石川 昌和 | Masakazu Ishikawa | いしかわ まさかず

View this post on Instagram A post shared by Masakazu Ishikawa 石川昌和 (@amufaamo) on Jul 30, 2020 at 5:42am PDT

今日も相変わらず忙しい。朝から歩いて汗だくになっていた。仕事内容は、一難去ってまた一難という感じだろうか。綱渡り的な人生だが、とりあえず一生懸命やればいいという感じだろうか。

仕事のスケジュールがかなり厳しい。だが今日は捗った。三つの実験を同時平行で行っていた。 仕事が捗るテクニックは、日中はメール、チャットを見ないことだと思う。ひっきりなしに連絡が来て、それに返信するとまたその返事が来る。今はスマホがあるから常時繋がっていて、常時返せるのだからすぐ返した方がいいとは思うけど、マルチタスクをしないために何かを捨てる覚悟が必要だ。

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It’s a tutorial Build a Custom Reference With cellranger mkref -Software -Single Cell Gene Expression -Official 10xgenomics single cell omics science sequence

長崎にやってきた。僕の人生の中で長崎に来たのは間違いなく初めてだ。僕は本州の西の端っこ山口県で生まれたから、吸収は大阪や東京よりもよっぽど近いはずなのに、長崎には全く縁がなかった。別に今も縁があるわけではないのだが、4連休を気に長崎に行くことにした。 行き先は長崎と言っても五島列島である。芸人さんのラジオで、五島列島の教会巡りの話をしていて、その時から行きたいと思っていた。現在政府はGotoキャンペーンという旅行を推奨するキャンペーンをやっており、それもあってこれは五島（Goto）に行かねばと思い、ほとんど事前知識もないまま、パパパっとホテルとフェリーを取り、慌てて新幹線で西に向かったのである。国内旅行というのはとりあえずなんとかなるという安心感がある。 福岡からかもめで長崎に到着した。長崎はやはり雨であった。駅近くのホテルで一泊し、次の昼にジェットフォイルで五島列島に向かう。しかし、未だに長崎は雨であり、なんとジェットフォイルは欠航になってしまった。もう五島列島に行けないのかと思い、楽しい週末や予約したホテルの領収書が走馬灯のように頭を横切ったが、普通のフェリーは出港するということで、あっさりと五島についた。その日はもう夕方になっており、地元の居酒屋で魚と牛と五島うどんを食べて、その日は終了。

They introduce Viral-Track, a computational method that globally scans unmapped single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) data for the presence of viral RNA, enabling transcriptional cell sorting of infected versus bystander cells. Since current single cell technique relies on polyA reverse transcripton, viral RNA is also sequenced. First, map to host genome, then discard junk reads. Viral reads are de novo assembled,  then de-multiplexed. non-immune cell(CD45-) has high viral reads compared to immune (CD45+) cells. 気管支肺胞洗浄液(Bronchoalveolar Lavage Fluid:BALF) 400 - 15,000 transcripts from Virus are found in severe patients, but not in mild patients

View this post on Instagram !? A post shared by Masakazu Ishikawa 石川昌和 (@amufaamo) on Jul 19, 2020 at 6:20am PDT

It was raining like whole month, but this weekend looks sunny. I really hate rain. My recent work in my company was quite stressful, so I want to relax this weekend.  Saturday, I just wokeup and did nothing until lunch time. After I ate lunch (instant noodle), I walked till a park near my house. Then, I went to a bookshop, and bought novel. The title is 『ホテル　ローヤル』. This book got a famous prize, so I boutht the book.  Finally, I can buy book without any hesitation. When I was a university student (it was long), I was really poor, so I cannot buy even books. Now, I afford to buy books without any hesitation. It is quite happy for me. Sometimes, I buy books, but actually, I cannot read whole book. I cannot focus long time recently. It is sad things.  After I boutht the book, I went to small cafe near the bookshop. I ordered espresso, added 1 sugar, and start to read the book. The book is really interesting.  One of my dream is to become novelist. I still have this dream...

知らなかったんだけど、ベンチャー企業などが銀行から融資を受ける際、社長が連帯保証人になるらしい。これは、社長の本気にさせるという意味があるらしいのだけど、それはかなりリスクだな。会社で融資しているぐらいだから、何千万レベルだろうし、そんな資産あるわけないからすぐ自己破産しないといけない。 企業を立ち上げるということは、少なくとも人のため、多くは国のためになるのだから、もっと個人を守る政策にすればいいんだけど。例えば、起業したい人は問答無用に1億円投資して、政府が管理する口座に振り込む。一億円使い切ったら倒産。これでいいんじゃないかな。国としてはお金を使ってくれればいいわけで、税金として戻ってくるわけだし。民間の銀行などだとそりゃお金が無くなると大変だけど。 日本はよく起業しにくいって言われるけど海外だとそういうところがもっと融通が利くようになってるのかな。よくわかんないな。

「他人と比べない」ということが幸せになる条件であるというのは、どの本にも書いてあることだと思う。しかし、それが非常に難しいことがわかる。というのも、社会にいる以上社会の構成員の一人にならないといけない。その際に、数ある人がいる中で僕が選ばれないと構成員になれない。選ぶ側は必ず、その人の強みを見る。僕はその選ばれうる人たちに比べて、何かしらの強みを持っていないといけない。その強みを主張するためには、他人と比べなければならない。人生って難しいな。

もうまじやめて

Proteinに関して AntibodyにUniversalなオリゴを結合させる そのオリゴは、９ｂｐのバーコードがついたオリゴとAnnealする。さらに、Anchorが存在する まずそのアンカーに、Splinというリージョンがアニールする。そのあと、少しずつLigationがされていく。

A single-cell view on alga-virus interactions reveals sequential transcriptional programs and infection states https://advances.sciencemag.org/content/6/21/eaba4137 藻類とウィルスのSingle cell RNA-seqを行っている。

岐阜のドーミーインに泊まってる。よきかな。

ストレスがたまることがいくつかあったんだけど、そんなことちっぽけだと思えば心が軽くなった。 どんなにストレスがたまることがあったって殺されることはないんだし、自分が対したことないと思えば大したことない。地球から見て見れば僕のことなんて点でしかならない。そう考えると少し人生が楽しくなった。 そういう考えになると、なんか新しいこともできるような気がしてきた。燃えてきた。

いつでも仕事をやめられる準備をする。今日転職エージェントと話をした。そこで改めて僕が仕事に求める条件をまとめてみた。 給料 裁量 論文が出せるか まず１は自明だと思う。給料なんて高いほうがいいに決まってる。2つ目は、裁量。これは時間の自由があるかと、上司がうるさくないか。３は論文が出せるかどうか。職場をやめたら何も残らないのは困るし。 今の会社は、3が圧倒的にないので、もういいかなと思ってる。

今の会社は2018年10月に入社したんだけど、今日は入社以来最も会社をやめたいと思った日だった。別に何か悪いことがあったわけじゃないけど、自分の理想とは徐々に離れていったのだ。 僕は給料が高くて（当たり前）、自分の裁量が大きくて、創造的な仕事につきたいと思っている。今の職場は、ほぼ完璧で天職だと思っていたのだけど、徐々に会社の情勢も変わってきてやることも変わってきた。僕じゃなくてもいいような仕事ばかりやってる気がする。 でも、そんなことですぐ転職していいんだろうか。そりゃ完璧な仕事なんて殆どないんだから、すぐやめるのは子供じみているような気もする。しかし、残る必要もないんじゃないかとも思っている。分かれ道に来たときには苦しい道を進めばいいのかもしれないが、どっちのほうが苦しい道なんだろうか。というか、僕はどういう方向に進めばいいんだろうか。

人生ってなんだろう。未だによくわからない。どう生きればいいんだろうか。

タイトルで全てなんだけど、日曜日に世界遺産検定を受けに行った。 この検定を受けた理由は、自分の履歴書が恥ずかしかったから。他人の履歴書を見る機会があって、その人たちに比べて僕は何も資格を持っていないのが恥ずかしくなり、何かしらの資格を取ろうと思った。僕は旅好きであり、世界遺産は一般人よりもかなり好きな方だろうから、受かるだろうと思った。高校・大学も一発合格だし、勉強はできると思っていた。 無資格者が受けられる中で、最も高い2級を申し込み、公式テキストを買った。テキストを読めば受かると思っていたのだが、そのテキストをろくに読まなかった。普段から旅行の本はしょっちゅう見ているのに、何故か勉強となると全く読む気が起こらない。結局ほとんど読んでいない。 日曜日、関大前駅に降り、インドカレーを食べた。試験まで1時間半あるので、ガストでドリンクバーを頼み、世界遺産の本を読む。世界遺産の仕組みと日本の世界遺産で半分の点数になるというので、そこを重点的に読んだ。 関大に行き、試験会場に入る。センター試験やTOEICと全く同じ雰囲気である。思えば、試験というものを行うのが久しぶりだ。解答用紙が配られ、自分の受験番号をマークする。試験が開始され、問題用紙を開き回答を始める。ほとんどの問題がわからなかった。過去の試験経験で、手応えがないときに点数がいいときはまったくないことがわかっている。次の日、解答がネットに掲載され、答え合わせをしてみると、案の定悪い点数だった。100点満点中38点。60点以上が合格だからもちろん不合格。 何より悲しいのは、もう僕は努力ができない体になってしまったんじゃないかということ。もちろん世界遺産検定は、僕の進路や給与に全く影響しないのだけど、自分が好きな分野だし、楽に勉強できものだと思っていた。大学受験のときには本当に勉強して、あの習慣がまだ身についていると思っていたが全くそんなことはない。もうちょっと鍛える必要があるのかもしれない。

漫画喫茶で『蒼天航路』を読んだ。僕の記憶では、少なくとも高校のときに少し読んだことがあるので、2000年代の漫画家かと思ったが、第一巻が1995年だった。25年前のマンガである。こういう消費期限の長い作品というのは、一度作ってしまえば、かなり長い期間人を影響し続けられるんだな。逆にこのブログとかは、消費期限が一瞬なので、あまり作品としての価値はない。ただ、あくまでブログは僕の日記なので、それはそれでいいんだけど。

昨日の朝、明らかに体調が悪くて、一応出勤したんだけど何も頭に入らず、午後は休むことにした。午後すぐにベッドに行って、しばらくベッドに寝ていたら午後6時頃にはもう結構元気になっていた。やっぱり少し体調が悪かったらすぐに休むのがコツだな。よく「仕事が休めない」って言う人いるけどたしかにその人の気持ちもよく分かる。でも、そうであればなおさら少し休んだほうがいいんじゃないかと思う。 半日休んだことで、メールが凄いことになっていた。今日は一日メール対応。メールを返信すると次から次に来る。メールは一日一往復だと思っていたのだけど、そんなことはないな。ホリエモンが、優秀な人ほどメールの返信が早いって言ってたけど、それはたしかにそうかも知れない。優秀な人は即断即決な人だから、仕事がどんどん進むんだろう。 しかし、それと同時にメールばかり対応して、時間が分断されるのも良くないな。重要な仕事というのはある程度まとまった時間、例えば3時間とか必要だからメール・ミーティングとうまく兼ね合わないといけないな。どうすればいいんだろう。まだ答えは見つかってない。

はい、いつもの

ビジネスメールの数がどのくらいか、ざっくり数えてみると２０通ぐらいだった。検索してみると、平均３４通ぐらいらしいから僕のメールは少ないほうか。いやいや、社内はメールではなくチャットでやり取りしてるから、それを含めるなら多いほうか。 メールの量と階級ってかなり関係すると思う。下っ端だとほぼその人にダイレクトメールなんか届かなく、社長になると超大量のメールが届く。僕なんか、スウェーデンにいたときは２年に２０通ぐらいだったからな。

ヒトのUMAPが面白い The mutational constraint spectrum quantified from variation in 141,456 humans

世界遺産検定2級の試験が今週の日曜日にある。1つの本を読めば受かること、世界遺産自体が好きなので、間違いなく楽しく勉強できると思ったけど、その本を全く読んでいない。なんか、勉強となるといきなりできなくなるな。 放送大学も今期受けているのだけど、最近見なくなったし。勉強って難しい。