石川 昌和 | Masakazu Ishikawa

Single cell omicsとspatial omicsを組み合わせた論文 Combined single-cell and spatial transcriptomics reveals the molecular, cellular and spatial bone marrow niche organization Integrating single-cell RNA-Seq with spatial transcriptomics in pancreatic ductal adenocarcinoma using multimodal intersection analysis #singlecellomics #spatialomics #omics

Visiumのプロトコル https://support.10xgenomics.com/spatial-gene-expression こちらに書かれてある。 #spatialomics #omics

GTDの次に取る行動は未完了タスクという名前にした もうタイトルどおりよ #管理

Single cell omicsとspatial omicsを組み合わせた論文 Combined single-cell and spatial transcriptomics reveals the molecular, cellular and 2 spatial bone marrow niche organization #singlecellomics #spatialomics #omics

自分にしかできないことというのは作品しかない。作品とは例えば、論文、文章、彫刻、会社など。 自分の行動は常に作品に結びついているのかを意識すること。結びついていないのであれば、それは今すぐやめるべきだ #purpose

自分にしかできないことをする #policy

人生とは自分の価値を最大化することである 個人も会社と同じように考えればうまく行くのではないかと考えた。 存在意義について 企業の存在意義は、企業価値を最大化することである。それは、誰のためかというと、その会社に投資した投資家のためである。企業は、お金を稼ぎ、かつお金を稼ぐ能力を身につけていくことによって企業価値を高め、その企業に投資した投資家に資本を還元していく。 これを人に当てはめてみると、人の存在意義は、その人に投資した人に還元していくことである。では、その人に投資した人とは誰か。それは、その人の生活に関わった人全員である。例えば、家族は少なくともその人が自分で生活できるまで、多大な資本を使っている。それだけでなく、口にしている食材も誰かの労働によって作られている。もちろん、それらの商品にお金を払っていることによって、その投資家に還元していると言えるが、人生の意義とは自分の能力を高め、より多くの資本を還元をすることである。ただし、企業の場合は投資家に還元する資本は基本的にお金だが、人の場合はお金だけでなく、労働力や時間も含まれる。 価値の上げ方 資産というのは、資本を生み出す財産のことである。例えば、お金、能力、土地などが財産と言える。価値を最大化するということは、投資家に還元する資本を最大化するということであり、つまり資産を増やしていくことにほかならない。 では、どうしたら資産を増やしていくことができるか。それは財務諸表を使えば説明することができる。財務諸表は基本的にバランスシート、損益計算書、キャッシュフロー計算書のことを指すが、人に当てはめたとき、損益計算書とキャッシュフローの２つに分ける必要はあまりないので、ここではバランスシートと損益計算書の２つに話を絞る。 まずはバランスシートについて。バランスシートはある時点の資産の量と質を可視化するものである。左に資産、右に負債と資本を書き、左と右は必ず同じ量になる。損益計算書は、左に収益、右に費用と利益となり、これも両者で同じ量となる。この中の利益が、バランスシートの資本に加えられ、資産が増えるのである。 つまり、資産を増やすためには、利益を増やす必要がある。では、利益を増やすためにはどうしたいいのだろうか。 それは、資産を使って投資するしかない。投資というのは、自分の資

自分の人生に責任と権限を持つ 自分の人生に対して、他力本願にはせず、全ては自己責任であると認識するべきだ。そして、責任と権限は一致する必要があるから、自分の人生に対しての権限は自分が持たなくてはいけない。自分が、こうであったらいいと思うものは自分が行動しなければ決して達成しない。 #policy

「次にやる行動」と「いつかやる行動」は分けるのが難しい GTDでは、まだやらなくていい行動を「いつかやる行動」に、行動を起こすべきかつプロジェクトでないかつほかの人に投げることができないかつカレンダーに入力しないものを「次にやる行動」にする。 しかし、スケジュールに記入しない限り、決してタスクが終わることはない。だから、次にやることというのは本当に重要なものは適さない。 それであれば、「いつかやる」と定義的にはほとんど同じになってしまう。実際に僕はこれから「次にやる行動」と「いつかやる行動」を統合した。そして、重要そうなものはすぐにカレンダーに記入し、そこまで重要そうでないものは「まだいい」フォルダに入れることにした。 #管理

#travel #europe #landroute #stcphb 陸路でヨーロッパをつなぐ旅のはじまりは、スウェーデンの首都ストックホルムから鉄道でデンマークのコペンハーゲンへ向かい、バスでドイツの北の街ハンブルグまで。僕がスウェーデンに来てから４ヶ月が経ち、初めてスウェーデン国外へ出る。今まで陸路で国境を渡ったことはあるが、ヨーロッパは初めてである。EUの国間はパスポートが必要ないと聞くが本当にそうなのか、また隣の国に移ったときの文化や雰囲気がどう変わるのかが興味がある。 家を午前４時半に出る。季節は２月。スウェーデンは緯度が高いため、冬は午後３時頃に日の入りになり、午前９時を過ぎないと明るくならない。家を出たときももちろん真っ暗である。運転手しか乗っていないバスに乗り、始発でストックホルム中央駅に向かう。ストックホルムは全体的に静かな街であるが、冬の早朝は一層静かだ。 6時21分ストックホルム中央駅発コペンハーゲン行きの鉄道に乗る。到着地が他国の鉄道に乗ることは、日本では味わうことができない。車両自体は新しくないが車内は暖かく、快適だ。朝が早かったため、少し走ると居眠りしてしまった。すると、紳士的な格好の白髪の男性に起こされた。どうやら僕の座っている席はその男性の席であるらしい。しかし、僕のチケットを見る限り、この席で合っている。乗務員に確認してもらうと、なんと僕のチケットは一週間後の土曜日のチケットであった。予約する日にちを間違えてしまったのだ。 旅の初回からミスをしてしまった。次の乗り物ももうこの日で予約してしまったから、それらが無駄になってしまう。しかし、乗務員に聞いたところ、食堂車で待機するか、空いている座席に座れば良いと言われたので、そこから食堂車に移ることにした。腹は減っていないが何も頼まずに食堂車にいるのも気まずいのでポテトチップスを買ってそこで食べることにした。 ストックホルムには雪はほとんど積もっていなかったが、コペンハーゲンに向かう車窓の風景はほぼ雪一色であった。北国の車両であるゆえ、車内は暖かく、密閉度が高いため静かである。 鉄道はスウェーデン南部の街、マルメを抜け、オーレスン・リンクと呼ばれるスウェーデンとデンマークを結ぶ大橋を渡っていく。この橋はスウェーデン側では海の上を走る橋になっており、途中からトンネルに

サイゼリヤって休日ランチはないのか 500円ランチを狙ってすごく久しぶり、2年以上ぶりにサイゼリヤに来たけど、平日しかランチってやってないんだね。 ミックスグリルを頼んだよ。

鼻をつるつるにするにはサウナ いくらこすっても鼻がザラザラだったけどサウナに入るとツルツルになる。鼻の角栓というのは40度ぐらいで液体になるらしいので、お風呂では結構厳しいけどサウナはいいらしい。

アイスクリームを売るのは許可は必要ないけど届け出は必要なのか https://ec-houmu.com/start/shokuhin_kyoka.html 上記のサイトでは、そう書いてある。今度保健所に聞いてみよう。

ノートパソコン＞タブレット 会社でタブレットとノートパソコン両方支給されているけど、ノートパソコンのほうがいい。 タブレットとノートパソコンの大きな違いはキーボードがあるかないか。このことによって、 持ち運び タブレット＞ノートパソコン アウトプット ノートパソコン＞タブレット インプット タブレット≧ノートパソコン となる。ただ、持ち運ぶにしてもあるきながら画面を見ない限りはそこまでタブレットのメリットはない。さらに、インプットもそこまで変わらない。 しかし、アウトプットは明らかに変わる。タブレットで文字入力などできたものではない。 ということでやはりタブレットは必要なくノートパソコンだけでいいのではないかと思う。

読みたい論文をGTDでどう管理するか 読みたい論文があり、それがその時に読めないときに、とりあえずどこかに保存する。タスクであるのだから、GTDに含めるべきだが、どれに含めるべきか。 GTDのアクションは主に以下である。 １次にやること ２いつかやる ３プロジェクト ４参考資料 ５カレンダー このうち、プロジェクトでないことは確かである。さらに４番の参考資料は保存するものであり、まだ見ていない論文を入れるのは不適切である。 それでは、１次にやることと２いつかやるのどれかに入れるべきであるが、論文というのは、「時間があったら読んだらいい」という程度なのでどちらに入れるかわからない。しかも緊急度が低いのだから、その時が来ない可能性がある。 ということで、５のカレンダーに入れるのが適切ではないかと思う。つまり、一日一報読むと決めて無理やりカレンダーに入れてしまえば強制的い読むようになるのではないかと思う。 #管理 #やること

10x GenomicsのLinked Readの仕組み マイクロ流路を利用して高分子DNAをパーティション化してバーコード化することで、ショートリードシーケンサーからゲノム全体の情報を入手できる仕組み。 1分子のgDNAと1つのゲルビーズを、一つのドロップレットに入れ、gDNAを断片化する。断片化したgDNAは、同じドロップレットに入っていれば同じバーコードがつくため、断片化した後でもどれがもともと同じ分子のものだったかがわかる。 #singlecellomics #omics

できない人の特徴：自己責任感が薄い ある程度できない人の特徴がわかってきた。それは、自己責任感が薄い人だ。なんでも他人、環境、国のせいにする。そういう人は絶対に成長できないと思う。 たとえ、本当に環境のせいだとしても、それは自分ではどうしようもできない。自分の人生の最高責任は自分にあり、ゆえに自分の人生の最高権力は自分が持っていると認識し、自分で動かす努力をしない限り動かないと思う。

僕がよく使うショートカットを紹介します。 Gmail 全員に返信 a ccを入力 ctrl + shift + c メールの作成 c 送信 ctrl + Enter （スレッドの中に入ってなければならない） 返信 r スレッドをアーカイブする ] Google keep メモを検索 / Google docs 書式をクリア Ctrl + \ Google calendar 新たにスケジュールを作成 c Google chrome ブックマークバーに移動 Alt + Shift + B Windows タスクバーのアイコンを開く windows + 数字 Slack チャンネル間を移動する Alt + ↑

ホームページを作ろう ここで言うホームページはウェブサイトに限らず、まず最初に見る場所。公開されたところじゃなくてもいいし、デジタルな場所じゃなくてもいい。 情報管理の際、最もやっかいなのは、その情報がなくなることである。その情報自体を覚えているのであれば検索等で探すことができるかもしれないが、一番厄介なのはその情報の存在自体を忘れることである。一年のはじめに、今年の目標を立ててもほとんど意味がないのは、それらの情報を忘れているからである。 情報を忘れないために、ホームページを作るのが有効である。そのホームページからすべてをたどれるように、する。さらに重要なことはそのホームページに書く。まず、その場所を見る。そのことだけ覚えて、実践すれば、情報がなくなることはない。 僕は最初Google slideやGoogle docsをホームページにしようとした。しかし、スマホからのアクセスが少しやりづらいということがわかったので、Google keepにホームページを作ることにした。 Google keepの「０重要」というタグをつけた。この０というのは一番上にタグが来るようにしたかったからである。とりあえずそのそのタグの中に重要なことを書く、またはリンクを貼れば、情報がなくなることはない。 次に重要なのは、ホームページに載っている情報量である。基本的に情報量が少ないほうが一つの情報あたりの重要度が高まる。紙であればA３一枚程度が限界だと思う。しかしGoogle keepはそのような制限がないので、どれ以下の情報量にすればいいかはまだ僕はわからない。これから少しづつブラッシュアップしていこうと思う。 #管理 #思想 #情報

Confluenceが対したことなかった Confluenceというのは、いわゆる社内Wiki。会社に関連するすべての情報をそこに共有するためのものである。僕はスウェーデンにいるときにWikiを使っていて、今の会社でも使えるのでhないかと思い、少し社内Wikiを探していた。そこでConfluenceというのを見つけた。ConfluenceはYahooにも使われている社内Wikiらしく、Markdown式で書かなくてもいい点が良い。 しかし、そこまで使いやすいものではなかった。というかお金を出してまで使うようなものではなかった。 Wikiで重要なことは以下の２つだと思う。 １．ホームページを設定する。 ２．ページをリンクでつなぐ。 まず、第一のホームページを設定することは、情報がなくなることを防ぐ役割がある。ホームページからたどれるのであれば、情報が孤立化して、忘れ去られる心配がなくなる。さらに常にホームページを見る癖をつければ、そこに重要なことを書いておけば忘れされることはなくなるのである。 さらに、ページをリンクでつなぐというのは、そのページをたどる道が一つではないということである。ある情報を分類するときに、どの分類にも含まれることが多々ある。ある人にとってはこの情報はAのグループに入るが、違う人にとってはBのグループに入ると思うかもしれない。こういうとき、フォルダでまとめてしまうと一つの分類しか割り当てることができないから、情報にたどり着けない可能性がある。しかしリンクだと複数の道からたどることができるから、情報がなくなる可能性が少なくなるのである。 この２つを達成するためには、別にWikiを使う必要はない。例えば、Google drvieでも可能である。ホームページとされるページをドキュメントを作る。新たにファイルを他作成した場合は、そのリンクをホームページに貼り付けていけばいいのである。 #情報 #管理 #思想

10x GenomicsのChromium Next GEM Single Cell 3ʹ Reagent Kits v3.1の原理 0まず、Gel beadにはTruseq read1 + 10x BC + UMI + Poly(dT)VNがふくまれる。poly (dT)というのは30 bpほど、このVNというのはV(A, G, CつまりT以外)N(すべての塩基)という意味で、このことにより、Poly Aの開始するところに、アンカリングする １mRNAのpoly Aの部分がhybridizeし、Reverse transcriptionが起こる。この際、3'側にpoly Cが付加され、さらに、polyGをもつTemplate Switching Oligoがくっつき、さらにその分伸長される。 ２Dropletが壊され、Truseq read1と、Template switching oligoのプライマーを用いて、PCR増幅が行われる。 ３Enzymatic fragmentationが行われる。その後、End repairにより平滑化され、A additionにより、Aが付加される、さらに、Ligationにより、Truseq read2が付加される。 4最後に、P７もしくはP５を持つプライマーを使って、PCRをして完成。

池田に遊びに行ってきた 週末特に予定がなかったので、池田市に遊びに行ってきた。 まず、池田駅に降り、カップヌードルミュージアムへ行く。この池田駅というのはチキンラーメン発祥の地、つまりカップラーメンが発明された記念すべき場所なのである。基本的には無料で入ることができ、マイナーなところかと思いきや、人で溢れていた。チキンラーメンを作るセミナーなどもあるみたいだが、予約をしていないので何もせずに帰った。 そこから北の動物園へ歩いていく。途中に飯を食おうとして、そこだけ並んでいるピザ屋があったので、入った。予約待ちの状態で、３０分ほど待って店に入った。カルツォーネという折りたたむピザを食べた。その後、動物園に行く。この五月山動物園というのは無料の動物園で、頭数は多くはないのだが日本には数少ないウォンバットがいる。僕もウォンバットをナマで見るのは初めてだった。帰り際に、城跡があったのでそこに上り、帰る。そこまで刺激的なところはなかったが、いい週末だった。

王族がいる国は仲良くなる 立憲君主制と共和制の違いは、元首が１家族で永く続くかどうかである。立憲君主制、つまり王様がいる国は、元首が家族ぐるみの付き合いになり、浸しくなるらしい。これはいいことだよね。

アイデアの作り方の図 https://images.app.goo.gl/JgZnzrTwgX1vvEK68 #管理

ＧＴＤの図 https://images.app.goo.gl/NY6cNHGJ58ikSsSY8 #管理

私が書いた博士論文を共有します。 I share my doctoral thesis

私は共生関係がどのように進化してきたのか興味があります。共生関係の進化に関する僕の知識や考えをまとめていきます。 I am interested in how symbiotic relationship evoles. This page curate my knowledge and thought.

僕の歴史について書いていきます。 I am writing about my history.

Single-cell sequencingに関しての僕の知識や考え方をまとめています。 I am curating and summarizing single-cell sequencing.

飛行機を使わずに、陸路だけで世界を旅してきます。 I am traveling around the world without an airplane. #project

主に大阪近郊で、外国のレストランに行って海外旅行気分を味わうことが目的です。 I go to Foreign restaurants around Osaka and feel foreign countries.

BiopythonでFASTAファイルの改行を削除する #Biopython import sys from Bio import SeqIO def delete_LF(fasta_file):     for record in SeqIO.parse(fasta_file, "fasta"):         desc = record.description         seq = str(record.seq)         print(">{0}\n{1}".format(desc, seq)) if __name__ == '__main__':     fasta = sys.argv[1]     delete_LF(fasta)

ASUS Chromebook C101PA #item

IUPAC nucleotide code IUPAC nucleotide code Base A Adenine C Cytosine G Guanine T (or U) Thymine (or Uracil) R A or G Y C or T S G or C W A or T K G or T M A or C B C or G or T D A or G or T H A or C or T V A or C or G N any base . or - gap #biology

VDJの VDJのfastaファイルはこのサイトにまとめてある。 http://www.imgt.org/vquest/refseqh.html#VQUEST 格納されているのはコーディングシーケンスである。 例えば、人のTCRの情報は以下の通りある。 TRAV http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/TR/TRAV.fasta TRAJ http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/TR/TRAJJfasta TRBV http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/TR/TRBV.fasta TRBD http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/TR/TRBD.fasta TRBJ http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/TR/TRBJ.fasta IGHV http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/IG/IGHV.fasta IGHD http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/IG/IGHD.fasta IGLV http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/IG/IGLV.fasta IGLJ http://www.imgt.org/downlo

VDJの VDJのfastaファイルはこのサイトにまとめてある。 http://www.imgt.org/vquest/refseqh.html#VQUEST 格納されているのはコーディングシーケンスである。 例えば、人のTCRの情報は以下の通りある。 TRAV http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/TR/TRAV.fasta TRAJ http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/TR/TRAJJfasta TRBV http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/TR/TRBV.fasta TRBD http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/TR/TRBD.fasta TRBJ http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/TR/TRBJ.fasta IGHV http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/IG/IGHV.fasta IGHD http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/IG/IGHD.fasta IGLV http://www.imgt.org/download/V-QUEST/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/IG/IGLV.fasta IGLJ http://www.imgt.org/downlo