石川 昌和 | Masakazu Ishikawa | いしかわ まさかず

ストックホルム→コペンハーゲン→ハンブルグ

Introduction I started to travel whole countries by using train, bus, ferry. Since I cannot round in one trip, I am now connecting world during holidays. Connecting Europe Connecting Asia

2020年の目標が2019年と全く変わってない 久しぶりに一年前の日記を見てみたけど、なんと2020年の目標が2019年と全く変わってないことが分かった。まいったねー。全く進歩してないってことだよなー。 そもそも目標を忘れてるって時点でアウトだと思うけどね。目標は常に見えるところに置いておくべきだな。

引っ越しをする際、マイナンバーを持っていると簡単になるというが、逆にめんどくさくなっている。 転出の際、郵送でマイナンバーのコピーを送ると、それで転出が完了する。転出証明書を送ってもらう必要がなく、カードに転出の情報が載るようになる。しかし、そのために2回も市役所から電話がかかってきた。まず、マイナンバーで転出していいのかの連絡、次にマイナンバーで転出ができたという連絡。その連絡をするぐらいなら、機械的に紙を郵送すればいいと思うのだけど。そもそもこれって人がやらなくてもいいんじゃないか？ 次に転入。土曜日のときに市役所に行き、マイナンバーで転入をしたのだが、カードに情報を書き込めるのが、月曜日以降になるらしい。ということで、2週間後の土曜日にまた市役所に行くことになる。 そこで転入が完了したのだが、マイナンバーはなぜか3つぐらいパスワードがある。一つ目はカードに入るパスワード（数字4桁）、次に確定申告に使うパスワード（英語と数字）、次にコンビニで住民票を取るためのパスワード（数字4桁）。結局確定申告に使うパスワードを覚えてもらって、パスワードを再設定した。その際は、住所と名前を紙に書いて再発行手続きをする。 うーん、なんかすごく効率的にできそうなのに全く効率的になってないような気がするなあ。人生のほとんどは無駄でできているんだよね。

参考文献 Fastq dataをダウンロード ダウンロード fastq-dump (sra-tools)のインストール fastq-dumpを使ってSRAデータをfastqに変換 fastqをfastaに変換 BlastでヒトのReferenceにアノテーション ヒトのリファレンスをダウンロード Blastをかける 結果を見る Queryとなった、MetatranscriptomeのFastaファイル Blastでヒットした、おそらくヒトのTrnascriptomeだろうというデータ 参考文献 metatranscriptome of human faecal.pdf Fastq dataをダウンロード SRR6451715のみダウンロード ダウンロード wget https://ift.tt/2vnzdHf SRR6451715/SRR6451715.sra fastq-dump (sra-tools)のインストール 今のバージョンだとなぜかうまくいかない 前のバージョンだとうまくいった wget http://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.9.6-1/sratoolkit.2.9.6-1-ubuntu64.tar.gz tar -zxvf sratoolkit.2.9.6-1-ubuntu64.tar.gz fastq-dumpを使ってSRAデータをfastqに変換 fastq-dump SRR6451715.sra fastqをfastaに変換 awk '(NR - 1) % 4 < 2' SRR6451715.fastq | sed 's/@/>/' > SRR6451715.fasta BlastでヒトのReferenceにアノテーション ヒトのリファレンスをダウンロード wget https://ift.tt/2tJP5Uh Blastをかける blastn -query fasta/$1.fasta -db $2 -out blastn_$1_$2_6_1.blast -outfmt 6 -max_target_seqs 1 結果を見る Queryとなった、Metatrans...

休日になると「どこか行かなくては」病が発症する。最近はだいぶ収まってきたけど、今でも一日中家にいるのは耐えられない。 かと言ってどこかに行く予定もないので、近所の民族学博物館に行ってきた。近所って言っても歩くとだいぶかかるんだけど、公共の交通機関でも別に時間は変わらないから歩いていってきた。 『朝枝利男の見たガラパゴス』という特別展をやっているので見に行ったのだけど、実際は特別展というほどのものではなく、小さな企画展だった。なので常設展の料金で入れたけど、一瞬で見終わってしまった。 みんぱく自体はかなり好きで、いつかここで研究したいと思っているのだけど、もう結構行ってるからだいたい見ちゃってるんだよね。 ということで、そそくさとみんぱくをでて、近くのNorth Gardenという新しくできたピザ屋へ。僕のイメージだと、ピザ屋ってデリバリーのチェーン店には勝てない気がする。店の雰囲気はどこもいいんだけどね。 万博公園の近くだから、太陽の塔にちなんだピザがあった。写真は「地底のピザ」。少し辛くて美味しい。 時間がまだあるので、万博公園内に入り、いつか行きたかった太陽の塔の内部に入った。ここはいつも事前に予約をしないといけないところだけど、今日はかなり人が少なかったので、当日券もあった。７６０円ほど。公園の入場料が２３０円だから、かなり高い。でもどうせ一回ぐらいしか入らないしいいか。 中はまず、『地底の顔』という第４の顔が展示してある。実はこれはレプリカで、本物はどっかに行ってしまったそうだ。こんなでかいものがどっかに行くことがあるのか。 次は生命の樹のようなもので、生命の進化を表している。岡本太郎としては結構ありきたりすぎな感じがしないでもないけど、５０年前にこんな展示がしてあったなんてすごいな。 ということで、明日も仕事頑張ろう。

https://jp.illumina.com/systems/sequencing-platforms/miseq/specifications.html ここを参照 MiSeq Reagent Kit v2 Nano MiSeq Reagent Kit v2 Micro MiSeq Reagent Kit v2 MiSeq Reagent Kit v3 100万 400万 1,200万～1,500万 2,200万～2,500万 250bp x 2 150bp x 2 150bp x 2 36bp × 1 25bp × 2 150bp x 2 250bp x 2 75bp × 2 300bp x 2

Amazon Prime Videoでみた。 まぁまぁの映画かな。

コチラ または以下のリンクをご覧ください。 アジア ヨーロッパ アメリカ アフリカ

Compute Engine -> Local PC gcloud compute scp --recurse Name-Name:/home/NAME/hoge.txt C:\Users\hoge\Desktop\ Local PC -> Compute Engine gcloud compute scp C:\Users\hoge\Desktop\hoge.txt NAME:~ Local PC -> Google cloud storage gsutil -o GSUtil:parallel_composite_upload_threshold=150M cp D:\hoge.txt gs://hoge/ Google cloud storage -> Local PC gsutil -o GSUtil:parallel_composite_upload_threshold=150M cp gs://hoge/hoge.txt D:\

Buffer EBの組成

10 mM Tris-Cl, pH 8.5

GoogleCloudPlatform Miniconda Computeengine インストーラーのダウンロード インストーラーは以下にあります。 https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html 今回はVM instanceなのでLinux用のものをインストールします。 wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh インストール ダウンロードしたインストーラーを実行します。 sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh そうすると以下のような画面が表示されます。 Welcome to Miniconda3 4.7.12 ...... エンターを押しまくりましょう。 以下のような画面になると思います。 In order to continue the installation process, please review the license agreement. Please, press ENTER to continue >>> Please answer 'yes' or 'no':' そしたら、yesをタイプしましょう。 次にこのような画面になります。 Miniconda3 will now be installed into this location: /home/NAME/miniconda3 - Press ENTER to confirm the location - Press CTRL-C to abort the installation - Or specify a different location below [/home/NAME/miniconda3] >>> インストールする場所を聞かれているので、そのままでよければエンターを押します。 最後にこのような画面になったら、またyesと入力します。 Do you wish the installer to...

GoogleCloudPlatform Miniconda Computeengine インストーラーのダウンロード インストーラーは以下にあります。 https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html 今回はVM instanceなのでLinux用のものをインストールします。 wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh インストール ダウンロードしたインストーラーを実行します。 sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh そうすると以下のような画面が表示されます。 Welcome to Miniconda3 4.7.12 ...... エンターを押しまくりましょう。 以下のような画面になると思います。 In order to continue the installation process, please review the license agreement. Please, press ENTER to continue >>> Please answer 'yes' or 'no':' そしたら、yesをタイプしましょう。 次にこのような画面になります。 Miniconda3 will now be installed into this location: /home/NAME/miniconda3 - Press ENTER to confirm the location - Press CTRL-C to abort the installation - Or specify a different location below [/home/NAME/miniconda3] >>> インストールする場所を聞かれているので、そのままでよければエンターを押します。 最後にこのような画面になったら、またyesと入力します。 Do you wish the installer to...

Filter paperで安くDNA抽出、ＲＮＡ抽出ができる https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0203011

引用文献 https://www.nature.com/articles/nprot.2016.095 Hisat2のダウンロード OSやバージョンは以下からご確認ください。 https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml 右側のReleaseにあります。 #linux版 wget ftp:// ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip #解凍 unzip hisat2-1.1.0-Linux_x86_64.zip #pathを通す export PATH="$PATH:/ホーム/hisat2-2.1.0" #確認 hisat2 #以下のようなものがアウトプットされればOK No index, query, or output file specified! HISAT2 version 2.1.0 by Daehwan Kim (infphilo@gmail.com, https://ift.tt/2unMT4A) Usage:   hisat2 [options]* -x <ht2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r> | --sra-acc <SRA accession number>} [-S <sam>]   <ht2-idx>  Index filename prefix (minus trailing .X.ht2).   <m1>       Files with #1 mates, paired with files in <m2>.              Could be gzip'ed (extension: .gz) or bzip2'ed (extension: .bz2). Indexをダウンロード Humanなどの場合、以下のウェブサイトにIndexが用意され...

Profile History What I… can speak like hate went try to not to aim(重要かつ緊急でないこと) in 2020 Feb. Mar. Apr. Profile Name: Masakazu Ishikawa 石川 昌和 Date of Birth:  3rd, July, 1985 Gender:  Male Nationality:  Japanese Place of Birth:  Yamaguchi, Japan Current address:  Osaka, Japan History 1985 Jul. 山口県山口市に生まれる 2016 Oct. Karolinska Institutetに入社 2018 Oct. KOTAIバイオテクノロジーズに入社 2019 Dec. 大阪府吹田市に引っ越し Dec. 10x Genomics Certified Service Provider 取得 What I… can speak Japanese (native) English (business) Swahili(conversation) Chinese(a little) like Travel sea meat fruits game science biology microbiology bioinformatics coffee hate tomato hospital alcohol phisics 注射 声の大きい人 went China/Korea/Taiwan/Vietnam/Laos/Thailand/Malaysia/Singapore/Sweden/Finland/Estonia/ try to 自分の人生に責任と権限を持つ 社会に対して自分の価値を最大化する。 私の使命は自分にしか作れない作品を作ること。 他人と比べるのではなく、理想の自分と比べる。 お金を増やすのは目的にはならない。 公平な社会を作る。 情報生産者になる。 Be radical Be pr...