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RでTitanicのデータをロードする方法 #rcommand
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RでTitanicのデータをロードするには、いくつかの方法があります。 # 1. Rdatasetsパッケージ Rに標準でインストールされているRdatasetsパッケージには、Titanicデータセットが含まれています。 library(Rdatasets) data(titanic) #データの確認 head(titanic) # 2. titanicパッケージ titanicパッケージをインストールすることで、Titanicデータセットをロードすることができます。 install.packages("titanic") library(titanic) #データの確認 head(titanic) # 3. read.csv関数 read.csv関数を用いて、CSVファイルから直接データを読み込むことができます。 data # 4. kaggle API kaggle APIを用いて、KaggleのTitanicコンペティションのデータセットをダウンロードすることができます。 library(tidyverse) library(rjson) #kaggle APIの認証 install.packages("remotes") remotes::install_github("ropensci/kaggle") library(kaggle) Sys.setenv(KAGGLE_USERNAME = "YOUR_USERNAME", KAGGLE_KEY = "YOUR_KEY") #データのダウンロード data どの方法を使うかは、環境や目的に合わせて選択してください。 # 参考資料 - Rdatasets: [無効な URL を削除しました] - titanic: https://cran.r-project.org/web/packages/titanic/index.html - kaggle API: https://www.kaggle.com/docs/api
北大阪急行の新しい駅、箕面船場阪大前駅と箕面萱野駅に行ってみた #行動する
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徒歩圏内なので、まずは箕面船場阪大前駅に行ってみた。ここはもともと図書館によく行っていたところ。だが、駅ができる前に比べて明らかに人が増えている。 人が増えている割にはそこまで周りにお店がない感じ。これから発展するのだろうか。この周辺は本当に一流のカフェがあるのでもっと盛り上がってほしい。 箕面船場阪大前は、かなり地下に電車が通っている。図書館がある二階のテラスから地下まで大きなエスカレーターがある。これだと簡単だが、階段だと大変そう。実際に階段を使っている人はあまりいなかった。階段は複数階にわかれているがその間にお店とかもないので閑散としていた。ここは将来的に改善されていくのだろうか。 電車で一駅、箕面萱野へ。ここは人が多かった。Qs Mallに新しいStation棟というのがあるのでそこにはいってみる。だが特にやることはなかった。プリンを買って帰った。 箕面萱野駅は地上2階ぐらいの位置だが、箕面船場阪大前は地下。くだっていっているのだろうか。
Volcano PlotでManhattan distance(マンハッタン距離)を計算する方法 #rcommand #bioinformatics
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Volcano plotでManhattan distanceを計算するには、以下の手順が必要です。 # 1. データの準備 Volcano plotを作成するために必要なデータは以下の2つです。 - X軸: 各遺伝子の発現量 - Y軸: 各遺伝子のp値 # 2. Manhattan distanceの計算 Manhattan distanceは、2つの点間の距離を、各座標軸の差の絶対値の合計として計算します。 Volcano plotにおけるManhattan distanceは、以下の式で計算できます。 Manhattan distance = |X1 - X2| + |Y1 - Y2| ここで、 - (X1, Y1) は、比較対象となる遺伝子の座標 - (X2, Y2) は、参照となる遺伝子の座標 # 3. Volcano plotへの表示 Manhattan distanceを計算したら、Volcano plot上に表示します。 一般的には、Manhattan distanceが大きい遺伝子を、Volcano plotの右上に表示します。 # 4. 統計分析 Manhattan distanceに基づいて、遺伝子発現とp値の関係を統計分析することができます。 例えば、t検定やWilcoxon signed-rank testを用いて、2つの群間のManhattan distanceの差が統計的に有意かどうかを検定することができます。 # RによるManhattan distanceの計算例 #ライブラリの読み込み library(ggplot2) #データの準備 gene_expression コードは注意してご使用ください。 このコードを実行すると、Manhattan distanceに基づいて作成されたVolcano plotが表示されます。 # 参考資料 - Volcano plot - Wikipedia: https://en.wikipedia.org/wiki/Volcano_plot - Manhattan distance - Wikipedia: https://en.wikipedia.org/wiki/Manhattan_distance