Hisat2によるRNA-seq

引用文献

https://www.nature.com/articles/nprot.2016.095

Hisat2のダウンロード

OSやバージョンは以下からご確認ください。

https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml

右側のReleaseにあります。

#linux版

wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip

#解凍

unzip hisat2-1.1.0-Linux_x86_64.zip

#pathを通す

export PATH="$PATH:/ホーム/hisat2-2.1.0"

#確認

hisat2

#以下のようなものがアウトプットされればOK

No index, query, or output file specified!

HISAT2 version 2.1.0 by Daehwan Kim (infphilo@gmail.com, https://ift.tt/2unMT4A)

Usage:

  hisat2 [options]* -x <ht2-idx> {-1 <m1> -2 <m2> | -U <r> | --sra-acc <SRA accession number>} [-S <sam>]

  <ht2-idx>  Index filename prefix (minus trailing .X.ht2).

  <m1>       Files with #1 mates, paired with files in <m2>.

             Could be gzip'ed (extension: .gz) or bzip2'ed (extension: .bz2).

Indexをダウンロード

Humanなどの場合、以下のウェブサイトにIndexが用意されている。

https://ccb.jhu.edu/software/hisat2/index.shtml

#hisat2のディレクトリの中にindexのディレクトリを作る

mkdir hisat2-2.1.0/index

#indexに移動

cd hisat2-2.1.0/index

#indexをダウンロード

wget https://cloud.biohpc.swmed.edu/index.php/s/grch38/download

#実はtar.gzファイルなので解凍

tar -zxvf download

#以下のようなアウトプットになる。

grch38/

grch38/genome.5.ht2

grch38/genome.2.ht2

grch38/make_grch38.sh

grch38/genome.3.ht2

grch38/genome.4.ht2

grch38/genome.7.ht2

grch38/genome.1.ht2

grch38/genome.6.ht2

grch38/genome.8.ht2

Mapping

今回はPaired endのFastqファイルをMappingする。

hisat2 \

-x hisat2-2.1.0/index/grch38/genome \ # index

-1 $HISAT2_HOME/example/reads/reads_1.fa \ # read1

-2 $HISAT2_HOME/example/reads/reads_2.fa \ # read2

-S eg2.sam # output