石川 昌和 | Masakazu Ishikawa | いしかわ まさかず

 AI ネイティブなVS codeとして注目されているCursor。VS code + αなので、VS codeでなくCursorを使えばいいんだけど、やっぱりVS codeに戻ってしまう。 Arc Browserから結局Chromeに戻るようなもので、やっぱり本家にはかなわないという感じがする。

 佐藤健寿さんのときはいつもお面白いけど、今回も面白かった。 １２年 x １２年ぶりのヒンドゥー教のお祭りということで、一億人が聖地に集まるらしい。さらにインドということでカオスなのは容易に想像つくが、やっぱりカオス状態だった。 こういう人生いいなぁ。

eeroというのはAmazonから買えるWifiルーター。大学で買って、Macアドレスが分からなかったから問い合わせた。 大抵こういう問い合わせは、番号で選択肢に何回も答えなくてはならず、その挙句に３０分以上待たされることもある。ただeeroは本当にすぐつながる。さらに質問にもすぐ答えることができて、本当にノーストレスだった。 Wifiルーター買うなら絶対eeroがいい。

 今までChatGPTにくらべて、頼りなかったGeminiだが、2.5 Proは本当に優秀。なんでも答えてくれるし、ちょょっきんのネタにも詳しい。これとDeep Researchを組み合わせればなんでも行ける気がする。

 Geminiが半額だったので、一応課金したのだけど、Proが結構使いにくかった。最新のデータには対応してなかったり、推論を取り入れてなかったり。 それが、今回2.5 Proになり、全部入りで登場。感覚的にもかなり賢くなった気がする。コードも1000行くらいを一気に書いてくれたり。これだと普通のアプリは本当に簡単に作れるな。 Google drive板も良くなったりと、かなり色々アップデートしている。頑張れGoogle.

 https://amufaamo.blogspot.com/2025/01/250104.html もう返したけど。 1. 日本人のためのアフリカ入門 ちくま新書 (読んだ） 2 学問の発見 数学者が語る「考えること・学ぶこと」(読んだ、というか読んだことあった) 3 ヨーロッパ現代史 ちくま新書 （途中まで読んだ） 4 現代アート投資の教科書 知識ゼロからはじめる(読んだ) 以下、読んでない 5 美術手帖∥Ｂ・Ｔ １０８６号 6 数学ガールの物理ノート ニュートン力学 7 ＢＲＵＴＵＳ ４５巻２０号

 現在日本で人口減少していない都道府県は、東京都だけ。ドイツやイギリスも日本より人口が少ないから、適正な人口に落ち着くとは思うのだけど、発展する地域は、限定されるだろう。 東京、大阪、名古屋、この三つは東海道新幹線も通って、発展には問題ない。 次点で、山陽新幹線まで含めると、福岡、広島、岡山の順。故郷の山口は山陽新幹線のメンバーなのだが、正直発展には厳しそう。 さらに次点で、東北新幹線を含めると、仙台 このぐらいの都市が、発展として限界だと思う。 ということで、新幹線から外れるところはどうしても発展は無理だと思う。和歌山、大分、宮崎、山陰など。 そして、四国は新幹線が通ってないばかりか、島で本州からいきずらい。現在橋が架かっているのは、淡路島、瀬戸大橋、しまなみ海道。どれも不便。淡路島は電車とおってないし、しまなみ海道は、尾道今治だし、瀬戸大橋は、岡山高松だけど、一時間ぐらいかかる。 まぁ四国は観光するとかそういうところになっていくんだろうな。

 抗原・抗体特異性の網羅的解析 世界を陸路でつなぐ 共生関係の進化 遺伝子発現量から組織を定義する 生涯研究を続けられる体制を整える 研究をするには大学や研究機関に所属する事が必要であり、これらは業績や年齢によって退職する必要がある。そうではなく、死ぬまで研究をすることができる体制を整える必要があると思う。 四国バイオネットワークを作る

 抗原・抗体特異性の網羅的解析とは、特定の抗体がどの抗原（の一部）に結合するか、または特定の抗原がどの抗体に結合するかを、大規模かつ網羅的に調べる解析のことです。 網羅的解析が必要な理由は、以下の点が挙げられます。 詳細なエピトープマッピング: 抗体が抗原のどの部分（エピトープ）に結合するかを詳細に特定できます。これは、ワクチン開発や抗体医薬品の開発において、最も効果的な抗原部位を特定するために不可欠です。 交差反応性の理解: ある抗体が、本来の標的抗原以外の抗原にも結合してしまう現象（交差反応）を理解するのに役立ちます。これは、自己免疫疾患の発症メカニズムの解明や、抗体医薬品の副作用予測に重要です。 新規抗体の発見と最適化: 疾患に関連する抗原に対する抗体を網羅的に探索し、新たな治療薬や診断薬の候補となる抗体を発見できます。また、既存の抗体の結合特異性を改善するための情報も得られます。 免疫応答の理解: 感染症やワクチン接種後の免疫応答を詳細に解析することで、どのような抗体が産生され、どの抗原を認識しているのかを理解できます。これは、感染症の予防や治療戦略の開発に貢献します。 バイオマーカーの探索: 疾患に特異的な抗体や抗原を同定することで、診断や予後予測に役立つバイオマーカーの探索につながります。 これらの理由から、抗原・抗体特異性の網羅的解析は、基礎免疫学研究だけでなく、医学、薬学、診断薬開発など、幅広い分野で重要な役割を果たしています。 下位プロジェクト

 大串自然公園という景色の良い高台のところにぽつんとあるレストラン。１１時からオープン。僕らは９時ぐらいに到着して、誰もいなかったのでのんびり待っていたのだが、１１時にはもう満席になっていた。超人気店。 大串自然公園は半島の先にあるとても景色のいいところ。晴れてれば瀬戸内海の島島が見える。 そしてそこに一つだけある建物が時の納屋 もちろん景色が売りで、開店からちょっとすると窓が全開になる。窓際の席が最も早く埋まる。 メニューは多くないが、どれもおいしそう。エビフライカレーおいしかった。   ただ、僕が３starをつけたのは、1回行けばいいかなという感じだから。景色自体は、公園から無料で見れるし、食事も特別なことはない。空いていて、ちょっと休憩したいなよ思えばコーヒーを飲みに立ち寄るのはアリだが、わざわざ並ぶ必要はない。1回は行ってもいいと思うけど。

 Arc Browserというブラウザを使っていたけど、結局Google Chromeに戻ってしまった。 理由としては １あらゆるアカウントのパスワードはGoogle Chromeが自動入力してくれる。Arcはできなかった。多分移行できるんだろうけど、それをするのも面倒 ２ Google KeepのChrome拡張が使えない。 という2点。 というかブラウザにそこまで何も求めてないのよ。

結論 2.0 Flash = 2.0 Flash Thinking = Personalization  > Deep Research> 2.0 Pro  2.0 Flash, Flash Thinking, Personalizationの違いがよくわからない。Deep Researchと2.0 Proはだめだった。 質問 FPKM, TPM, CPMをそれぞれ説明してください。さらにSTARでリファレンスゲノムにMappingした複数サンプルのBamファイルからそれぞれの値を計算し、サンプル間で比較するにはどのようなコマンドが必要か書いてください。 2.0 Flash FPKM、TPM、CPMは、RNA-seqデータ解析において遺伝子発現量を定量化し、サンプル間で比較するために一般的に使用される正規化された測定値です。 各測定値の説明 FPKM (Fragments Per Kilobase of exon per Million mapped fragments) : マッピングされた断片数（ペアエンドシーケンスの場合はリードのペア数）を、遺伝子のエクソン長（キロベース）と全マッピング断片数（100万単位）で正規化した値です。 遺伝子の長さとシーケンス深度を考慮しているため、異なる遺伝子間や異なるサンプル間で発現量を比較するのに適しています。 TPM (Transcripts Per Million) : まず遺伝子長でリードカウントを正規化し、次に全トランスクリプトの合計が100万になるように正規化した値です。 FPKMと同様に遺伝子の長さとシーケンス深度を考慮しますが、正規化の順序が異なります。 TPMは、サンプル間のトランスクリプト総量の違いによる影響を受けにくいため、サンプル間の遺伝子発現量比較に適しているとされています。 CPM (Counts Per Million mapped reads) : マッピングされたリード数を全マッピングリード数（100万単位）で正規化した値です。 シーケンス深度のみを考慮し、遺伝子の長さは考慮していません。 主に、同じ遺伝子の発現量を異なるサンプル間で比較する場合に使用されます。 STARでマッピングしたBamファイルからの計算とサンプル間比較 S...