Scanpyで使われるanndataのチュートリアルをやってみる。参考にしたのは以下 https://anndata-tutorials.readthedocs.io/en/latest/getting-started.html import numpy as np import pandas as pd import anndata as ad print (ad.__version__) 10000行、10列のデータフレームを作る n_obs, n_vars = 10000 , 10 X = np.random.random((n_obs, n_vars)) df = pd.DataFrame(X, columns=list('ABCDEFGHIJ'), index=np.arange(n_obs, dtype=int).astype(str)) もう一つメタデータのデータフレームを作る。行数は同じ10000行. obsはobservationの略 obs_meta = pd.DataFrame({ 'time_yr' : np. random .choice([ 0 , 2 , 4 , 8 ], n_obs), 'subject_id' : np. random .choice([ 'subject 1' , 'subject 2' , 'subject 4' , 'subject 8' ], n_obs), 'instrument_type' : np. random .choice([ 'type a' , 'type b' ], n_obs), 'site' : np. random .choice([ 'site x' , 'site y' ], n_obs), }, index=np.arange(n_ob...