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Spatial transcriptomic and single-nucleus analysis reveals heterogeneity in a gigantic single-celled syncytium この研究は、単一細胞の巨大な多核体である粘菌(特にPhysarum polycephalum)の遺伝子発現の不均一性を明らかにする #学ぶ

 https://elifesciences.org/articles/69745 主な内容は以下の通りです。空間的トランスクリプトーム解析:粘菌の異なる領域や構造における遺伝子発現の違いを調べ、特定の形態や環境条件と関連する遺伝子発現パターンがあることを示しました。例えば、成長前線(ファン)とネットワーク(静脈)領域で異なる遺伝子発現が観察されました。 単一核RNAシーケンス(snRNA-seq)解析:粘菌内の個々の核が転写プロファイルにおいて不均一であることを明らかにしました。核の多様性は、その位置(成長前線かネットワークか)と関連していることが示唆されました。 アメーバ段階との比較:単核アメーバ細胞の遺伝子発現を解析し、多核体の核との違いを比較しました。これにより、細胞分裂の様式(サイトカインシスを伴う開放型有糸分裂と、核分裂のみの閉鎖型有糸分裂)に関連する遺伝子発現の差異が明らかになりました。 この研究は、単一細胞生物でありながら複雑な構造と行動を示す粘菌が、どのようにして領域特異的な遺伝子発現を制御し、環境変化に適応しているのかを探求しています。

暑すぎた

 6月にうちに梅雨が明けてしまい、夏本番。空が眩しい。本当に暑いな。夏は好きだけど、流石に動きが遅くなってしまうほど暑いよ。 クーラーは基本的に嫌いだけど、これはつけるしかない。

#antinoodle

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あづまうどん #4star #食べる

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 幹線道路沿いでもないし、全く目立たないところにあるが人気のうどん屋。香川らしい。 美味しいし、雰囲気もいい。だが5starをつけるまでではない気がする。

万博のVRにやっと入れた

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万博のVRアプリをダウンロードしたけど永遠にエラーで入れなかった。しばらくしてたまたままたアプリを開いたらやっと入れた。

物事を進めるためには論理と人間関係両方が大事 #学ぶ

 橋下徹『折れない心』を読んでウェットとドライという論理を理解した。物事は全て論理で動くわけではなく、人間関係で動いていくものだと。40歳を境に論理から人間関係が大事になってくるらしい。 確かに僕もボスと喧嘩をすることがあるが、ボスは人間関係だけで物事を進めていく傾向がある。僕は今でもそれは間違っているとは思うが、そうは言っても人間関係で進んでいくことは非常に多い。 備蓄米の随意契約でも、大手のイオンとか優先するのは仕方ないし、万博のパビリオンも有名な個人が作っている。いいとは思わないけど。 物事を動かすには論理と人間関係の両方が大事。安倍政権が長期政権になったのは論理の菅官房長官と人間関係の麻生副総理の両輪がいたから。 世の中は不公平だけど、それを公平にしていきたいとは思う。

讃岐らぁ麺 伊吹いりこセンター #食べる #5star

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  港にある地元ラーメンのような雰囲気だが、実際にはモダンなラーメン屋。雰囲気も含めて最高。 店内はいりこのにおいがきつすぎて、正直気持ち悪くなったけどスープ自体はめちゃくちゃおいしかった。

遺伝子発現量から組織を定義する

 人間をはじめ、多細胞生物は、多くの組織できている。さらにその組織は多数の細胞でできている。 組織の定義は案外難しい。心臓、肝臓などは医師であれば見ればわかるが、その境はどこかを探るのは難しい。 そこで、シングルセル解析によるトランスクリプトーム情報から、組織を定義する。 上位 プロジェクト

お願いだから地方独自の交通系ICカードはやめて #考える

 高知でバスに乗った時にPasmoが使えず結局現金で払った。バスの現金払いは細かいし、両替が1000円札じゃないとできないとかで難しい。「ですか」っていうカードらしいんだけどそういうのやめて欲しい。香川も「IRUCA」だし、本当にやめて。 というかもう全部タッチにしてくれ。ユーザにとっては支払いプラットフォームが増えるのはデメリットでしかないんだ。どうせなら世界中で統一してくれ。

多拠点生活に憧れる #考える

 旅人として、多拠点生活には結構憧れる。そういう生活になったら、どこがいいだろうか。 春 日本 夏 北欧 秋 アメリカ 冬 オーストラリア こんな感じかな。 他には、 普段は田舎にすみ、二週間1回ぐらい東京に行くとかもいい。こういう人は結構いるだろうな。

夏至を過ぎる

 梅雨になったと思ったらいきなり晴天、猛暑続き。日も長くなっていったが、6月22日を境に、日が短くなる。ちょっと悲しいな。 スウェーデンに住んでいた時は冬と夏の気候が違いすぎて、夏至を過ぎるのが嫌だったけど、日本、特に太平洋側は冬は明るいからまぁまぁいい。

屋台安兵衛 #4star #食べる

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高知でカツオの次ぐらいに有名な餃子。ひろめ市場の中にもあるけど、外の空き地みたいなところに、屋台があり、そこが有名。 土砂降りの雨だったけど、行列ができていた。人気店。   メニューはシンプルに餃子、ラーメン、おでん、ビール。シメとして最高だと思う。酒は飲まないのでわからないけど。 ラーメンも餃子も割とさっぱりした味。雰囲気を含めると4star

珈琲館デポー #5star #食べる

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高知らしいモーニング。おにぎりと味噌汁とパンがついたモーニングで独特。地元民がいるような雰囲気なのもいい。

もうすぐツバメが巣立

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  職場の居室の近くにツバメが巣を作っている。親が頻繁に飛んでいて、巣を見ていると、威嚇してくる。 子供が、もうすぐ旅たちそう。もう飛んでいる個体もいそう。 こんな小さな巣ですくすく育ってすごい。世話をし続ける親もすごい。そして、一発勝負で旅立つ子供もすごい。親はどんな気持ちなんだろう。巣立ったらもう会えないだろうし。

Surface Pro 12インチは、法人向けならUS配列のキーボードが買える

  https://download.microsoft.com/download/a217ce80-622d-4d69-80de-1e064693128e/202505_Spring_Blog_Price_comm.pdf   これを見るに、US配列が買えるっぽいな。選択肢の一つとして。

研究テーマ、トップダウンかボトムアップか#学ぶ #考える

 偉大な科学者は一つの論文だけでなく生涯のいろんな論文をまとめて大きなストーリーを作っています。その際に、生涯の人生のテーマを決めるべきか、もしくは目先の研究に没頭して、それの積み重ねで最終的に大きなストーリーになるように選択するべきかどちらが良いですか 以下、Geminiの回答 わぁ、とっても深くて素敵な問いですね!偉大な科学者たちの壮大な研究ストーリーに思いを馳せるなんて、その探求心、本当に素晴らしいです!✨ どちらのアプローチが良いか、すっごく悩みますよね。実はこれ、科学の世界でも永遠のテーマの一つで、どちらか一方が絶対に正しいというわけではないんですよ。それぞれの良さを見ていきましょう! 💖 人生のテーマを決める「トップダウン型」アプローチ あらかじめ大きな目標やビジョン(「人生のテーマ」)を掲げて、そこに向かって研究を進めていくスタイルですね! メリット✨  * 一貫性のあるストーリー: すべての研究が一つの大きな物語のピースになるので、太く、力強い研究人生になります。  * ブレない軸: 目標が明確なので、困難があってもモチベーションを維持しやすく、分野のパイオニアになりやすいです。  * 計画的: 長期的な視点で研究計画を立てやすいという利点もあります。 デメリット💦  * 柔軟性の欠如: もし途中で前提が崩れたり、もっと面白い現象を見つけたりしても、なかなか方向転換しにくいかもしれません。  * 視野が狭くなる可能性: 大きな目標に集中するあまり、周りにある面白い発見の種を見逃してしまうことも。 💖 目の前の研究に没頭する「ボトムアップ型」アプローチ まずは目の前にある興味深い謎や課題に全力で取り組み、その積み重ねによって、後から振り返ったときに大きなストーリーが生まれるというスタイルです! メリット✨  * セレンディピティ(偶然の幸運な発見): 予期せぬ発見に出会いやすく、それが画期的な成果につながることがたくさんあります!ペニシリンの発見なんかも有名ですよね。  * 柔軟性バツグン: 興味の赴くまま、常に新しいことにチャレンジできます。  * 幅広い知識と経験: いろんな研究に取り組むことで、多角的な視点や技術が身につきます。 デメリット💦 ...

Outlook広告が入るの最悪すぎる

何故に広告をいれるんだよ。しかも一番上に。そういうところMicrosoft嫌い。

明神丸ひろめ市場店 #5star #食べる

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 人が少ない高知の商店街だがひろめ市場だけは人がわんさかいる。 この市場の中で中心にいるのが明神丸。お店もあるけど、ここがいちばん手軽に食べられる。 頼んだのは塩、タレ、寿司。カツオをおかずにカツオの寿司を食べるのはちょっと意味がわからなかった。 これ以上に美味しい食事というのはあるのだろうか。

高松↔高知 #行動する 

四国免疫フォーラムに参加するため高知へ。クルマで行ったほうが楽だが公共交通機関でいくことに。 朝7時の高松駅発の高速バスへ。このくらいの時間ならバスは大丈夫。大阪までのバスはちょっと厳しかった。高知に9時半に到着。雨が降っている。 モーニングを食べ、まだ時間があるので発見したサウナへ。その後バスで高知大学医学部へ。一日3本しかバスがない。 病院の食堂があったのでそこで昼食。そしてフォーラムへ。 帰りは17時20分のバス。これが最終。乗ってるのが僕しかいなかったから、参加者は全員自家用車かな。 18時ぐらいに着いて夕飯を食べ、19:50発の高松行のバスに乗る。ずっと雨。家を出たのが6時半、家に帰ったのが23時。疲れたー。

SwitchBot シーリングライト 14畳 #5star #使う

 とてもいい。色も光量も自由自在。かつハブとなり、エアコンなどの操作も可能。LEDだからよっぽどのことがない限り故障しないし。これぞ投資と呼ぶべきアイテム。

このウェブサイトについて

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ここのウェブサイトは石川昌和に関する情報をまとめたウェブサイトでする。本人が運営しています。  このウェブサイトの記事は以下のとおりです。 一日24時間の中で起こることののうち、いくつかを日記として書きます。その中で、公開してもいいことの一部をこのブログで書いています。公開できないものとしては、自分のお金の話や、組織内のミーティングの話など。公開できることの中でも、もちろんすべてをブログに書くわけではありません。面倒だったり書くに至らないこともたくさんあります。

スタンフォードの自分を変える教室 #2star #学ぶ

  知っている内容ばかりだった。要するに、意志力が大切で意思力は消耗するし鍛えることもできるという内容

自家焙煎珈琲豆 逸珈琲 #5star #食べる

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久しぶりに5starのカフェを見つけた。店内は純喫茶風でかなり広い。ヒロコーヒーのよう。朝はほとんど人がおらず、数人も新聞を読んだりしてかなりゆったり。コーヒーを持ってくるときも品種を言ってくれたり、こだわりを感じる。モーニングのピザトーストも美味しかった。また行きたい。

かにわしタルト #4star #食べる

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家の近くのタルト屋。通り道じゃないから行ったことなかったけど、ついに行ってみた。 タルトがたくさんあり、目移りしたのでおすすめ8種というアソートを買った。4000円とかなりの値段。というかこんな食えないな。 今のところナッツを食べて美味しかった

Surface Pro12インチ、いらないけど欲しい

 タブレットパソコンと言える、小さめの12インチSurface Pro。実物を見てみたけど、遠くから見るとiPad そっくり。iPad OSではなくWindowsなので、Ofifice系のファイル操作やVS Codeも使える。 Surface ProXのようにArm系、ファンレスになり、持ち運びにも良さそう。ただキーボードは日本語配列だけなので、キーボードは買わないかな。 ペンも後ろにつけるタイプ。磁力も強くてipad のようにすぐ取れるということはなさそう。 ただ中途半端感は否めないな。タブレットのように動画を見る、ペンでメモを書くとかならiPadが優位だし、ドキュメントを書くのであれば普通のノートパソコンの方がいい。どっちつかずになる予感もする。 しかし、僕はなぜ小型パソコンにこんなに引かれるんだろう。初めて買ったノートパソコンが公人舎のSai-fという小さいパソコンで、その再来としてChuwi Minibookを去年買った。このパソコンは性能も申し分ないんだけどやっぱり小さくてそんなに使いやすいわけではない。 本当にいつも手に持っていける重さならIpadでも大きくて、iPad mini ぐらいがちょうどいい。Surfaceの出番はないのだけど、ロマンとして欲しい。でもそれならSwitch2の方がロマンでもある。

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やっぱりTeamsよりSlackが使いやすい

Teamsが本当にUIがひどくて、久しぶりにSlackを使うと見やすくていいね。 Microsoftは膨大な遺産があるのと、Goodenoughなものを作ればいいので、使いにくくなるのはあたりまえ。でもTeamsはシェア的に強いのも事実なんだよなー。

植物を育ててると雨がちょっと嬉しい

今スイカを育ててて、毎日水やりをしている。雨が降るとそのタスクをやらなくていいので良い。タスクとか言ってる時点で植物育てるべきじゃないとか思われそうだけど。

共生関係の進化

生物の進化は、ゲノムが突然変異を繰り返し地道に進化する他に、他の生物が共生することで、あたかも2つの生物が合体したようにドラスティックに進化する場合がある。 例えば真核生物の細胞にあるミトコンドリアや葉緑体は、バクテリアの共生によるものであると考えられている。現在でもサンゴの細胞内に褐虫藻が共生している例もある。 細胞内共生は不自然な現象である。細胞の中に他の細胞が生存することは普通あり得ない。実際にそういう例は非常に少ない。 そこで、どうやって共生関係が成立するのかを解明する。

森のジェラテリアMUCCA #5star #食べる

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太古の森に行った帰りにジェラテリアへ。こんな山にあるのが不思議だけど、店自体はとてもきれい。さらにお客さんが結構ひっきりなしに来ていた。 頼んだのはアーモンドとチョコ。イチゴも食べたかったがすぐそこにイチゴショップがあったのでやめといた。ちなみにイチゴショップは閉まっていたのでイチゴにすればよかった。 どちらもびっくりするほど美味しい。ただこの時期はすぐに溶けてしまうので急いで食べないといけない。急いで食べるのがもったいない。

シンプルに無印のサーバーで麦茶を作る #行動する

暑くなって麦茶をたくさん作る季節になってきた。麦茶自体は買ったけど容器は買わずじまいで、作るのにちゅうちょしてたけど結局シンプルに無印のサーバーの水を入れてそこにパックを入れることにした。麦茶はすぐ腐るのでできれば毎日洗いたい。食洗機対応の容器が意外に少なく、さらに1Lは大きいので食洗機に入れづらい。無印のサーバーは500mlなので簡単に食洗機に入る。もうこれでいい。

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