石川 昌和 | Masakazu Ishikawa | いしかわ まさかず

 Teslaが、自動運転で工場から輸送先の船に車が移動するようにしたらしい。たしかに、どういう仕組なのかよく知らないけど、わざわざ人が運転するとめちゃくちゃ面倒な作業そうだから、これは画期的だと思う。 さらにBoring Companyは、車一台通れるギリギリのトンネルを掘ることでコストを下げている。それは電気自動車でかつ自動運転のTeslaなら、安全に通れる。 自動運転なら職場まで寝てても着くし、簡易的なオフィスにもなったりするかもしれない。ポテンシャルはかなり高いな。

最近色々雑務が増えてきた。しかし、僕としてはそれらは置いといて、もっと大きい仕事をするべきだと思っている。 大学の教員は、研究するのが仕事ではあるが、それ以外にもいろんな仕事がある。わかりやすいのは講義。90分話すというのはめちゃくちゃ大変で、それが週に一回あるとほぼそれで時間を取られる。テストの採点などもある。 それ以外にも、例えば遺伝子組み換えの申請のために、他の人の部屋を訪れてどうすればいいかなどをチェックする人もいる。学会やセミナーで会議場を予約したり、コーヒーを作ってくれる業者を探したり。挙げ句の果てには、試験の際の試験監督や、交通整理の仕事もある。 しかし、こういう仕事が嫌かというと、そういうわけでもない。こういう仕事も、大学にとっては大事な業務であるから、やる意義はある。さらに、やることもある程度決まっていて、結果がすぐ出る。これが研究と違うところで、研究は結果が出るかどうかわからないし、出たところでそれが評価されるかどうかわからない。されたとしても、自分が死んだ後かもしれない。 以前読んだ本で、「長期的な承認、短期的な承認」という言葉を使っている本があった。それがまさに研究か、雑務かということである。 雑務がダメだと言っているのではない。実際に世の中に必要とされているし、それを得意かつ好きにやっている人もいる。しかし、少なくとも僕はそういう方向にはいかないようにする。短期的な承認欲求は極力抑えて、長期的な承認を求める。

RでedgeRを使って差発現遺伝子解析を行った後、GOエンリッチメント解析を行う方法はいくつかあります。ここでは、代表的な方法とその手順を説明します。 必要なパッケージのインストール まず、必要なパッケージをインストールします。 if ( ! require ( "BiocManager" , quietly = TRUE ) ) install.packages ( "BiocManager" ) BiocManager :: install ( c ( "edgeR" , "GO.db" , "topGO" , "org.Hs.eg.db" , "AnnotationDbi" ) ) # 例: ヒトの場合 edgeR : 差発現遺伝子解析に使用 GO.db : Gene Ontologyデータベース topGO : GOエンリッチメント解析に使用 org.Hs.eg.db (例): ヒトの遺伝子IDとEntrez IDをマッピングするアノテーションパッケージ。対象生物に合わせて変更してください（例: org.Mm.eg.db (マウス), org.Rn.eg.db (ラット)）。 AnnotationDbi : アノテーションパッケージを扱うための共通インターフェース GOエンリッチメント解析のステップ 差発現遺伝子リストの準備: edgeR の結果から、有意に発現変動した遺伝子のリストを抽出します。 一般的に、FDR（調整済みp値）が一定の閾値（例: 0.05）を下回る遺伝子を抽出します。 edgeR の結果オブジェクト（例: et ) から必要な情報を抽出します。 # edgeRの結果オブジェクト et があると仮定 de_genes <- rownames ( et $ table ) [ et $ table $ FDR < 0.05 ] head ( de_genes ) # 抽出された遺伝子リストを確認 遺伝子IDの変換: 抽出された遺伝子ID（例: エンサンブルID、遺伝子シンボル）を、Entrez...

 研究者の人と話す機会があり、やりたいことはあるけどお金がないというのは、みんな言っている。 確かに、それはその通り。そしてその傾向は、徐々に高まっている気がする。 『会社の価値』という本の中に、ライブドア事件のことがちょくちょく出てくる。おそらくその頃に書かれた本なのだろう。その中で堀江貴文さんの「お金で買えないものはない」という発言の説明がされていた。 お金ですべて買えるということは、既得権益の打破であるということであるらしい。たしかに、お金さえあれば、誰でもApple社でもMicrosoft社でも買うことができる。逆にお金で買えないもの、例えば国、天皇制のようなものは、既得権益そのものである。お金で買えないからこそ、それを崩すためには、戦争をしたりしないといけない。政治家などは一応選挙をしているが、これは世襲制が有利だったり、既得権益がないわけではない。 トランプ大統領が、グリーンランドを購入すると発言したり、大スポンサーであるイーロン・マスクが日本で言う大臣のポジションになったり、お金がより重要になってきている気がする。 それに憂いでるのではなく、より公平な社会になったと、喜ぶべきかもしれない。そして、自分自身も力をつけるために、お金を稼いでいく必要があると思う。

 Macの場合 1. Code > Preferences > Settingsに移動 2. 検索窓に「Completion」などを入れて、”Editor: Tab Completion”を探す。 3. ”Tab Completion”を"on"にする。 デフォルトでオンにしといてよ。

 そこまでたくさんうどんを食べている感じはしないが、さすがに香川に住んでいると、うどんは避けられないので、だいぶ経験値が溜まってきた。ということで現時点で僕の中でのうどんランキングをつけたいと思う。ちなみにこれは味だけでなく、お客さんが来たり、自分が観光として来るならどこがいいかというのが一番の基準 1位　うどん本陣山田屋 インパクトも強く、味もいいということで堂々1位。店自体が重要文化財の古民家で、車じゃないと行けないところだがそれだけの価値はある。うどんも間違いなく美味しい。 https://amufaamo.blogspot.com/2025/01/5star_26.html 2位　手打十段　バカ一代 ほとんどのランキングで1位、Googleの口コミ数も多分1位。いつも並んでいる。だが、回転率が高いので結構すぐ入れる。 ここの名物は釜バター。ちょっと色物的な感じがあるので、1位にはしなかったが、美味しいのは間違いない。店内も気取った感じではないので、そこはいい。 https://amufaamo.blogspot.com/2024/12/5star_26.html 3位　さか枝 いわゆるオーソドックスなうどん屋で、地元客が多い印象。上の2つはテーマパーク的な感じなので、そうでない、ローカルなうどん屋を求めるときはここがいいと思う。市役所とかにも近く、高松駅からも歩けるので、行ったほうがいいと思う。

うどんのメジャーリーグと言っていい香川県で、少なくとも僕の中では1位、つまりKing of Kingのうどん屋、山田屋。ついに行くことができた。 ここは『水曜どうでしょう』でもお遍路の寺よりも優先して行っていたのが印象的だった。この度、近くに来る用事があったので、行ってみた。 ちょうど12時に到着し、車はいっぱいあったが並ぶ必要はなかった。うどん屋はたいてい小さい店舗だが、ここはかなり大きい。お盆を取って並んでうどんを受け取って会計するセルフ方式ではなく、席で注文するフルサービス。 この建物は重要文化財らしく、かなり席数がある。駐車場もかなりあり、バスも停められる。 僕は、肉うどん、鯖寿司、冬の天ぷら（ふぐ・かき）を頼んだ。 どれもめちゃくちゃ美味しい。肉うどんは本当に理想的な肉うどんだった。 お客さんが来たら絶対にここにつれていきたいお店。

 全く違う業界に転職するのなら別だけど、似たところに転職するときは、ほぼ間違いなく、以前の職場の関係者と会うことになる。僕もそういうことはよくある。なので、去り際には、なるべく喧嘩しないほうがいい。 そもそもそこが嫌で転職することが多いのだから、最後の最後に喧嘩して去ってやろうとか、退職代行とか、やられた方にとってはかなり腹たつ行動をしがちである。そこはグッと堪えて、にここにで去っていったほうがいい。じゃないと結局自分に跳ね返ってくる。

 タブレットやスマホは文字の入力がしにくいので、パソコンで文字を打ったほうがいい。なのでiPadに物理キーボードを繋げて文字を打つのは意味がないと思っていたが、最近それもいいかなと思い始めた。 というのも、仕事で一日中パソコンで作業していると、家に帰ってパソコンを触るのが嫌になる。タブレットやスマホなら大丈夫なので、気分転換のために、タブレットで物理キーボードを使えば、ブログも日記もよく書くようになる。 ということで、今ぼくはタブレットと物理キーボードでブログを書いている。これは結構いいかもしれない。

今年はコンテナ技術を勉強しようと思っている。RootじゃないとDockerが使いにくいから、Rootless dockerのインストールを試していただけど、結局無理だった。 やっぱりApptainerを使うしかないのか。あれはちょっと使いにくいんだよなー。

Rでデータフレームのある列を、rownamesをするには、以下のとおりです。 library ( tidyverse ) count <- count %>% column_to_rownames ( var = 'gene_id' ) この操作で、 gene_id 列がrownamesに移動し、元の gene_id 列はデータフレームから削除されます。

早暁プログラムに不採択だったが、コメントを見るとごもっともだなと思う。やっぱり面接官はプロで、落ちるべくして落ちたのだと思う。 落ちた原因の一つに、「申請者は事業家ではなく研究者である」と書かれてあった。その通りで、僕自身申請書で「研究者として事業化したい」と書いた。それは実際に思っていることなのだけど、そもそもその申請書は事業家が書く申請書なので、そこでかなりの減点になったと思う。 奇をてらうとか、人と違うことをするとか、やってみたいと思うのだけど、自分にはそれを認めてもらう能力はない。とことん謙虚にいかないと。

 JSTの早暁プログラムという、起業のプログラムに応募したが不採択だった。 一次選考は通過し、東京駅で面接だった。その時点で結構自信があったが不採択。その不採択の理由が至極まともで、正しい判断だったと思う。 採択結果はPDFで送られてきたが、そのPDFが送られるメールの文面を見ても不採択は明らかだった。かなりそっけなかったし。これまでいろんなものに落ちてきたが、不合格とか不採択とかになると、かなりそっけない。郵送だと紙一枚なので、持ったじてんでわかる。合格なら他の書類が入っているから、重い。 合格だったら面接してくれた人など今後も接して行くのだろうが、落ちたらもう二度と会わないと思うと、一期一会感が強いな。 ショックだなー。これが受かると２０２５年は明るいと思っていたんだけどなぁ。でも自分のアイデアも今ひとつということもよくわかっている。残念。

息子が元気すぎて、家にいると退屈してしまうので出かけるようにしている。この日は高速に乗って丸亀市に行き、マルタスというところに行った。丸亀城や市役所がある中心部にマルタスがある。 マルタスというのは、市民交流センターであるらしい。しかし、かなり近代的だった。入るとすぐにスタバがある。そして本がたくさん並べてあり、図書館として本を借りられる。席もかなり多く、勉強している人もたくさんいる。図書館としては最高の場所だと思う。その奥に、キッズスペースがある。うちのコは1歳だが、かなり活動的で階段を登ったりかなりの運動量である。

 子連れで外食することもまぁまぁあるが、子連れだとラーメン屋には絶対はいらない。この日は、散髪するために珍しく一人で外出することになったので、一人でラーメン屋に入ることにした。 最初は「豚を喰らえ」というラーメン屋に行ったが、もう終了していた。そこから徒歩圏内のダントツラーメンに行った。ちょうどカウンターが空いていたのですぐ入れた。 頼んだのは豚ラーメン大。チャーシューがまわりにのっている。 野菜はもともと普通のサイズの2倍ということだった。野菜は最大8倍までできるらしく、8倍にすると１Kgになるらしい。 結論から言うと、全部食べきれなかった。明らかに多かった。でも高松でもこういう二郎系のラーメンが食べられることがわかったので良かった。次は普通盛りで、野菜多めにしようかな。

 世間と同じく僕も１月６日から２０２５年の仕事始め。2024年は全体的にあったかかったが、この日は寒い。そして職場も寒い。エアコンを切っているからだが、エアコンを付けても全く暖かくならない。30度に設定しても無理。事務に連絡したら、次の日にストーブを持ってきてくれるとのこと。なのでこの日は寒いまま過ごすしかない。 と言っても寒すぎた。特に足が寒い。コンビニまで行き、カイロを買って足につけたがそれでも寒い。足を上に上げると仕事ができない。以前友人が、パソコンの熱で暖を取っていると言っていたが僕のパソコンは省エネで有名なMacBookAir。そもそもノートパソコンを抱いていると仕事ができない。 仕方なくその日は寒いまま仕事をした。車の暖房で徐々に回復した。 次の日、事務の人が小型のストーブを持ってきてくれた。事情により僕のところと事務は車で30分ぐらいの距離なので、往復1時間かけて持ってきてくれて本当に申し訳ない。さらに、「今まで気づかなくてすみませんでした。」と言われた。実際に12月は我慢していたのではなく、寒くなかったのである。事務の人のせいではまったくない。 さて、ストーブは小型だが、足元を暖めるとだいぶ違う。そしてこんな小型なストーブでもずっとつけていると部屋が暖かくなる。午後になると部屋が暑くなって、窓を開けるほどになった。実際に2月にはエアコンの工事のためにエアコンが使えなくなるらしいが、ストーブがあれば全く問題ないだろう。

本『会社の値段』に書いてあったが、企業の経営権を得るためには51%の株さえさればいい。それでも100%の株を買う意味というのは、絶対に株価を上げる自信があるかららしい。そもそもその自信がないと企業を買収しようと思わないわけだが、買収して株価を一生懸命上げたのに、全部自分の手柄にならないのがもったいないからだとか。なるほど。

抗原・抗体特異性の網羅的解析

初めて香川県立図書館に行った。当たり前だが、県立図書館は市立図書館より本が多くていい。香川県民の税金で成り立っているが、実質大きい図書館は高松市に一個だけだから、結構不公平じゃないかな。図書館って何で存在するのだろうか。 借りた本は以下である。 - 我々は生命を創れるのか - 日本社会のしくみ - キュレーターの極上芸術案内 - 花札 図書館で借りた本は、今の自分の興味を表している。買う本もそうなのだけど、本を買うときはだいたい一冊しか買わないし、そんなに毎日変えるものでもない。図書館は無料なので、いつも５冊ぐらいは借りるし、わざとジャンルが違うものを借りるので、いま自分の興味がどこにあるのかを知れるのにいい。

子どもが机の上にあるものはすべて落とすのが宿命と考えているらしい。スマホも例に漏れず、落としまくる。普段だったら問題ないがこの日はカフェの机の上にスマホがあり、床がザラザラしていて運悪くスマホの画面が割れてしまった。一体いつになったらスマホが割れずに済むのだろうか。 ガラスは飛び散らないが、触ると手が切れそうなので、フィルムを貼った。本当は修理したいのだけど３万円ぐらいかかるらしい。出費が痛すぎる。今年はiPhone SEと、Pixel 9aが出るみたいだから、それまで待つか。ケースとかつけるのは、重くなるし厚くなるので嫌なのだけど、費用対効果を考えるとつけるべきだな。

 ふとディズニーランドってカウントダウンやってるのかどうか調べてみたら、2024年12月31日は普通に9時閉園だった。カウントダウンやってないみたい。2020年のコロナのときからやってないらしい。一方USJはやってるっぽい。 ディズニーランドのカウントダウンは、一回行ったことがある。2000年のときに12月30日にホテルに泊まり、12月31日にホテルのロビーでカウントダウンのチケットを売っていた。買おうと思ったけど、宿泊者のみだったので、断念。その後数年経って、ヤフオクでチケットを買った。 カウントダウンは、かなりの体力勝負。もちろん深夜にパレードをやっていて、基本的に立っていないといけない。寒いし。宿泊者じゃなければ寝れないし。大変だと思うけど、ディズニーはもうカウントダウンやらないのかな。

インストール conda install bioconda::rsem -y 参考 https://anaconda.org/bioconda/rsem Mapping これはSTARを使う STARのインストール conda install bioconda::star -y STARのIndexを作成 STAR \ --runMode genomeGenerate \ --genomeDir /path/to/index/INDEX \ --genomeFastaFiles /path/to/genomefasta/〇〇.dna.toplevel.fasta \ --sjdbGTFfile /path/to/gtf/〇〇.gtf \ --runThreadN 8 STARでMapping STAR \ --genomeDir /path/to/index \ --readFilesIn read1.fastq.gz read2.fastq.gz \ --runThreadN 8 \ --readFilesCommand zcat \ --outSAMtype BAM SortedByCoordinate \ --quantMode TranscriptomeSAM GeneCounts --quantMode TranscriptomeSAMが重要　GeneCountsはあってもなくてもいい。 RSEMのRUN RSEMでインデックスを作成 rsem-prepare-reference \ --num-threads 8 \ --gtf /path/to/gtf/〇〇.gtf \ /path/to/fasta/〇〇.fasta \ rsem_reference RSEMのrun rsem-calculate-expression \ -p 8 \ --paired-end \ -alignments \ --estimate-rspd \ Aligned.toTranscriptome.out.bam \ rsem_reference \ rsem_run