石川 昌和 | Masakazu Ishikawa

主流はSingle cell RNA-seq。しかしそれだけでは不十分ではない。 理由１:　生命を理解するには、その情報だけでは不十分 理由２:　シーケンスコストがそろそろ頭打ちになるので、これ以上リード数（≒細胞数×サンプル数）を増やすことができない。 次の技術として ・RNA velocity：Intron/exon 比を計算して、遺伝子の発現量だけでなく、その遺伝子発現量が上昇または減少する傾向にあるということも決める ・scRNA-seq + scATAC-seq ：一般的にATAC-seqのほうがRNA-seqよりも変化が緩やか。 ・RamDA-seq：PolyAに頼らないRNA-seq　Library prep.５０％程度は、Non-poly A　RNAなので、この方法だとよくRNA情報が取れる

僕の好きなことは以下 トラベル バイオロジー コーヒー 教育 プログラミング 芸術 アフリカ これらでお金もらえないかな

前提 ・スーツは着ない ・ビジネスホテルに泊まる ・３泊以内 １．無印そのまま洗える衣装ケース 基本的に下着しか持っていかない。それを入れるケースに、洗濯ネットのようになっている衣装ケースを使っている。これなら帰ってすぐに洗濯機に入れることができる。 ２．モンベル　軽い折りたたみ傘 傘だとかなり邪魔だし、９０％ぐらいの確率で電車などで忘れるので、折りたたみが良い。モンベルの傘はかなり小さいが軽いので、持っている気にならないのがいい。 ３．１０インチタブレット これは会社から支給されたもの。 ４．ブルートゥースキーボード これを使うとタブレットがパソコンのようになって良い ５．USB-Cケーブル これは必要だよね。 以上です。

普通疑問系のタイトルであれば、本文に答えが書いてあるものだが、このブログは個人的なメモなのでもちろんただの疑問のままである。 そもそも世の中には無駄なものが多すぎる。無料Wifiはその最たるものだ。ログインをする意味が全くわからない。しかも新幹線は３０分ごとにログインしなければならない。なんのためだろう。 早く、衛星からWifiを飛ばして、空が見えていればどこでもWifi がつながるようにしてほしいものだ。

fastqファイルは1リードが4行で表示され、2行目に配列（ATGC）が書かれてあります。 awkを使って以下のように書けば、2行目のみ抽出できます。 awk '{if(NR%4==2){print}}' ○○.fastq また、fastqがfastq.gzと圧縮されているときはまずはzcatで展開して、awkで2行目のみ抽出します。 zcat ○○.fastq.gz  | awk '{if(NR%4==2){print}}' #biology#bioinformatics

1. スライドのサイズをA0にする ファイル＞ページ設定＞カスタム 84.1 cm x 118.9 cm 2. ガイドを表示して、外枠3 cmずつ枠を取る 表示＞ガイド＞ガイドを表示 ガイドの上で右クリックして、ガイドを追加する。 以下の位置にガイドを設置する。 縦： 3 cm, 81.1 cm 横：3 cm, 115.9 cm 参考文献 http://k-connex.kyoto-u.ac.jp/ja/wp-content/uploads/sites/2/2016/07/160711-posterseminar-pub.pdf https://tsutawarudesign.com/miyasuku5.html

定刻に出発して何も問題なかったはずなのに、

旅行してもずっとホテルやヴィラなどで数日過ごすという旅のスタイルがあるけど、それならわざわざ飛行機乗って出かけなくてもいいんじゃないかと思う。 日本だったら、埼玉とかにそういう施設作れば、週末リゾート旅行気分ができるんじゃないかな。 それの簡易版がスーパー銭湯か。もっと豪華なやつはやっぱり難しいかな。部屋にプールついているレベルのやつ。

今回の旅の荷物は普段の海外旅行よりもだいぶ少ない。おそらく全体で4キロ程度で、リュック自体の重さが1.5キロあるから、荷物自体は2.5キロ程度だと思う。 荷物を列挙すると以下の通りである。 衣類 ・下着（パンツ・靴下・Tシャツ）2セット ・長袖シャツ1枚 ・水着1枚 ・フェイスタオル1枚 ・無印たためる収納ケース1つ ・無印洗える収納ケース１つ 衛生 ・歯ブラシ ・シャンプー ・デオドラント ・水筒 書類 ・パスポート ・パスポートケース ・書類ケース 機械類 ・Bluetoothキーボード ・オリンパスミラーレスカメラ ・魚眼レンズキャップ ・カメラバッテリー2つ ・モバイルバッテリー ・イヤホン ・USB-Cケーブル ・万能変換アダプタ ざっとこのくらいだ。 まずは衣類から解説していく。 いつも下着は3セット持っていっていたが今回は2セットにした。着ているものを含めると合計3セットになる。今までは選択しても乾かないことがあり、合計4セットないと不安であったが、毎回ちゃんと洗濯して、タオルで脱水すれば夜洗濯して早朝には乾いていることがわかった。これなら最低2セットでもいいかもしれないが、流石にそれは少なすぎる気もするので、この合計3セットでいいかもしれない。あと、寒さ防止と日焼け防止のために長袖シャツを一枚持っていった。しかし、バスで非常に寒いときがあり、その長袖シャツでは耐えられないことがあったので、コンパクトになるダウンを持っていってもいいかもしれない。 水着は半ズボン代わりに持っていった。いざとなればプールや海にも泳げるからいいかと思ったが、結局そういう場面はなかったので、必要はなかったかもしれない。しかし、半ズボンは必ず必要である。 今回安宿が多かったが、ほとんどの場所でタオルが提供された。なのでフェイスタオルだけでまかなえたが、本当はシャツを包んで脱水できるぐらいの大きな薄いタオルがあればいい。さらに汗吹きや日焼け防止用に、手ぬぐいなど薄いものがあればいいかもしれない。さらに、洗ったTシャツをかけるのに、ハンガーを一つ持っていってもいいかもしれない。 次に衛生用品。 歯ブラシは当然持っていくとして、今回は歯磨き粉を持っていかなかった。理由は単純で、100ｍL以下の入れ物がなかったからである。空港の荷物チェックのときには、あきらかに100ｍL以下しかなくて

僕は日記をただアップしているだけなので、収益もPVも全く気にしない。ネットにアップしている理由は、いつか僕が有名になって、死んで誰かが僕の伝記を書くときの材料にするため。まぁそのときにはbloggerのドメインはなくなっているだろうけど。kindle direct publishingなら保存されるのかな。出版したら国立国会図書館に保存されるけど、それは無理だしなぁ。 そもそも日記を書いている理由は、アイデアを作る材料にするため。アイデアとは既存の知識の組み合わせで、集めてまとめることが重要。この日記は集めるという段階。 しかし、今の僕に足りないのはまとめるということ。これは過去の日記を読み返していかないといけないけど、これは腰を据えてちゃんと時間を取らないといけない。ちゃんと時間をとってまとめていこう。

Stung trengはラオスの国境に近い街である。プノンペンからはメコン川に沿って北上すればいいのだが、なぜかジグザグに進み、何度も停車して結局6時間ほどで到着した。バスターミナルからゲストハウスまで歩く。ここはまさしく村である。途中に野犬がたくさんいて怖い。 今回のホテルは一室で8ドル。少々高いがしょうがない。おそらく夫婦で経営しており、英語が通じずにGoogle 翻訳で会話をしていた。奥さんもおじさんも一日中スマホで動画を見ている。 この村には特に何もないが、次のPakse行きのバスは1245に出発するということなので、それまでゆっくりした。 「コンセントについて」 「中国について」

本　フリーランスと研究者は宣言するとうまく行くでわかったことがある。それは、GTDが完璧でないと思ったのはGTDはタスク管理の方法であって、時間管理の方法ではないということ。 例えば、イベントをGTDで管理しても面倒なだけである。だからタスク管理とスケジュール管理は別にするべきだ。タスク管理は日々の振り返り用に、スケジュール管理は実際に動くときに使ったほうがいいかもしれない。 以下に僕が試す方法を記す。 １タスクをある日にリマインダする。その際に、終日もしくは0:00に設定する ２リマインダの中からスケジュールを決めていく。 3スケジュールが変更されたらちゃんと変更する ４リマインダは一日にできないくらいでちょうどいい。 ５やることがなくなったら次にやることの中から選ぶ。 これでうまく行くか試してみる。

今日の深夜の飛行機に乗るんだけど、台風が来てて離陸するか心配。けっこうになったらどうなるんだろう

橋下さんもトランプも好きだけど、この本は面白くなかった。 こんにちは。この本 "トランプに学ぶ 現状打破の鉄則"（橋下 徹 著）を読んでみてください こちらから無料で読み始められます: http://a.co/6RaLafh -------------- Android、iOS、 PC、MacなどにKindleをダウンロードして、いつでも無料で読むことができます http://amzn.to/1Q5Luz3

もうすぐ旅にいくので、いく先々で日記を書くためにBluetoothキーボードを買った。アンカーの２０００円くらいのキーボード。充電式じゃなくて単４電池なのが不満だけど、だからといって捨てるほどでもない。 大きさはフルのキーボードと同じぐらい。カタカタ言うのがちょっと安っぽいけど結構いい感じ。 クロムブックとかタブレットを持っていってもいいんだけど、宿においておくのがちょっと心配。だからといって、町歩きに持っていくとするとそれなりのリュックが必要だし。スマホは基本的に常に持ち歩いているので、おいておく心配はない。 ただし、スマホの弱点はアウトプットが非常に弱いこと。具体的に言うと、文章を書くのが辛い。結局スマホはインプットの道具になってしまって頭が悪くなるのである。このキーボードを使うことによって、インプットからアウトプットの道具になりうるのではないかと期待している。 ちなみに、僕が持っているクロムブックにも試してみた。既存のキーボードよりも使いやすいのだが、マウス機能がないので結局使いにくかった。 これから、スマホだけでいいかもな。

#python import os import shutil import datetime #ディレクトリのパスを変数に代入する。 MY_DIR = 'photo/' # os.listdirで、phtoディレクトリ内のファイルの名前をfilesのリストに入れる files = os.listdir('photo') #files リスト内の、要素を一つずつ取り出す for i in files: mtime = os.path.getmtime(MY_DIR + i) # os.path.getmtimeでファイルができた時間を秒でゲットする。 dt = datetime.datetime.fromtimestamp(mtime) #秒から日付データを入手できる dpath = MY_DIR + dt.strftime('%Y%m%d')　#19070301などの形式で日付を入手できる if os.path.isdir(dpath) == False:　#もし、dpathというフォルダが存在しないならその名前のフォルダを作る os.mkdir(dpath) shutil.move(MY_DIR + i, dpath)　#ファイルを作ったフォルダに移す

パイプラインはまず、普通のGene expressionの解析をする。その次に、Feature Barode referenceをもとにFeature Barcodeの解析をする。Feature-barcode matrix output filesにかかれている。 2つのインプットが必要 １．libraries.csv --libraries フラッグのあとにつける。 これは、Gene expressionのFastqか、Feature barcodeのFastqを指定するファイルである。 中身はこういう感じ fastqs,sample,library_type /path/to/pbmc_1k_protein_v3_fastqs/pbmc_1k_protein_v3_antibody_fastqs, pbmc_1k_protein_v3_antibody,Antibody Capture /path/to/pbmc_1k_protein_v3_fastqs/pbmc_1k_protein_v3_gex_fastqs, pbmc_1k_protein_v3_gex,Gene Expression とかく。 真ん中のFastqは GEX_sample1_S0_L001_001.fastq.gz の場合は、 GEX_sample1 とかく ２．Feature Reference CSV --feature-refがフラッグ。 中身はこういう感じ （Totalseq-Cの場合） id name read pattern sequence feature_type CD3 CD3_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN CTCATTGTAACTCCT Antibody Capture CD19 CD19_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN CTGGGCAATTACTCG Antibody Capture CD45RA CD45RA_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN TCAATCCTTCCGCTT Antibody Capture CD4 CD4_TotalSeqC R2 5PNNNNNNNNNN(BC)NNNNNNNNN TGTTCCCGCTCAAC

コーヒー頼めばパンと卵がついてくるという素晴らしい制度。最近は通ってなかったけど、今日は来てみた。混んでるけど、席が離れてるから快適

にちじようのおおくのじかんは探すことに当てられている。この探す作業を意図的にみじけすることで効率的になる

5'領域のRNAのみをシーケンスする方法。 mRNAは5'にCap構造を持つ。ミトコンドリアのRNAやrRNAはCap構造を持たないので、シーケンスされない。 そのCap構造をビオチン化し、ストレプトアビジンで釣ってくる。そのごNucleaseで短くして、5'だけをシーケンスする。 #biology https://cage-seq.com/jp/

cytometry by time-of-flight: CyTOF® 蛍光抗体の代わりに金属同位体標識抗体を使う。 細胞内外のたんぱく質を検出する。 40以上のパラメーターが同時に解析可能 #biology

文章のトピックを分析するための手法。 文章が何のトピックに関する内容化を調べる手法。 例えば ・アベノミクスの影響で　　－＞経済、政治 文章は単語の集まりであると考える。 各単語に、トピックが割り当てられる。例えばノーヒットノーラン -> 野球。 あるトピックの単語が良く出現していれば、その文章はそのトピックである。 #datascience