CITE-seqとREAP-seq たんぱく質とmRNAを同時に解析する

創薬の分野では、たんぱく質がターゲットになるが、mRNAのAbundanceとたんぱく質のAbundanceは必ずしも一致しない。NGSを使って、Single cell levelで、mRNAとたんぱく質を同時に解析できる手法が、CITE-seq (cellular indexing of transcriptomes and epitopes by sequencing)と REAP-seq (RNA expression and protein sequencing　assay)である。

どちらも抗体にDNA barcodeをくっつけて、mRNAと一緒にLibraryとして作られる。その結果、fastqには抗体の情報も入り、そのあ細胞の表面にはどの抗体がくっついているかを解析することができる。

両者の違いは、抗体とDNAを結合させる方法である。CITE-seqの場合、抗体はStreptavidinと結合し、Biotinylated DNAが結合する。

REAP-seqの場合、アミノ化したDNAと抗体をくっつけている。