FPKMとTPM
FPKM/RPKM
- 各サンプルの総リード数を100万にそろえる。
- 各遺伝子を1000 bpとして補正する。
TPM
- 遺伝子長が1000 bpとして補正する
- 各サンプルの総リード数をすべて100万にそろえる。
つまり補正の順番を逆にしただけ。
最初はFPKMが使われていたが、不具合があったため、TPMのほうが最近ではよく使われているらしい。
https://link.springer.com/article/10.1007/s12064-012-0162-3
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