rsemの使い方

インストール

conda install bioconda::rsem -y

参考

https://anaconda.org/bioconda/rsem

Mapping

これはSTARを使う

STARのインストール

conda install bioconda::star -y

STARのIndexを作成

STAR \

--runMode genomeGenerate \

--genomeDir /path/to/index/INDEX \

--genomeFastaFiles /path/to/genomefasta/〇〇.dna.toplevel.fasta \

--sjdbGTFfile /path/to/gtf/〇〇.gtf \

--runThreadN 8

STARでMapping

STAR \

--genomeDir /path/to/index \

--readFilesIn read1.fastq.gz read2.fastq.gz \

--runThreadN 8 \

--readFilesCommand zcat \

--outSAMtype BAM SortedByCoordinate \

--quantMode TranscriptomeSAM GeneCounts

--quantMode TranscriptomeSAMが重要　GeneCountsはあってもなくてもいい。

RSEMのRUN

RSEMでインデックスを作成

rsem-prepare-reference \

--num-threads 8 \

--gtf /path/to/gtf/〇〇.gtf \

/path/to/fasta/〇〇.fasta \

rsem_reference

RSEMのrun

rsem-calculate-expression \

-p 8 \

--paired-end \

-alignments \

--estimate-rspd \

Aligned.toTranscriptome.out.bam \

rsem_reference \

rsem_run