.packages('htmltools')

するとこういう警告が出る。ここで”No”を選択する。”Yes”を選択すると何故かエラーになる。

htmltoolsがインストールされると、Seurat Diskを起動する。起動成功。

> library(SeuratDisk)
Registered S3 method overwritten by 'SeuratDisk':
  method            from  
  as.sparse.H5Group Seurat