anndataのチュートリアル

Scanpyで使われるanndataのチュートリアルをやってみる。参考にしたのは以下

https://anndata-tutorials.readthedocs.io/en/latest/getting-started.html

import numpy as np import pandas as pd import anndata as ad print(ad.__version__)

10000行、１０列のデータフレームを作る

n_obs, n_vars = 10000, 10 X = np.random.random((n_obs, n_vars)) df = pd.DataFrame(X, columns=list('ABCDEFGHIJ'), index=np.arange(n_obs, dtype=int).astype(str))

もう一つメタデータのデータフレームを作る。行数は同じ10000行. obsはobservationの略

obs_meta = pd.DataFrame({        'time_yr': np.random.choice([0, 2, 4, 8], n_obs),        'subject_id': np.random.choice(['subject 1', 'subject 2', 'subject 4', 'subject 8'], n_obs),        'instrument_type': np.random.choice(['type a', 'type b'], n_obs),        'site': np.random.choice(['site x', 'site y'], n_obs),    },    index=np.arange(n_obs, dtype=int).astype(str),    # these are the same IDs of observations as above! )

２つのデータを一つのメタデータにする。ここがanndata

adata = ad.AnnData(df, obs=obs_meta)

データフレームを見たい場合

adata.to_df()

obsを見たい場合

adata.obs

最初の五行を表示

adata[:5,]

メモリーに残す場合は.copy()をする

adata_subset = adata[:5, ].copy()