Seuratのインストール方法 #rcommand

Seuratをインストールするには、以下の2つの方法があります。 <br> <br> # 1. Biocondaでインストール（おすすめ） Biocondaは、生物学研究で使用されるソフトウェアを簡単にインストールできるツールです。Biocondaを使用すると、Seuratだけでなく、Seuratの依存関係も自動的にインストールされます。 <br> <br> ## 手順 Bioconda: https://bioconda.github.io/ をインストールします。 ターミナルまたはコマンドプロンプトを開き、以下のコマンドを実行します。 <pre class="prettyprint lang=R"> conda install -c conda-forge seurat </pre> <br><br> # 2. R環境下でインストール R環境下でSeuratをインストールするには、install.packages()コマンドを使用します。 ## 手順 RまたはRStudioを開きます。 以下のコマンドを実行します。 <pre class="prettyprint lang=R"> install.packages("Seurat") </pre> <br> ## 注意事項 Rのバージョンが3.6.0未満の場合は、Seuratをインストールできない場合があります。Rのバージョンを確認するには、Rのコンソールで以下のコマンドを実行します。 <pre class="prettyprint lang=R"> R.version </pre> Seuratのインストールに時間がかかる場合があります。 インストール中にエラーが発生した場合は、以下のサイトを参考にしてください。 Seuratのインストール方法 - Satija Lab: https://satijalab.org/seurat/articles/install.html Seurat in Linux (インストール) - Qiita: https://qiita.com/Aiuthss/items/b4b900bc441fc90a8b8d <br> <br> # 補足 Seuratのインストール後、以下のコマンドを実行して、Seuratが正しくインストールされていることを確認できます。 <pre class="prettyprint lang=R"> library(Seurat) </pre> Seuratの使い方については、以下のサイトを参照してください。 Seuratの公式サイト: https://satijalab.org/seurat/ シングルセルシーケンス解析ツールSeuratの基本的な使い方 - Qiita: https://qiita.com/amufaamo/items/c185e7ff88c90b443946