石川 昌和 | Masakazu Ishikawa | いしかわ まさかず

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Kraken2は、シーケンスデータ（メタゲノムデータなど）を高速に分類するためのツールです。k-mer（短い塩基配列の断片）を利用して、各リードがどの生物種に由来する可能性が高いかを判定します。 ここでは、Kraken2の基本的な使い方について説明します。 1. Kraken2のインストール Kraken2は、Conda（MinicondaやAnaconda）を使って簡単にインストールできます。 conda create -n kraken2 kraken2 conda activate kraken2 また、GitHubからソースコードをクローンしてコンパイルすることも可能です。 git clone https://github.com/DerrickWood/kraken2.git cd kraken2 ./install_kraken2.sh < インストール先のディレクトリ > 2. データベースの準備 Kraken2を使用するには、分類の基準となるデータベースが必要です。Kraken2のチームが提供している標準データベースを利用するか、自分でカスタムデータベースを構築することができます。 標準データベースのダウンロード よく使われるのは、NCBIのRefSeqデータベースに基づいたものです。kraken2-buildコマンドを使用してダウンロードと構築を行います。 まず、ライブラリをダウンロードします。 kraken2-build --download-taxonomy --db < データベース名 > kraken2-build --download-library bacteria --db < データベース名 > --threads < スレッド数 > kraken2-build --download-library archaea --db < データベース名 > --threads < スレッド数 > kraken2-build --download-library viral --db < データベース名 > --threads < スレッド数 > # 必要に応じて他のライブラリも追加 (human, fu...

 息子が咳や鼻水でなかなか眠れず、それにつたれて僕も睡眠不足。ほぼ二日間寝れてない。 例えば全く睡眠不足ではなくて気候が良くてお腹がいっぱいだと、悪いことを考えられないと思うのだが、その逆で一つでも悪いことがあるとイライラしてしまう。体調も治ってきてるので、もう少しの辛抱。

 完全にタブーな発言だけど、ほとんどのうどん屋よりも丸亀製麺の方がいい。 その理由はトッピング。ネギが大好きなんだけどほとんどのうどん屋はネギが入れ放題ではない。置いてあってもスプーン二杯まで、しかもそのスプーンが小さすぎて全く掬えない。丸亀製麺はトングでたっぷり入れられる。 しかもわかめも入れ放題になったらしい。丸亀製麺のコメントによると「 讃岐うどんと言えば無料の薬味。讃岐のうどん文化をもっと楽しんでほしい 」とのこと。これはうそだ。香川のうどん屋でネギを入れ放題なところは少ない。 丸亀製麺は香川発祥でないので、香川県民から嫌われている。しかしこの讃岐ラブなコメントそしてくれるのだから、香川県民は心を入れ替えて欲しい。

 三朝温泉の川沿いに、無料の露天温泉がある。これがかなり開放的で、橋や道から結構丸見えなのである。一応衝立があり、そこで着替えられるが肝心の温泉のところがほぼ丸見え。しかも男女に分かれているわけではないので、女の人は入るのにかなり勇気がいると思う。24時間やっているので、夜か早朝に入るのがいいかもしれない。 かじか亭でご飯を食べた後、暗くなってきたので僕も入ってみた。先客は二人いる。どちらも男なので、こちらも気兼ねなく着替えて入る。大きく、ぬるいところと熱いところがあり、石で区切られているので、ぬるいところでも、熱いところの近くに行くと熱いお湯が滲み出てあたたかい。ぬるいところは結構ぬるいが、熱いところはかなり熱い。 僕はタオルしか持ってきてなかったが、他の人は、シャンプーとか洗面器とか持ってきていたので、外で体を洗っていた。慣れると川沿いで本当にいいところだと思う。

 三朝温泉に限らず、温泉街は旅館で夕飯を取るのが大半なので、外食をするところが非常に少ない。三朝温泉も、2、3軒ほどしか外食をするところがない。かじか亭はその少ない外食ができる場所の一つ。 18時に開店するはずが、まだ閉まっていたのでちょっと散歩をして、帰ってきたらあいていた。客はもちろん僕一人。のちに二人入ってきた。 ラーメン定食九百五十円を頼む。定食が九百円で、ラーメン定食が、ラーメン＋定食で九百五十円。 このラーメンは牛骨ラーメンなのか。とりあえず、九百五十円ではかなりお得だと思う。本当は旅館のバイキングが食べたかったけど、GWということで日帰り客は入れなかった。

 倉吉駅からバスで三朝温泉へ。今日の宿は桃園館というところ。直前の予約になったのでなかなか空いているところがなく、あっても料金が高いところばかりだった。ここは三朝温泉の中でもリーズナブルな宿であると思う。確かに古いしロビーもしょぼいが、部屋は申し分ない。風呂も露天風呂はないがもちろん温泉だしとてもいい宿だった。 三朝温泉は日帰り入浴もあるし、夕飯や朝食をあまり豪華にする必要がなければこの宿はとてもいいと思う。