10x GenomicsのChromium Next GEM Single Cell 3ʹ Reagent Kits v3.1の原理

10x GenomicsのChromium Next GEM Single Cell 3ʹ Reagent Kits v3.1の原理

0まず、Gel beadにはTruseq read1 + 10x BC + UMI + Poly(dT)VNがふくまれる。poly (dT)というのは30 bpほど、このVNというのはV(A, G, CつまりT以外)N(すべての塩基)という意味で、このことにより、Poly Aの開始するところに、アンカリングする

１mRNAのpoly Aの部分がhybridizeし、Reverse transcriptionが起こる。この際、3'側にpoly Cが付加され、さらに、polyGをもつTemplate Switching Oligoがくっつき、さらにその分伸長される。

２Dropletが壊され、Truseq read1と、Template switching oligoのプライマーを用いて、PCR増幅が行われる。

３Enzymatic fragmentationが行われる。その後、End repairにより平滑化され、A additionにより、Aが付加される、さらに、Ligationにより、Truseq read2が付加される。

4最後に、P７もしくはP５を持つプライマーを使って、PCRをして完成。