Volcano PlotでManhattan distance（マンハッタン距離）を計算する方法 #rcommand #bioinformatics

Volcano plotでManhattan distanceを計算するには、以下の手順が必要です。 <br><br> # 1. データの準備 Volcano plotを作成するために必要なデータは以下の2つです。 - X軸: 各遺伝子の発現量 - Y軸: 各遺伝子のp値 <br><br> # 2. Manhattan distanceの計算 Manhattan distanceは、2つの点間の距離を、各座標軸の差の絶対値の合計として計算します。 Volcano plotにおけるManhattan distanceは、以下の式で計算できます。 Manhattan distance = |X1 - X2| + |Y1 - Y2| ここで、 - (X1, Y1) は、比較対象となる遺伝子の座標 - (X2, Y2) は、参照となる遺伝子の座標 <br><br> # 3. Volcano plotへの表示 Manhattan distanceを計算したら、Volcano plot上に表示します。 一般的には、Manhattan distanceが大きい遺伝子を、Volcano plotの右上に表示します。 <br><br> # 4. 統計分析 Manhattan distanceに基づいて、遺伝子発現とp値の関係を統計分析することができます。 例えば、t検定やWilcoxon signed-rank testを用いて、2つの群間のManhattan distanceの差が統計的に有意かどうかを検定することができます。 <br><br> # RによるManhattan distanceの計算例 <pre class="prettyprint lang=R"> #ライブラリの読み込み 　library(ggplot2) #データの準備 gene_expression <- c(1, 2, 3, 4, 5) p_value <- c(0.1, 0.2, 0.3, 0.4, 0.5) #Manhattan distanceの計算 manhattan_distance <- abs(gene_expression - mean(gene_expression)) + abs(p_value - mean(p_value)) #Volcano plotの作成 ggplot(data.frame(gene_expression, p_value, manhattan_distance), aes_string(x = "gene_expression", y = "p_value", color = "manhattan_distance")) + geom_point() + labs(x = "Gene expression", y = "-log10(p-value)", color = "Manhattan distance") </pre> コードは注意してご使用ください。 このコードを実行すると、Manhattan distanceに基づいて作成されたVolcano plotが表示されます。 <br><br> # 参考資料 - Volcano plot - Wikipedia: https://en.wikipedia.org/wiki/Volcano_plot - Manhattan distance - Wikipedia: https://en.wikipedia.org/wiki/Manhattan_distance