10x Genomics社の解析ツールCellrangerの使い方

Cellrangerとは

cellrangerとは、10x Genomics社が提供するシングルセルRNA-seq解析パイプラインです。10x Genomics社のChromium kitを用いて生成されたシーケンスファイルは、基本的にCellrangerによって一時解析されます。
Chromium single cellデータを処理して、リードのアラインメント、フィーチャ-バーコードマトリックスの生成、クラスタリングと遺伝子発現解析を行う解析パイプラインのセットであることが特徴です。cellranger countは、cellranger mkfastqからのFASTQファイルを取り込み、アラインメント、フィルタリング、バーコードカウント、UMIカウントを実行します。

インストール

Cellranger

最新のバージョンのcellrangerは公式サイトから確認できます。下記は、2023年4月1日時点で最新のcellranger-7.1.0のインストールの仕方を説明します。

LinuxあるいはMacOSのターミナルから以下のコマンドを入力します。

curl -o cellranger-7.1.0.tar.xz "https://cf.10xgenomics.com/releases/cell-exp/cellranger-7.1.0.tar.xz?Expires=1681068024&Policy=eyJTdGF0ZW1lbnQiOlt7IlJlc291cmNlIjoiaHR0cHM6Ly9jZi4xMHhnZW5vbWljcy5jb20vcmVsZWFzZXMvY2VsbC1leHAvY2VsbHJhbmdlci03LjEuMC50YXIueHoiLCJDb25kaXRpb24iOnsiRGF0ZUxlc3NUaGFuIjp7IkFXUzpFcG9jaFRpbWUiOjE2ODEwNjgwMjR9fX1dfQ__&Signature=cEHZwmD94w8kB5x2ggFJ50UkhCsOyspNUCvW-lKW58JO~CoKMNRlCgjfUL2bdB4IJa-QXe5svBbXtzffZGIEh-xkYh7FXx2tqJtKfdiLrhnjin2UuZO8b3oRnPkNkPkizFEdU01ocrBSqjjxVA3pUCyauOtu1L~idWvdO8ijTDTdPrpKIaDwh~Qx9rNqlFPRyRrnloPx43hDgO2zgn8YctknJaWrhi076lb00YFtO2G0zPz4ZMsPasqX4iqZ5dwWBKLzicqAE0VFEL0eXpVkvM1acxHWwmFCTjruscr9MDX0B6DxD8ZRYiszYoF9488OjPI1q6b68cGQo3TBF7-JaA__&Key-Pair-Id=APKAI7S6A5RYOXBWRPDA"

その後、tarコマンドでcellranger-7.1.0.tar.xzを解答します。

tar Jxfv cellranger-7.1.0.tar.xz

すると、cellranger-7.1.0というディレクトリができます。cellrangerはそのディレクトリの中のcellranger-7.1.0/cellrangerです。
cellrangerのコマンドを実行して以下のような出力が出たら、cellrangerを使うことができます。

cellranger-7.1.0/cellranger

cellranger cellranger-7.1.0

Process 10x Genomics Gene Expression, Feature Barcode, and Immune Profiling data

  

USAGE:

cellranger <SUBCOMMAND>

  

OPTIONS:

-h, --help Print help information

-V, --version Print version information

  

SUBCOMMANDS:

count Count gene expression ...

referenceのダウンロード

あらかじめHumanとMouseのリファレンスが用意されています。以下でダウンロードします。

Human

curl -O https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp/refdata-gex-GRCh38-2020-A.tar.gz
# 解凍
tar -zxvf refdata-gex-GRCh38-2020-A.tar.gz 

Mouse

curl -O https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp/refdata-gex-mm10-2020-A.tar.gz
# 解凍
tar -zxvf refdata-gex-mm10-2020-A.tar.gz

Human + Mouse

curl -O https://cf.10xgenomics.com/supp/cell-exp/refdata-gex-GRCh38-and-mm10-2020-A.tar.gz
# 解凍
tar -zxvf refdata-gex-GRCh38-and-mm10-2020-A.tar.gz