10x GenomicsのCellrangerのCloud Analysisを使う方法 #学ぶ

 Cellrangerはメモリを食うので普通のパソコンでは難しいが、Cloud Analysisだと、クラウドで操作ができるらしい。

https://cloud.10xgenomics.com/

これでアカウントを作成する。

# ファイルアップロード

ローカルからファイルをアップロードする方法も非常に詳しく載っている。

https://www.10xgenomics.com/support/software/cloud-analysis/latest/tutorials/CA-upload-via-cli-for-linux

#10x Cloud CLIをダウンロード

curl -f -o txg-linux-v2.0.0.tar.gz https://cf.10xgenomics.com/cloud-cli/v2.0.0/txg-linux-v2.0.0.tar.gz

tar -zxvf txg-linux-v2.0.0.tar.gz

#ファイルをアップロード

./txg files upload --project-id [insert unique project id] [insert path to inputs]

ここは、個人のページだとちゃんとproject IDがのっている。

*など、正規表現も使えるので結構便利。