石川 昌和 | Masakazu Ishikawa | いしかわ まさかず

いよいよ科研費も大詰め。できれば今日中にアップロードはしておきたいと思い、仕事終わりにガストにいってきた。 僕が行くガストはいつも人が少なくて、いいんだけどちょっと暗い感じがする。テレワークするには明るい方がいいな。ってかこれってテレワークとは言わないか。宿題か。 まずミックスグリルという激うま定食を食べ、ドリンクバーでコーラを飲み、自分の原稿を読む。知り合いの原稿ももらったけど、レベルが違う・・・自分のは、めちゃくちゃ余白大きいし。何の信ぴょう性もないな。だんだん落ち込んでくる。 だが、何とかアップロードは済ませた。これでもうどうなってもいいや。 Google documentで書いていたから、Wordにすると結構文字化けしていた。もうこういうのはやめてほしい。というかMicrosoft office文化つぶれないかな。Google documentの方がやりやすいし。でも、役所がすべてOfficeで送らないといけないから、結局Officeになるんだよね。もう紙を前提とした資料をやめれば、フォーマット関係なくHtmlとかMarkdownでかけるんだけど。 やっぱり僕は文章を書くのが苦手だな。作品というのはほとんどの場合文章だと思うので、これはどんどん練習していかないといけない。

DNAからVDJ-seqをする方法

寒くなったので服を買いに行かないといけないのだけど、めんどくさい。おしゃれに興味ないし、洗うとすぐだめになるから高いものを買う必要はない。ただずっとユニクロも飽きてきたので、無印で服を買ってみた。選ぶ労力もそれほどでもないし、着心地よかったらこれからも無印で買っていこう。 なんか、もう店舗はいいかな。ネット通販だけで買い物がしたい。

As I said, I changed my browser from Google chrome to Microsoft Edge. Since I have to add extensions again, I will list the extensions. Vimium C I want to use a PC without a mouse. Vimium can almost make my wish come true. I can use the browser like vim. It’s not perfect, but it is very useful. Dark reader This extension turns almost all websites to dark mode. I want to keep my eyes healthy. Google Arts & Culture This extension shows artwork when I open a new tab. Usually, the new tab shows google search bar, but I don’t need it.

仕事で使っているSurface proXは、16Gbのメモリで、僕が使っているパソコンの中では一番たくさんのメモリを積んでいる。しかし、Google chromeが他のパソコンよりもやたら重い。タスクマネージャーを開くとCPUとメモリがパンパン。おかしいなと思い、試しにEdgeを使ってみるとかなりサクサクになった。 Surface proXはARMで、Google chromeは32 bitなので、もっさりするのかもしれない。 僕はパソコンで作業することが多いので、軌道の速さは仕事の量と直結する。しばらくはEdgeを使っていこうと思う。Chromium baseになってるから、Chromeとほとんど変わらないし。

最近異様にポテトが食べたい気分になる。この日はとにかくポテトを食べにマクドナルドへ。ポテト、ナゲット、三角チョコパイと、なんだか頭の悪そうなメニュー。マクドナルドをおいしいと思って食べる人が幸せになるんだと思う。

今年度三回目の釣り。場所は同じく大阪の南港魚つり園護岸。以前春、夏と行って、竿を入れたとたんサバがたくさん連れた。春から夏にかけて、明らかに個体が大きくなっていたので、秋はスーパーに売ってるレベルの魚が釣れると思っていた。 僕は北摂に住んでいるので、南大阪に行くのは一苦労。片道2時間程度かかる。夏は炎天下だったが、この日はちょうどいい気候。釣り座がないほどの人。期待できたが、釣り座を探している時点で、この日は釣れないことが分かった。普段だとみんなどんどんつっているのだが、この日は全く魚を見ない。案の定全くつれなかった。 僕の考えでは、釣りというのは奥深いようで実際はそこまで奥深くない。魚がいれば釣れ、いなければ釣れない。この日は全く魚がいなかった。あんなたくさん人がいて、駐車場が入れないほどだったのに。 今年の釣りは終わりか

細胞・核にオリゴをつける方法 5’側にLipidがついている。 oligoを作るのが難しそう anchorとunanchorが必要

一回目の住民投票のときから一貫して大阪都構想には賛成。橋下徹さんが好きで、彼の発言はすべて正論だと思っている。前回はギリギリ否決されたけど、今回は可決されるんじゃないかな。 大阪都構想が可決されると、地方分権が進むんじゃないかな。 今回と前回の住民投票の違いは、公明党が全面的に賛成になったことかな。前回は、公明党は住民投票自体は賛成だが、都構想には反対だった。自民党共産党はすべて反対。前回は橋下さん一人ですべての矢を受けながら戦っていたけど、今回は公明党がいるからかなり心強い。

#movie #like アマゾンプライムにあったので見てみた。よくCMで流れていたから、見たかったんだよね。実際に面白かった。

 僕は研究者なので、やはり論文がたくさん出てる人は羨ましい。僕はかなり少ないので、そのことを話すのも嫌だけど、負け惜しみを言うと、業績はあるけどただ仕事をやらされているだけっていう人もいると思う。 僕は大学のときから研究テーマというのは１００％自分で考えてきた。だから、業績が出るまでは時間がかかる。しかし、上司（教授）が１００％考えて、指導して自分は手を動かすだけという人は結果が出るのは早い。それを繰り返すと結局業績が増えて、更に正の循環になっていく。 ただ、これで劣等コンプレックスになってはいけない。僕としては淡々と前進することである。そして実際に前進したときは、１００％自分の実力であるということを自負せず、運もかなり貢献しているということを認識しないといけない。

 ２０１８年９月３０日にスウェーデンを出国し、生活の準備をして１０月１５日に今の会社ではたき始めた。そこから今日で丸二年。本当にあっという間だったな。スウェーデン生活もまる二年だけど、その時よりも時間が早い気がする。これはいいことなのか悪いことなのか。 スウェーデン生活と比較すると、今はまだ恵まれていると思う。仕事も役に立っている感覚はある。スウェーデンでは本当に何もできなかった。 ２年経ち、自分の中では転職解禁。でもどうするかはまだわからない。

 今２つの職場を兼任しており、個人のメールを合わせると５つのメールアドレスを持っている。別々のアカウントなのでいちいち見るのが大変なので、個人のアカウントにすべて転送することにした。さらに、送られたメールアドレスから返信するとすれば、全く問題ない。

 #like JCOMでたまたま流れていたヒロシの番組。旅番組が好きで、特にゆるい旅番組が好きだからこの番組は面白い。地上波の編集しまくったものよりこういうのがいいな。     

 久しぶりのWorldFOODTripはインドネシア。場所は、大阪御堂筋線の中津駅近くのBagusというお店。梅田からも徒歩１０分ほどでたどり着ける。当然ながら梅田駅周辺は賑わっているが、ここらへんまで来ると歩いている人もまばらである。普通に生活していたらめったに出会うことがない店だろう。 出歩くときはランチタイムが多いのだが、この日はたまたまディナータイムに店を訪れた。久しぶりのWorldFOODTripなので、コース料理で最も品数が多い３５００円のコースを頼んだ。 内容は以下の通り。 Lumpia Goreng　揚げ春巻き Martabak Telor　インドネシア風お好み焼き Tumis Kangkung　空芯菜の炒めもの Soto Ayam　はるさめ入りチキンスープ Udang rica rica　海老の天ぷら Rendang Padang パダンの牛肉煮込み Mie Goreng　インドネシアの焼きそば Nassi Goreng インドネシア風焼き飯 Dessert　デザート １皿が一食分ぐらいのボリュームで、かなりの量だったがどれも美味しかった。

 ずっとGoogle driveでのPDF閲覧に不満を持っていたけど、今日Adobe acrobatを使ってみてこれでいいやと思った。デフォルトに設定するとクリックですぐ開くし、Vimiumが使えるし快適。

マイクロフォーサーズのオリンパスペンを持っているんだけど、フルサイズのカメラが欲しくなってきた。ただ、どれがあるのかよくわからないので、ヨドバシカメラで、フルサイズかつミラーレスなものはどれがあるか聞いてみた。 結論から言うと、ソニーのα７IIIというものが最も売れて、おすすめらしい。値段もほかは３０万ごえだが、α７IIIは２０万円台。まぁ買うならこれだな。 と思ったんだけど、今月にα７Sという小型のものが出るらしい。値段も若干安いので、僕にはそれが一番いいかも。 ただ、２０万も払って、買うべきかちょっと悩む。現在マイクロフォーサーズで満足しているのだけど、フルサイズだとレンズも買わないといけないし、ここまで金をかけるべきかもちょっと悩むなー。

 度々自分の人生についてよくわからなくなる。一体僕はなんのために生きているのか。この明確な答えがいまだ出てこない。 偉い教授などは羨ましいと思う一方、なぜそんなことをやっているのか疑問に思ったりする。僕は一体どうなりたいんだろうな。

10x GenomicsのNormalization mapped  (default): For each library type, subsample reads from higher-depth GEM wells until they all have, on average, an equal number of reads per cell that are confidently mapped to the transcriptome (Gene Expression) or assigned to known features (Feature Barcode Technology). If Targeted Gene Expression libraries are included, then normalization is performed on the basis of average reads per cell mapped confidently to the targeted transcriptome. The subsampling rates for Targeted Gene Expression libraries are all multiplied by 2 (provided all samples can achieve that depth). This is consistent with sequencing depth recommendations  and is also done to avoid removing large fractions of reads from targeted libraries whenever they are combined with whole transcriptome libraries.

久しぶりに『嫌われる勇気』を読んでみた。まだ全部読んでないが、ひとつずつ飲み込んでいこうと思っている。 まず、最初の話題は原因論・目的論について。アドラーは、人間は過去によって性格が決められているわけではなく、なにか目的がありその目的を達成するために過去を利用しているという、行動はすべて能動的であるということを言っている。これはつまり、自分の人生に対して、自分に責任を追わせるというということである。 ただ、全て目的論的に考えるというのは無理があると僕は思う。例えばインフルエンザにかかって体の調子が悪いときに、「学校を休みたいから体の調子を悪くした」とは言い難い。原因論も完全に否定はできないが、アドラー心理学とのいいとこ取りを取るとすれば、「未来は選択できる」ということかもしれない。過去の影響がないとは言えないが、それでも過去によって全て規定されている訳ではない。  #direction

日曜日が出勤だったので、振替休日で貴重な平日休み。かねてから行こうと思っていた空庭温泉に行く。その前にちょっと豪華な昼食を食べた。sky buffe 51という、ホテルの51階にあるブッフェ。窓からは大阪が一望でき、夜だったら夜景がきれいだろうな。あいにく僕は予約客じゃないし、一人なので窓側の席じゃなかったけれども。 お客さんは、僕以外には一人の客はいない感じ。女性の人が多かった印象がある。みなさん結構おしゃれな格好をしていた。すごくスイーツが充実している。ただ、3000円超えの料金なのだが、ステーキがなかったのは少し残念。まぁ、そんな貧乏舌の僕は素直に焼き肉とか行けばよかったんだけどね。何はともあれ非常に贅沢な時間を過ごした。

#direction

 履歴書とか申請書を書いていると、自分の業績のなさとかに泣けてくる。何何賞をもらったことなんてないし、作品もない。他人を気にするなって言うけど、社会に生きるためには人と関わる以外ないんだよ。

4月から大学にも所属するようになったので、科研費を申請することになった。11月が最終的な締め切りだが、学内で書式などのチェックのため、来週の金曜日には提出しないといけない。テーマはわかっているものの、それをちゃんと書かないといけないのが結構つらい。 さらに僕は今まで助成金に受かったことがないからかなり苦手意識がある。僕は文章がうまいと自分で言い聞かせてきたけど、そんなことはないのだ。文章が下手なんだったら、もっと勉強するべきだ。

すっごく久しぶりにNintendo switchのマリオカートをやってみた。結構面白い。今でもオンラインは結構盛んで、全く勝てないけど。 最初は、Yがアクセルということも忘れていたけど、人生の楽しみが一つ増えてよかった。

kindle fire HD8 plusを頻繁に使っている。主に寝る前に、Prime videoでプリズンブレイクを見ている。パソコンだと大きいからあまりベッドに持ち込めない。８インチというのがギリギリのサイズ。 ７インチを前に買ったことがあるけど、ものすごくモッタリしてたから使わなくなった。やっぱり早いって便利。 #like #item

# Print line number along with contents of barcodes.tsv.gz and genes.tsv.gz zcat barcodes.tsv.gz | awk -F "\t" 'BEGIN { OFS = "," }; {print NR,$1}' | sort -t, -k 1b,1 > numbered_barcodes.csv zcat features.tsv.gz | awk -F "\t" 'BEGIN { OFS = "," }; {print NR,$1,$2,$3}' | sort -t, -k 1b,1 > numbered_features.csv # Skip the header lines and sort matrix.mtx.gz zcat matrix.mtx.gz | tail -n +4 | awk -F " " 'BEGIN { OFS = "," }; {print $1,$2,$3}' | sort -t, -k 1b,1 > feature_sorted_matrix.csv zcat matrix.mtx.gz | tail -n +4 | awk -F " " 'BEGIN { OFS = "," }; {print $1,$2,$3}' | sort -t, -k 2b,2 > barcode_sorted_matrix.csv # Use join to replace line number with barcodes and genes join -t, -1 1 -2 1 numbered_features.csv feature_sorted_matrix.csv | cut -d, -f 2,3,4,5,6 | sort -t, -k 4b,4 | join -t, -1 1 -2 4 numbered_barcodes.csv - | cut -d, -f 2,3,4,5,6 > fina...

wget -O -  https://-ja.tar.gz | tar zxvf - -O -というのが重要 #informatics

echo http… >> url.txt echo http… >> url.txt wget -i url.txt rm url.txt #informatics

FPKM/RPKM 各サンプルの総リード数を100万にそろえる。 各遺伝子を1000 bpとして補正する。 TPM 遺伝子長が1000 bpとして補正する 各サンプルの総リード数をすべて100万にそろえる。 つまり補正の順番を逆にしただけ。 最初はFPKMが使われていたが、不具合があったため、TPMのほうが最近ではよく使われているらしい。 https://link.springer.com/article/10.1007/s12064-012-0162-3 #biology #informatics

五月にタイに行く予定だったけど、コロナの影響で飛行機がキャンセルになり、8月、10月と延期し続けていたけど、ついに延期もできなくなったのでアカウントクレジットを申請した。要するにポイントにして返金するということだが、往復2万という安いチケットだっただけに、航空券をもらったほうが2万円のポイントをもらうよりもお得だと思う。まぁ仕方ないな。本当に航空会社は大打撃だな。 もうとにかく世界中でマスク必須にして、あとは自由に行動できるようにしてくれればいいんだけどな。

 僕が大学院生で住んでいた遺伝研谷田宿舎が取り壊されたらしい。 僕が住んでいるときも超レトロな建物で、本当に人が住んでいるのかどうかわからないような建物だった。だが、家賃が２０００円と激安で、極貧な僕にとっては本当に助かる存在だった。谷田宿舎がなかったら、僕は博士号を取得できてなかっただろうな。 取り壊しの様子がFacebookに載っているので添付します。