RNA-seq解析ツールKallistoの使い方

Indexの作成 モデル生物に関しては、ここからとれるので必要ない。 https://ift.tt/2TDWChH ラン kallisto quant -i /indexのパス/indexファイル -o /outputのパス/アウトプットのフォルダ名 -b 100 /fastqのパス/Fastqリード１ /fastqのパス/fastqリード2 sh 僕が作ったbashスクリプト ${home}=ホームのパス #$1=reference fasta #$2=fastq file #kallisto \ index \ -i ${home}/kallisto/$1 ${home}/fasta/$1.fasta kallisto quant -i ${home}/kallisto/index/$1.idx \ -o ${home}/kallisto/output/$1_$2 \ -b 100 \ ${home}/fastq/$2_R1_001.fastq.gz \ ${home}/fastq/$2_R2_001.fastq.gz