10x GenomicsのSingle Cell Gene Expression Flex（Fixed RNA…
10x GenomicsのSingle Cell Gene Expression Flex（Fixed RNA Profiling）kitを用いて生成されたfastqファイルをCellrangerにかける
詳しい説明は本家に書いてある
Fixed RNA Profiling with cellranger multi
まず、Cellrangerはversion 7 以上が必要。最新のCellrangerは以下からダウンロード可能。
Downloads -Software -Single Cell Gene Expression -Official 10x Genomics Support
2023年1月4日時点では、7.1.0が最新なので、7.1.0をダウンロード、解凍する。
curl -o cellranger-7.1.0.tar.gz "https://cf.10xgenomics.com/releases/cell-exp/cellranger-7.1.0.tar.gz?Expires=1672841095&Policy=eyJTdGF0ZW1lbnQiOlt7IlJlc291cmNlIjoiaHR0cHM6Ly9jZi4xMHhnZW5vbWljcy5jb20vcmVsZWFzZXMvY2VsbC1leHAvY2VsbHJhbmdlci03LjEuMC50YXIuZ3oiLCJDb25kaXRpb24iOnsiRGF0ZUxlc3NUaGFuIjp7IkFXUzpFcG9jaFRpbWUiOjE2NzI4NDEwOTV9fX1dfQ__&Signature=ganq-ADIP~e4b1mAZhhYoSKjOU3VtGW9u~0Rrsat0oVon3Nr9dpim8uq5hzv2GkKV1i3LIIHXWWIPWjLBLdQd8r3M869R3FhLXtlGJsO1azgdFZyHJLijaW3By7gs9fWYK6wLgTHoa3JTW8vujv-5sZsld-TZJGwEua3NCOh2zrxAE7HFIWOzg95a3qt9AEr7ZNdWGab8gsShyNgIVGYUO2D-6kz9ppeZzUBVjpma6TstmKbxRiP5AFpgDnCcLaNezpo5GoiSv6thwQhpSiUujvUlZVWU7X2nEriQrIaikIwGyan4nHWWBlv691vjpfkHuqBXYNOXuOxF7yzJTl4Jw__&Key-Pair-Id=APKAI7S6A5RYOXBWRPDA"
#解凍
tar -xvf cellranger-7.1.0.tar.gz
# cellranger-7.1.0のディレクトリの中に入る
cd cellranger-7.1.0
cellranger-7.1.0というディレクトリができるので、その中の’cellranger’ というコマンドでcellrangerを実行できる。
Single Cell Gene Expression FlexのサンプルをCellrangerにかけるには、’Cellranger multi’というコマンドが必要。以下のようにコマンドを実行
cellranger multi --id xxxx --csv xxxxxx
--id
任意。64文字以下ならOK。idがそのままoutputのディレクトリ名になるので、自分でわかるidにするべき
--csv
作ったCSVのパスを入力する。どんなCSVが必要かは以下
csv
ここでは最低限必要なものだけ表示する。詳しくはhttps://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/pipelines/latest/using/multi-frp#template こちらを参照
[gene-expression]
reference,/cellranger_reference/refdata-gex-GRCh38–2020-A
probe-set,/cellranger/cellranger-7.1.0/probe_sets/Chromium_Human_Transcriptome_Probe_Set_v1.0.1_GRCh38–2020-A.csv
[libraries]
fastq_id,fastqs,feature_types
id_fastq,/path/to/fastq,Gene Expression
上から説明していく
reference
これはReferenceのPathを指定する
probe-set
プローブのセットを設定する。Cellrangerディレクトリの中に入っている
fastq_id
fastqの名前
fastqs
fastqファイルが存在するディレクトリのパス
feature_types
Gene Expression/Antibody Captureのどちらかである。大抵はGene Expression