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5月, 2025の投稿を表示しています

The Perfect Days #5star #学ぶ

何も起こらない最高の映画だった。東京のボロアパートに住みトイレ掃除の仕事をする。ほぼ毎日同じ日常の繰り返し。それを素晴らしいと思うか、つまらないと思うか。僕はつまらないと思うが、素晴らしいと思う人生ううらやましく思うこともある。

睡眠時間は6−7時間

スマートウォッチをつけて睡眠時間を計測しているが、だいたい6時間から7時間ぐらい。 特に時間がないわけではないのだけど、7時間以上は寝れない様だ。特に最近は子供が夜泣きをするので、必ず1回は夜中に覚醒する。そのせいで睡眠不足気味だが、それは避けられない。 あとはコーヒーの量を少なくすると質が良くなるかもしれないがコーヒーを飲まない生活はあまり考えられないな。せめて午後はコーヒーはやめるか、デカフェに挑戦してみるか。

香川×岡山つながる食の大博覧会 にいってきた #食べる #行動する

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 昼にさらっと、高松のアリーナに行ってきた。 アリーナ前の広場に、煙の出るような屋台がいっぱい。これがメインの食事場所。 その中で、山田牧場の牛串焼きを頼んだ。ポスター(?)も無骨で良い感じ。 串焼き、めちゃくちゃ美味かった。シンプルだけど最高。1000円でも十分出す価値がある。 そしてアリーナ内へ。初めてのアリーナ。高松駅前という超好立地。新しくていい。でも思ってたより広くないな。 アリーナ内はあまり食べ物はないので、そこまで活気がない感じかな。

コリコランワイド#使う #5star

腰痛、肩こりが本当になくなる。つけ心地はゼロ。これは神の商品。 難点は高いこと。アイリスオーヤマが1万円で作ってくれればいいんだけど。

現在のスマートフォンの画面 #行動する

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ひとまず徹底的にシンプルにすることを目指した。背景は黒。下に5つのよく使うアプリ 1. Google Keep 2. Line 3. Gemini 4. Googleウォレット 5. Google Map そして一番下にはGoogle検索。ほぼChromebook。 シンプルすぎて変えるかもしれないけど、今のところこれで行く。ウィジェットは使いやすそうで使いにくいものばっかりなんだよなー。

SwitchBot ロック #5star #使う

 粘着以外がGood.粘着の両面テープが結構取れる

東東亭 #食べる #3star

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241025 絵に描いたような町中華の店。外から見ると本当に営業しているのかどうかわからない。しかし入るとほぼ満席である。 焼き飯(小)と餃子を食べる。ここの焼き飯は小で普通の焼き飯ぐらいの量がある。大だと食べきれないかもしれない。炒飯ではなく焼き飯。美味しいが量が多いので単調になりがちだ。次は中華丼を試してみたほうがいい。みんなからの評価は高いが、ちょっと大袈裟だとは思う。しかし確実に学生時代の思い出になるような店である。 250523 再訪。天津飯が人気らしいので天津飯(大)を頼んでみた。 上で大は食べ切れないと書いていたのに、大を頼んだせいで苦しかった。天津飯は美味しいが、キャベツが甘すぎたかな。

シングルセルシーケンスによるSLE関連B細胞受容体とその変異過程の解明

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本研究は、シングルセルシーケンス技術を用いることで、全身性エリテマトーデス(SLE)の病態に深く関与するB細胞受容体(BCR)の完全な配列を個々の細胞レベルで特定し、その体細胞超変異過程を詳細に明らかにすることを目的とする(図)。 SLEの発症には自己反応性B細胞が深く関与していることが知られているが、従来の研究ではB細胞集団全体の解析が主流であり、個々のB細胞におけるBCR情報や体細胞超変異の蓄積過程を捉えることは困難であった。 本研究では、シングルセルシーケンスを活用することで、SLE患者において特異的に増殖しているB細胞クローン、それらのBCRの体細胞超変異過程、そして標的となる自己抗原を詳細に特定することを目指す。 これらの知見は、SLEの病態形成メカニズムの解明に貢献するのみならず、将来的にはSLEに対する新たな治療法開発や、個々の患者に合わせた個別化医療の実現にも繋がることが期待される。 上位プロジェクト

2025GW鳥取 #行動する

 

2025GW鳥取 最後の夜は日の出湯 #行動する

 令和院から徒歩数分で、日の出湯という銭湯がある。ここは数年前に来たところで、街中の銭湯なのにちゃんとした温泉が出ることで、記憶に残っている。 中は本当にレトロな銭湯。番頭のおばあちゃんがおり、大きな扇風機があり、鍵付きのロッカーがある。シャンプーなどは備えつけてなく、必要であれば一回分の小分けを買う。 まず、シャワーが熱すぎた。まともに体に掛けられないぐらい熱い。調整もできない。洗面器にお湯を溜め、水で冷ますが、蛇口から出る水の勢いもかなり強く、調整が難しい。冷たいか熱いかのお湯をかけ、体と髪を洗い、湯船に浸かる。湯船も熱いが、43度ぐらいで、シャワーのお湯よりかは熱くない。シャワーが熱すぎるおかげで、湯船のお湯がちょうど良く感じられる。お湯は正真正銘の温泉。しょっぱいお湯が常に出ている。普通の銭湯でここまで質がいい温泉に入れるところはほとんどないだろう。 のぼせそうなほど入り、宿に戻りすぐに寝た。次の日は鳥取からひたすら高松に向かって電車ゃを乗り継ぐ旅。 ということで、2025年GWの僕の旅は終わり。

四国バイオネットワークを作る #考える

 それぞれの研究機関が連携し、研究を推進するようなシステムを作りたい。 現在、生物学は一つの研究で様々な技術を必要とすることが多い。例えばマウス肝臓のRNAseqであれば、 1 マウスを飼育 2 肝臓を摘出 3 RNA抽出 4 Library調整 5 クオリティチェック 6 シーケンス 7 データ解析 といろんな工程がある。それぞれの工程で、数百万 〜 数億の機械が必要になる。一方、研究者の研究費はほとんどの場合そのような機械を買うことはできない。例えば1番ポピュラーな科研費基盤Cは、3年で350万円ほど。1年で100万ぐらいしか使えない。試薬代は出せても、機械を出すことはできない。 なので、各研究機関を有効活用し、その資産を上手に運用できるような体制にしたい。そうすれば、研究者は研究の構想と結果の考察という、研究者にとって1番重要な仕事にフォーカスできる。 まずは四国から、そこから中国、九州に広げて誰でも研究ができる体制を整える。 上位目的:あらゆる機会を民主化する

今の上司は最高の上司かもしれない

 上司を選ぶことはできないのだが、今の上司は本当に上司として理想の人かもしれない。あることで、怒りのメールをぶつけたが、それを怒りで返すのではなく、宥めてその後論理的に説明する。謝るところは謝る。

瀬戸内国際芸術祭2025で男木島へ #行動する

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 女木島、屋島の次は男木島へ。 男木島は女木島と同じフェリーで行く。高松港から40分。日に日に観光客が増えている気がする。芸術祭の効果すごいな。 男木島につき、まずは海水浴場へ向かう。息子が浜で遊ぶのがすごく好きなので、そこでしばらく遊ぶ。 海水浴場近くにあるのは、「歩く方舟」。男木島のアートの代表的存在。2013年だから、初期の作品。 その後、戻って「お魚料理とカフェNICO」という隠れ家的なレストランで食べる。海鮮丼美味しい。 次にエミリー・ファイフ「私たちの島」。古い公民館のようなところにある作品。 松本秋則「アキノリウム」。これが一番良かった。2016年と、10年近く前の作品。これのメンテナンスとかどうしてるんだろう。 男木島は女木島に比べてアップダウンが激しい。歩く子ども、ベビーカーがある中でのアップダウンはきつい。汗だくになりながらも、抹茶ラテフロートを食べると回復! 「漆の家プロジェクト」これも2010年と、初期の作品。 「部屋の中の部屋」。これは部屋が90度回転している状態。これも2016年の作品だが、保存状態すごい。 川島猛の「ドリームランド」 港に戻る。案内所にもなっている「男木島の魂」。 「たこつぼる」 男木島は大変だった。平坦なところがほとんどない。その点女木島は高松にも近いし、行きやすい。

アスファルトのヒビの隙間に綺麗な花咲いてた。パンジーじゃなくてビオラらしい。

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Todoを手書きでやってみる

  最近やることがたくさん増えてしまった。しかもそのタスクがさらに子供、兄弟を産み、どんどん増えていく。 これはまずいと、今やることを手書きで書いてみた。正式に言うとIpadのApple Pencilを使い、Noteアプリで書いている。 手書きとキーボードの違いはいくつかある。まず、仕事で1日中キーボードを触っているから、もうキーボードを触りたくないという感覚になることがあるさらに、キーボードを触ると他の仕事をしてしまう危険性がある。そのために手書きは有効。 あと柔軟性も手書きが勝る。タスクの名前がきっちりしないときは絵を描いてもいい。さらにその子タスクも矢印を引っ張ったりすれば分かりやすいし、それは手書きのほうがいい。 手書きのデメリットとしては、並べ替え、コピペが難しいこと。そして同期も難しいこと。IpadのNotEはAppleのデバイスだと見れるが、僕のスマホはAndroidなので見れない。Google Keepならいいけど、Ipadでの使いごごちはイマイチ。同期も上手くいかない時がある。

2025GW鳥取 鳥取駅につき、令和院に泊まる #行動する #4star

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 県立美術館に行くことが目的だったので、もう鳥取でやることはない。倉吉から本日の宿がある鳥取駅に向かう。別に特急に乗らなくても、普通の列車でなんなくいけた。 まだ時間があったので、県立博物館にも行ってみた。そこで時間を潰し、本日の宿令和院に。いわゆる安宿、ドミトリーである。普通の宿に泊まることも出来なくはないが、まだまだ現役バックパッカーとしての意地がある。 この宿は、名前も中国語っぽいし、いかにも怪しそうな宿だが実際は結構良かった。受付の人も優しく、宿も綺麗。ベッドはもちろん二段ベッドだが、それで十分である。まだまだ現役バックパッカー。下の人のいびきがうるさすぎて、ベッドが振動するほどだったが、それは仕方がない。喋る人はマナー違反だが、いびきは悪気があるわけではない。

図書館で借りた本250510 #学ぶ

https://amufaamo.blogspot.com/2025/03/250301.html 前回 数学ガール フェルマーの最終定理  結城浩/著 -- ソフトバンククリエイティブ -- 2008.3 -- 410.4 齋藤孝のざっくり!美術史 5つの基準で選んだ世界の巨匠50人  齋藤孝/著 -- 祥伝社 -- 2009.11 -- 720.4 生命進化の物理法則 チャールズ・コケル/著 -- 河出書房新社 -- 2019.12 -- 464.9 美術手帖∥B・T 1090号 世界はシンプルなほど正しい 「オッカムの剃刀」はいかに今日の科学をつくったか  ジョンジョー・マクファデン/著 -- 光文社 -- 2023.3 -- 401 基礎から学べる現代アート 亀井 博司/著 -- 晶文社 -- 2023.7 -- 702.07 私はどういうものに興味がありますか? これらの書籍から、あなたがどのような分野に興味をお持ちか推察いたします。 あなたは、**数学や科学(特に物理学や生命科学)、そして美術(特に美術史や現代アート)**といった、 知的好奇心を刺激する幅広い分野 に関心がおありのようですね。 特に、以下の点に興味をお持ちだと考えられます。 物事の根源や法則性 : 「フェルマーの最終定理」のような数学の難問や、「生命進化の物理法則」「オッカムの剃刀」といった科学の基本原理など、物事の根底にある法則や理論に関心があるようです。 知の探求と歴史 : 数学の歴史的難問、美術史、科学史(オッカムの剃刀が科学に与えた影響など)といった、知的な営みが時間と共にどのように発展してきたかという歴史的側面にも興味をお持ちのようです。 学際的な視点 : 「生命進化の物理法則」のように、生物学と物理学を結びつけるような、異なる学問分野が交差する領域にも関心があると考えられます。 美術への深い関心 : 美術史の入門書だけでなく、現代アートの解説書や美術専門誌「美術手帖」を借りていることから、美術に対する関心は一時的なものではなく、継続的かつ深いものである可能性があります。歴史的な流れを踏まえつつ、現代の動向も追いたいというお気持ちが伺えます。 分かりやすい解説や入門 : 「数学ガール」「ざっくり!美術史」「基礎から...

iPad mini #5star #使う

 2年ほどずっと使っているiPad mini。毎日使っているので、本当に買ってよかった。 やることは基本的にはメモ、Kindleで読書。長旅のときには映画をダウンロードしてみる。

2025GW鳥取 牛骨ラーメンを食べる #食べる #3star

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 美術館から倉吉駅に戻り、名物の牛骨ラーメンを食べる。いったところは、牛骨ごっつおらーめん 倉吉本店というところ。 正直言うと、美味しいのかよくわからない。美味しいと思うけどあまり印象に残らない味かな。経験したことはいいことである。

2025GW鳥取 いざ鳥取県立美術館へ #行動する #4star

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 次の日、朝食も取らずバスで三朝温泉から県立美術館の方へ向かう。バスの運転手の人が優しい人で、美術館に一番近いバス停で止まってくれ、美術館までの道を教えてくれた。 県立美術館ができたことで、駅前はちょっと浮かれている。 まだ早いので、近くのカフェで朝食を食べる。オープン直後に美術館に行くと、軽く列ができていた。 今回の展示は「Art Of The Real」というテーマで古典から現代まで、かなり気合の入った展覧会になっている。中でも1番の目玉はもちろんアンディ・ウォーホルの「ブリロボックス」。鳥取けんが3億円で買ったことで批判が出て、現在返却するかのアンケートをこの美術館で行なっている。このアンケートをするためにはるばる鳥取まで来たと言っても過言ではない。 この前で「こんな無駄なものを買って」と純粋に怒っているおばあちゃんがいた。 出口に出て、アンケートに答える。アンケートの選択肢がちょっと悪意あるのが残念。僕は「返却すべき」と書いた。 このブリロボックスを買ったこと自体は正解だと思う。ニュースになったことで僕もこの美術館のことに興味を持ったし、いい宣伝になった。人口が最も少ない鳥取で、よくわからないアートに3億円というのもインパクトがあった。 ただ、それ以上のインパクトは多分もうないだろう。ブリロボックス自体は世界中にあるわけだし、わざわざこれを見にここまで来る価値はないように思う。さらにブリロボックスは偽物も多い。返却して、お金が戻ってくれば、儲け物だが持っていてもこれ以上の価値は出ないように思う。 美術館自体は素晴らしいものだが、あまりに交通の便が悪すぎる。鳥取自体行くのが大変でその中の倉吉の、駅からも遠いところにあるなんて。しかも美術館なんて日本中に至るところにあるのだから、わざわざここに来る必要は全くない。三朝温泉とか魅力的な温泉はあるが、温泉も日本中にあるし、やはりそこまで多くの人がくるとはおもえない。

edgeRで使われる負の二項分布(Negative binomial distribution)とは何か

  はじめに RNA-Seq(RNAシーケンシング)実験では、まず複数のRNAサンプルからRNAを抽出し、シーケンシングを行います。次に、得られた大量の短い配列データ(リード)をゲノムにマッピングし、各遺伝子に由来するリードの数をカウントします。このカウントデータが、遺伝子の発現量の指標となります。サンプル  i  の遺伝子  g  から得られたリード数を  y g i  とします。 なぜ負の二項モデルが必要なのか? RNA-Seqのカウントデータは、ばらつきを持っています。このばらつきには、主に2つの要因が考えられます。 技術的なばらつき (Technical variation):  同じRNAサンプルを繰り返しシーケンスした場合に生じる測定誤差です。これは、リードカウントがある程度ポアソン分布に従うとされています。ポアソン分布では、分散と平均が等しくなります。 生物学的なばらつき (Biological variation):  生物学的な反復サンプル間(例えば、異なる個体や異なる培養細胞など)での遺伝子発現の真の変動です。同じ処理条件下であっても、個体差などにより遺伝子の発現レベルはサンプルごとに異なります。 もし技術的なばらつきだけしか存在しないのであれば、ポアソン分布で十分にデータを説明できます。しかし、実際には生物学的なばらつきが無視できないほど大きく、ポアソン分布で仮定されるよりも大きなばらつき(過分散)を示すことが一般的です。 そこで、この過分散をうまく捉えるために 負の二項分布 (Negative Binomial distribution)  が用いられます。 そもそも違う条件のものを比べるんだから差が出るのは当たり前ではないのか? 例えば、 新しい薬を病気のグループに投与する vs 投与しないグループ 特定の栄養素を与えた植物 vs 与えなかった植物 こういった実験では、「薬を投与すれば症状が良くなるはず」「栄養素を与えれば成長が良くなるはず」といったように、条件の違いによって何らかの「差」が出ることを期待しています。 では、なぜわざわざ「負の二項モデル」のような少し複雑な話が出てくるのでしょうか? それは、 「見えた差」が本当に「条件の違いによ...

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