石川 昌和 | Masakazu Ishikawa | いしかわ まさかず

GTDの本を改めて買って、もう一度Google keepで丁寧にやってみようと思う。 GTDの基本は以下の通り。それをgoogle.keepでどうやるかを考える。 １Inbox 思いついたことをとりあえず書く。そしてピン止めする。 ２資料 行動を起こすべきという判断でNoかつ資料として有用であればそのままメモとしてピンを外す。ある程度たまったらまとめてgoogle documentで管理する。 ３いつかやる 「いつかやる」カテゴリに入れる ４プロジェクト プロジェクトというのは複数のタスクがあり、一年以内に達成できそうな目標のこと。 プロジェクトタグを作り、１プロジェクト１メモを作り、リストにする。 ５次にやる行動 「次にやる」カテゴリに入れる ６カレンダー リマインダーで設定する ここで今までと変えた部分は以下 ・プロジェクトの定義を明らかにした。 プロジェクトで一番重要なのは「一年以内に達成する」という定義づけ。さもないと、「楽しく過ごす」とかいう曖昧なものもできてしまい、対処しにくくなる ・プロジェクトをリストにした。 今まで１タスクにつき１メモにしていて、プロジェクトごとにカテゴリを作っていたんだけど、これだと結構メモを書くのが面倒なので、１プロジェクトを１メモにして、リストにした。これだとうまく行きそう。 結局重要なのは「常にアクセス」ことだと思う。何はともあれ、自分で変えていかないとだめだし、みないと何もしない。 ただ、懸念するのはGoogle calendarとの関係。Todoリストではなくスケジュールにするというのが重要だと聞いたので、Google calendarを頻繁に使いたいのだけど、それだとGTDはできない。かといって、Google keepのリマインダーは非常に便利なのだけど、スケジュールとしてはイマイチ。これをどうするか。

いつもは知的労働だけど今日は肉体労働。しかもエアコンの効かない部屋でめっちゃ疲れた。 でも帰りの終わった感が結構いい感じ。バイト時代の日雇いのときのような爽やかさ。 肉体労働は仕事が終われば終わりだけど知的労働は仕事が終わっても

まずはHisat2のインストール。バイオコンダから。 conda install hisat2 その次に、Whole genome sequenceのデータからHLAのリードのみを取り出す。この場合に気をつけねければならないのがファイル名。Inputファイルは、.1.fq.gz, .2.fq.gzという名前じゃないといけない。さらにPair-endの場合、それ以前の名前は同一でないといけない。 hisatgenotype_extract_reads.py --base genotype_genome --read-dir fastq --out-dir output 最後にMapping hisatgenotype_locus.py --base hla -1 output/190609_14-1_HLA_S17_L001_R1_001.hla.extracted.1.fq.gz -2 output/190609_14-1_HLA_S17_L001_R1_001.hla.extracted.2.fq.gz Outputは以下の通り                 hisat2 graph                         7697 reads and 4219 pairs are aligned                                 1 A*01:01:01:01 (count: 4207)   ...