石川 昌和 | Masakazu Ishikawa | いしかわ まさかず

 抗原・抗体特異性の網羅的解析 世界を陸路でつなぐ 生涯研究を続けられる体制を整える 研究をするには大学や研究機関に所属する事が必要であり、これらは業績や年齢によって退職する必要がある。そうではなく、死ぬまで研究をすることができる体制を整える必要があると思う。

 抗原・抗体特異性の網羅的解析とは、特定の抗体がどの抗原（の一部）に結合するか、または特定の抗原がどの抗体に結合するかを、大規模かつ網羅的に調べる解析のことです。 網羅的解析が必要な理由は、以下の点が挙げられます。 詳細なエピトープマッピング: 抗体が抗原のどの部分（エピトープ）に結合するかを詳細に特定できます。これは、ワクチン開発や抗体医薬品の開発において、最も効果的な抗原部位を特定するために不可欠です。 交差反応性の理解: ある抗体が、本来の標的抗原以外の抗原にも結合してしまう現象（交差反応）を理解するのに役立ちます。これは、自己免疫疾患の発症メカニズムの解明や、抗体医薬品の副作用予測に重要です。 新規抗体の発見と最適化: 疾患に関連する抗原に対する抗体を網羅的に探索し、新たな治療薬や診断薬の候補となる抗体を発見できます。また、既存の抗体の結合特異性を改善するための情報も得られます。 免疫応答の理解: 感染症やワクチン接種後の免疫応答を詳細に解析することで、どのような抗体が産生され、どの抗原を認識しているのかを理解できます。これは、感染症の予防や治療戦略の開発に貢献します。 バイオマーカーの探索: 疾患に特異的な抗体や抗原を同定することで、診断や予後予測に役立つバイオマーカーの探索につながります。 これらの理由から、抗原・抗体特異性の網羅的解析は、基礎免疫学研究だけでなく、医学、薬学、診断薬開発など、幅広い分野で重要な役割を果たしています。

 大串自然公園という景色の良い高台のところにぽつんとあるレストラン。１１時からオープン。僕らは９時ぐらいに到着して、誰もいなかったのでのんびり待っていたのだが、１１時にはもう満席になっていた。超人気店。 大串自然公園は半島の先にあるとても景色のいいところ。晴れてれば瀬戸内海の島島が見える。 そしてそこに一つだけある建物が時の納屋 もちろん景色が売りで、開店からちょっとすると窓が全開になる。窓際の席が最も早く埋まる。 メニューは多くないが、どれもおいしそう。エビフライカレーおいしかった。   ただ、僕が３starをつけたのは、1回行けばいいかなという感じだから。景色自体は、公園から無料で見れるし、食事も特別なことはない。空いていて、ちょっと休憩したいなよ思えばコーヒーを飲みに立ち寄るのはアリだが、わざわざ並ぶ必要はない。1回は行ってもいいと思うけど。

 Arc Browserというブラウザを使っていたけど、結局Google Chromeに戻ってしまった。 理由としては １あらゆるアカウントのパスワードはGoogle Chromeが自動入力してくれる。Arcはできなかった。多分移行できるんだろうけど、それをするのも面倒 ２ Google KeepのChrome拡張が使えない。 という2点。 というかブラウザにそこまで何も求めてないのよ。

結論 2.0 Flash = 2.0 Flash Thinking = Personalization  > Deep Research> 2.0 Pro  2.0 Flash, Flash Thinking, Personalizationの違いがよくわからない。Deep Researchと2.0 Proはだめだった。 質問 FPKM, TPM, CPMをそれぞれ説明してください。さらにSTARでリファレンスゲノムにMappingした複数サンプルのBamファイルからそれぞれの値を計算し、サンプル間で比較するにはどのようなコマンドが必要か書いてください。 2.0 Flash FPKM、TPM、CPMは、RNA-seqデータ解析において遺伝子発現量を定量化し、サンプル間で比較するために一般的に使用される正規化された測定値です。 各測定値の説明 FPKM (Fragments Per Kilobase of exon per Million mapped fragments) : マッピングされた断片数（ペアエンドシーケンスの場合はリードのペア数）を、遺伝子のエクソン長（キロベース）と全マッピング断片数（100万単位）で正規化した値です。 遺伝子の長さとシーケンス深度を考慮しているため、異なる遺伝子間や異なるサンプル間で発現量を比較するのに適しています。 TPM (Transcripts Per Million) : まず遺伝子長でリードカウントを正規化し、次に全トランスクリプトの合計が100万になるように正規化した値です。 FPKMと同様に遺伝子の長さとシーケンス深度を考慮しますが、正規化の順序が異なります。 TPMは、サンプル間のトランスクリプト総量の違いによる影響を受けにくいため、サンプル間の遺伝子発現量比較に適しているとされています。 CPM (Counts Per Million mapped reads) : マッピングされたリード数を全マッピングリード数（100万単位）で正規化した値です。 シーケンス深度のみを考慮し、遺伝子の長さは考慮していません。 主に、同じ遺伝子の発現量を異なるサンプル間で比較する場合に使用されます。 STARでマッピングしたBamファイルからの計算とサンプル間比較 S...