石川 昌和 | Masakazu Ishikawa | いしかわ まさかず

SlideNoteというものを買ってみた。ファイルなんだけど、A4の紙をはさんでカチッとすれば、冊子のようになる。僕のように大量の紙二メモをするときにはかなり重宝する。今までは自分でパンチに穴を開けていたんだけど、それも面倒なので、これはとてもいいかもしれない。

Photo by Pawel Czerwinski on  Unsplash 1. Seuratのインストール まず、RにSeuratをインストールしないといけません。Seuratの他にHdf5ファイルを読み込むためのhdf5rもインストールしましょう。インストールのコマンドは以下です。 Biocondaでインストール（おすすめ） 何かをインストールするとき、Biocondaでインストールできればそれが一番簡単です。ターミナルの画面で、R環境に 入ってない 状態で、以下のコマンドを入力します。 R環境下でインストール Biocondaじゃなくても、Rのinstall.packagesコマンドでSeuratをインストール可能です。ターミナルで”R”と入力すると、Rの環境に入るはずです。R環境下で以下のコマンドを入力します。 上記のいずれかで、Seuratがちゃんとインストールされたかを確認するにはR環境下で、以下のコマンドを入力します。 このコマンドを入力して何もエラーが出なければちゃんとSeuratがインストールされ、呼び出されています。 いよいよ本番の解析です。現在、singleセルシーケンスの多くは10x Genomics社のChromiumプラットフォームを用いて行われています。なので、今回は10x Genomics社の解析ツールCellrangerで解析された出力ファイルを用いて解析を行います。 練習用データをダウンロード 10x Genomics社のウェブサイトにデータセットがあるので、今回は 5k Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMCs) from a Healthy Donor (v3 chemistry) のデータを使いたいと思います。必要なデータは、 Feature / cell matrix HDF5 (filtered) です。hdf5形式と呼ばれるファイルです。まずこのファイルをwgerもしくはcurlでダウンロードします。こちらはR環境下ではうまくいきませんので、q()でRから抜けてください。その後に、 これで5k_pbmc_v3_filtered_feature_bc_matrix.h5というファイルがダウンロードされました。再びR環境下で、そのファイル...

1. 構造 Shinyは大きく、３つの構造になっています。 #R #User interface ui <- fluidPage() #analysis server <- function(input, output) {} #execute shiny app(ui = ui, server = server) 2. ui 2.1 navbarPage()の中にtabPanelを作る navbarPage(“navibar”, tabPanel(“Upload”,), tabPanel(“Result”,), ) 2.2 Sidebarのレイアウト sidebarLayout( sidebarPanel()) Server

Photo by Kilimanjaro STUDIOz on  Unsplash IFTTTの機能を使って、ブログをmediumでかき、Bloggerに転送することにした。普通にIFTTTを使うとmedium -> bloggerはただのリンクになってしまうので、mediumの記事をRSSにして、RSS -> bloggerにした。mediumのほうがかなり書きやすい気がする。

medium newでかけるのか。これはいいな

 スマホの機種 Rakuten hand

インストール  bash環境下で以下のように書きます。 conda install -c bioconda r-seurat -y conda install -c conda-forge r-hdf5r

 超無理やりだけどR上で Sys.getenv('R_HOME') とするとRがある場所がわかる Condaで作った環境を見るには以下 conda info -e これのbin以下を変える。

構造 Shinyは大きく、３つの構造になっています。 #User interface ui <- fluidPage() #analysis server <- function(input, output) {} #execute shiny app(ui = ui, server = server) ui タブバー tab bar navbarPage()の中にtabPanelを作る navbarPage("navibar",     tabPanel("Upload",),      tabPanel("Result",), ) Server

 ガンディーのすごいところは徹底した性善説に立って、インド人のためとかイギリス人をやっつけるということではなく人類にとって正しいことをしていることである。

ジャン・ジャック・ルソーは『社会契約論』を書き、現代の自由な社会を作った偉大な人物だが露出狂であった。人間は完璧ではないし、自分が言ったことと真反対なことをすることもある。しかし、それで良い。３歩進んで２歩下がるぐらいが人間である。ガチガチに理念に縛られなくてもいい。ただ、ゆっくりと前には進むこと。

 スプラトゥーン３を買ったんだけど、面白くて毎日やっている。スプラトゥーンとマリオカートが面白いのは、時間が短いことと、弱くても勝てる見込みがあることじゃないかな。

 人間、寝ることより大切なことはない。仕事が忙しくて寝る暇がないなら、その仕事は辞めるべき。やることがあって寝られないならやることを減らすべき。

 手書きだとやっぱり保存性があまり良くないので、Google documentを使って音声入力をしてみた。精度はそこまで良くはないけど結局読み返さないからどうなってもいい。手書きよりも圧倒的に早いんだけどこれはいいんだろうか。よくわからないな。とりあえず今週は音声入力でやってみようかな。

 モーニングページをいつもA43枚分書いてるんだけど、どのくらいの文字数か調べてみた。30字が13行で390字。それを3枚だから1170字ということで、だいたい1200字。原稿用紙3枚分である。

 実行が大切なのはわかるけど、計画がないとあらぬ方向に行ってしまう。だから、ちゃんと計画はしないといけない。ただし計画をしていないから実行をしないという言い訳はしないこと。結局実行も計画もちゃんとしようということ。

 『フランクル心理学入門』というのを読んでいて、アプリオリという言葉を見て感じた。僕は昔から哲学的なもの、真理を追求するものが好きなんだと思った。モーニングページで、そのことは発見していたんだけど、実はかなり昔から気持ちは変わらないんだと思った。

モーニングページとは、一日A4用紙3ページ何かを書くこと。書くことがなければ書くことがないと書くこと。書くことがなくなるというのがミソで、そうなると自分が思っていることを書くしかなくなる。自分がどうありたいか、何をしたいのかを書くしかなくなるから、強制的に瞑想状態になる。

NHKの英語の測定をやったんだけど、思ったより低かった。基礎レベル。一応海外で働いていたんだけどなぁ。どうやって英語をきたえるか。最近ラジオ英会話を聞かなくなったので聞かないといけないな。 ロシア語もやろうと思ったけど、とりあえず2022年はDuolingoに抑えよう。Grit力がついてきた証拠7日もしれない。

 ニュースダイエットをしていて、その成果がまだ２日なんだけど、少しだけ出てきた。ニュースというのは何もしてなくても目に入ってくるものなんだけど、それがどうでもいいと思えるようになってきた。ロシアーウクライナの戦争とか、世界的には大変な事件かもしれないけどボク個人にとっては何もできないし、どうしようもない。僕は淡々と自分の人生を生きていくだけだ。 ７つの習慣の影響の輪、嫌われる勇気の課題の分離がそれに当たると思う。自分が影響できるものにフォーカスすること。影響を与えたいけど与えられないものは、与えられるように努力すること。つまりは結局影響の輪の中だけにフォーカスすることだと思う。

 ずっとリジェクトされ続けていた論文がやっとReviseになった。共同研究の成果であり、早く出したかったのだがかなり長期戦になってしまっていた。それでもめげずに頑張ってこれたのは本当に共同研究者のおかげだと思う。

ストレスを与えられるとすぐに鬱になるわけではない。うつはその人の非解釈によるものである。例えば強制収容所のような悲惨な状況でも、大人数が同じ境遇であると認識できれば、鬱になる確率は低くなる。 『文化人類学のエッセンス』

 Chromeで縦タブができないので、Vivaldiというブラウザにしてみたけど、結局やめてしまった。かなりいいものと思っていたけど、Google keep拡張のログインができないこと、上が切れてしまうことが原因。なんか、別にブラウザはこだわらなくてもいいんじゃないかって思ってきた。

本屋で並べられていて、Amazonでもおすすめされていたから買ってみたけど買う必要なかった。ありきたりな自称ミニマリストの本だった。なんでミニマリストってiphoneをつかって、ミニマリストのくせにアプリはたくさん入れるんだろう。

あの番組に出てる人とかあまりお金のこととか考えずに自分がやりたいことをしているみたいでとてもいいな。

 仕事のせいで自殺してしまうのが意味がわからなかったのだけど、それは心理的視野狭窄になったからだそうだ。ストレスが貯まると身体的にも精神的も視野が狭くなり、仕事を辞めるという考えもなくなってしまうそうだ。 『文化人類学のエッセンス』

 金持ちになってリゾートホテルに泊まって高い料理を食べる生活がしたい。

 簡単に言えばニュースを見ないということ。今週はそれをやってみる。 ニュースの定義は僕の中では以下の通り ・Twitter, Facebook, Instagram（もともとさほどみてない） ・Youtubeのトップ画面（見たい動画があればGoogle検索から見る） ・LINEで表示されているニュース ・広告をクリックしない

 日曜日の朝はできればモーニングにでかけたいと思っている。今日行ったのはCafe yatt。ここは家からちょっと遠いので気合を入れて行かないといけない。 ここはイングリッシュブレックファストというかなりボリューミーなものを出していたのだけど、それがなくなっていた。残念だったけど、代わりに出てきたものもボリューミーで大満足。その他に、パンだけとか、選択肢も増えたので改悪ではなく改善だと思う。ぜひ頑張ってほしいと思うカフェである。

 読んでいる本や映画は今の自分の興味を表しているので、記録しておいたほうがいい。今日借りた本は以下の三冊である。 『フランクル心理学入門』 『ダークツーリズム』 『世界は贈与でできている』 このうち、ダークツーリズムはもう挫折しそう。あとの２つは読んでいきたい。

 最近紙で色々書いていて、それが散らかっていたので今日整理した。まず過去のメモは今見るとほとんど意味のないものだったのでそれらは捨てて、日記とか思ったことは「思ったことファイル」に入れた。後にスキャンしてデジタル化して紙は捨てようかと思う。 その後、今抱えているプロジェクトを、全部タスク化をした。これで今の所やることは見えた。 最近Grit力を鍛えようと思っている。僕の弱点の一つはGrit力が低いことだ。なんでもやってやろうという気持ちがあって、捨てることができない。エッセンシャル思考がないとも言える。 何かをやりたいと思って、それを捨てるためにはどうすればいいか。それは、上位の目標に紐付いているかどうかだと思う。上位の目標に紐付いてなければ捨てて、紐付いていれば取り入れる。端的に言うとWhyを考えるということだな。それで捨てることができるようになる。

 僕は真理を追求したい。今役に立つものよりも、数百年間役に立つものがやりたい。しかし、それは孤独と戦わないといけない。 例えば、患者と接して病気を治す医者は、非常に感謝される。しかし医者が治せる患者の数は限られている。医者が処方する薬を作った人は、例えば二人の医者がその薬を使えば医者よりも二倍人類に貢献している。さらにその病気の原理を追求すれば、その薬や他の薬を作ることができる。更に病気だけでなく、生物的な現象全体を追い求めればあらゆる病気が起こる原因を知ることができる。 しかし、それらは感謝されない。感謝されるとしても、自分が死んだあとに感謝されるかもしれない。医者は毎日のように感謝される。 僕は感謝されたいのだけど、それは捨てる必要がある。孤独を受け入れ、誰にも感謝されずとも自分の信念に向けて突き進んでいかなければならない。 感謝されることを捨てる。

 思いつく限りは博士論文ぐらいか・・・

 『やりたいことをやりなさい』という本の中で、モーニングページが紹介されていた。平たく言うと、A4３ページ文字を書くということで、書くことがなければ「書くことがない」と書く。とにかく３ページ書く。 とにかく文字を埋めないといけないから、強制的に自分と向き合うことになる。アルシュの瞑想だと思う。瞑想だと気が散ってしまう可能性があるが、モーニングページはその暇もない。ということで、モーニングページはおすすめである。

スマホのブラウザをfire fox focuにした。履歴は一瞬で消えるし、クッキーもないから、ブラウザは検索しかできない。そうなると全く面白くない。 まぁそれでいいんだけど。

一日労働8時間だとして、30分区切りにすると16このタスクを設定する必要がある。毎日16個タスクを設定するのは大変。 だから、基本的にタスクは固定したほうがいい。そもそも仕事って一日で終わらないことが多いし。毎日2時間ぐらいはイレギュラーを受け入れるとして、その他の12個は固定すればいいのでは?

一日の労働時間を考えてみた。例えば、睡眠は8時間取るとして、余裕を見て9時間。食事に3時間、風呂に一時間、通勤に一時間、運動に一時間。そうなると残りは8時間で、労働時間は八時間ということになる。 だいたいみんな9時6時で八時間労働だと思うんだけど、残業している人って、一体どこを削ってるんだろう。睡眠時間？睡眠時間を削らないとやっていけないような仕事はやらないほうがいいよ。なんのために生きてるの？

 僕の弱点はGRITスコアが低いことであり、それを高められらば自分は成長できる。 GRITスコアを高めるためには「数年間同じ興味を持つ」というのが重要である。しかし、すぐに興味がなくなるのはなぜだろうか。それは、自分にとっても社会にとってもあまり重要でない興味だったからだと思う。例えば、「貧困をなくす」というテーマだと少なくとも数年間は社会にとって重要なテーマではあり続けると思う。だから、もっと高貴なテーマというのを設定する必要があるのではないかと思う。ただ単にぱっと興味を持つのではなく、熟考して本当にその問題に取り組む必要があるのかを考えたほうがいい。

 僕の最大の弱点はGRITスコアが低すぎることだ。 https://angeladuckworth.com/grit-scale/ GRITスコアは上記のURLから図ることができる。質問から察するに、GRITスコアを高めるには以下のことをしたらいい。 １．古いアイデアが、新しいアイデアに邪魔されないようにする ２．簡単に諦めない ３．ゴールを決めたらそれを動かさない ４．ハードワークである ５．数ヶ月かかるプロジェクトにずっと集中する ６．始めたものは終わらせる ７．毎年興味を変えない ８．諦めない ９．熱しやすく冷めやすく ない １０．がんばる なんか、ちょっと重複してきた気がする。 これをさらにまとめると以下のようになるのかもしれない。 １．数年間同じ興味を持つ ２．諦めない

 とあるイベントで、コーチとして参加したんだけど自分としてはかなり中途半端だった。というか自己採点で５点（１００点満点中）ぐらいだった。 このイベントは高校生の研究のコーチとして参加するんだけど、月に一回のミーティングぐらいしかしなかった。しかも、ちょこちょこあるイベントにはほぼ参加しなかった。自分としてもなんでコーチになったんだろうかと反省するところである。 『エッセンシャル思考』的に考えると、こういうのは最初から辞退することが良かったんだろうな、と思う。

 『GAFA』という本を読んだ。FacebookとGoogleの収益のメインは広告。特にFacebookはパーソナライズ広告を出しやすい。なぜならユーザーが個人情報をバンバン出しているから。 例えば、「年に一回香港の４つ星ホテルに泊まる、神奈川県横浜市二在住の４０代男性」というかなりスペシフィックな同定もFacebookにはできる。 でも、Facebook自体がかなりオワコン化していると思う。そもそも誰も投稿していないし。僕もInstagramを経由して、Facebookにアップをしているが、誰もいいねしてくれない。いや、それは僕の写真がしょぼすぎるからか。 Google もAmazonもパーソナライズはもちろんしている。彼らは営利企業なので、目的は一つ、我々からお金を取ることである。だからお金が惜しいならそれらはあまり使うべきではない。 しかし、そう考えるとこのBloggerというのは全く存在意義がわからないな。Googleがパーソナライズに使っているのならわかるけど、もしそうであるならばユーザーが書きたいという報酬をつけるべきだ。例えば、いいねをつけるとか、ポータルサイトを作って他者のサイトを見やすくしたりとか。ユーザーとしては非常にいいものだと思うけど。

 数年ぶりぐらいに法隆寺に行ってきた。別に用事はないんだけど、特に行くところもないし、三連休だから少しは遠出したほうがいいかなと思って。 いやー素晴らしいですね。

 今回のノーベル生理・医学賞は人類の進化に関する研究で、スバンテ・ペーボ博士が受賞した。僕も進化の研究をしているので、ほんのちょっとだけ繋がりがある。 https://www3.nhk.or.jp/news/special/nobelprize/2022/medicine/article_18.html NHKのニュースに、斎藤成也教授と五條堀孝教授が載っているけど、五條堀先生は私の指導教官で、斎藤先生は副指導教官なのです。

 家にはカレンダーはないのだけど、職場にはカレンダーが飾ってあって、いつも剥がしたあとの紙がもったいないなと思っていた。あんな立派な大きい紙ってなかなかないもんね。そこで月間目標を書くことにした。マインドマップ的に書いて、紙の中心には「１０月の目標」と書きそこから線を引いていく。 一番最初は「健康」。健康って要するに食事・運動・睡眠。睡眠は僕は全く問題ないんだけど、運動はもっと頑張らないといけない。そこで１０月からジムに入ることになった。めちゃくちゃ面倒だけど、投資と思って頑張らないといけない。毎日ジムに行くことを目標にする。 次は「家族」。だけど家族に関しては特にやることはない。 最後は「社会」。要するに仕事ということだけど、この項目が一番多い。というかほぼこれになってしまう。色々やるべきことはあるんだけど、紙の面積って決まってるからそれで制約にはなりそう。 もしカレンダーに目標を書くことがうまくいけば、続けていきたい。

職場の机に、小さなゴミ箱を設置したらものが片付くようになった。紙とか、ポンポン捨てることができて、便利 捨てることはいいことであり、捨てるためには捨てるハードルを極限まで低くする必要がある。なぜなら、捨てるという行為は緊急度が低いので、他の用事と比べて後回しにされがちだからである。

物を減らすというのは選択肢を減らすということでもある。24種類のジャムよりも6種類のジャムのほうがよく売れるというのは有名な話。だからできる限りシンプルにした方がいい。 物を増やすかわりに、自分の能力を身につける・例えば、絵を描く時に、絵の具を混ぜる能力があれば、赤、青、黄色の三色しかいらない。

体重がやばいことになって、ついにジムに入会してしまった。運動習慣がつくまでは続けるつもり。本当は一ヶ月とかでやめたいのだけど、3ヶ月は続けないといけないみたい。面倒だ。 初日は歩いて行って、風呂だけ入って帰った。2日めは今日、30分歩いて風呂に入らずに帰った。めんどうなので、以下にめんどくさくなく続けられるかが勝負。平日プランなので、平日は行くつもり。

利己的な遺伝子論によると、生物は遺伝子を保存するための乗り物である。そうであならば、遺伝子を保存する行動が正しく、保存しない行動は正しくない。自分が持っている遺伝子は、自分が100％で、親や子供は50％、パートナーとは共有はしてないが間接的には関係がある。だから、自分＞家族＞社会の順に大切にしていかないといけない。 まず、自分が何よりも大事。自分というのは要するに健康である。健康に害しない範囲で家族や社会に貢献するのだ。 健康に害しない範囲というのは以下のことだと思う。 ・8時間は睡眠が取れる ・暴飲・暴食をしない ・適度な運動（一何歩） ・出費が多くない これをクリアすると、次は家族と社会に割り当てる。まずは家族。家族のために働くのはいいけど、家族を不幸にさせてはいけない。例えば仕事のストレスでアル中になり、家族に危害を加えることは許されない。社会に貢献するというのはあくまで余剰分で行うべきである。

 労働時間は一日八時間程度だと思う。 一日が24時間、このうち8時間睡眠をすると、準備を含めて9時間は必要。食事を3時間取る、風呂を1時間、寝る前にボーッとする時間を1時間、通勤に一時間

 社会にとっていいことをやっていきたいなと思う。 例えばWikipediaはPublic goodの例である。特定の人に富が集中することを防いでおり、みんなが共同で進めて、だれも損をしない。AmazonやGoogleももう少しでPublic goodになりそうなんだけど、CEOに富と権力が集中するのでよくはない。 お金を払うということはどうなんだろうか。例えば、太陽光だけであれば持続可能であると言える。太陽光だけでエネルギーを取ることなんてできないんだろうか。

 私達は緊急案件というのを甘く見てると思う。緊急案件は、どのような存在であっても悪である。緊急案件をできるだけ少なくしないといけない。