「An ultra high-throughput method for single-cell joint analysis of open chromatin and transcriptome | Nature Structural & Molecular Biology」: https://ift.tt/2rjJS3Q
https://drive.google.com/drive/folders/0B4LgMS7-jiwtYkRiemZaLWZiblk
「An ultra high-throughput method for single-cell joint analysis of open chromatin and transcriptome | Nature Structural & Molecular Biology」: https://www.nature.com/articles/s41594-019-0323-x
「An ultra high-throughput method for single-cell joint analysis of open chromatin and transcriptome | Nature Structural & Molecular Biology」: https://www.nature.com/articles/s41594-019-0323-x
Paired- seqと呼ぶ。
数百万の細胞の、sc RNA-seqとscATAC-seqを同時に行う方法。
open chromatin fragment cDNA moleculeを同時にタグ化する。
次のステップからなる。
- Splitting and poolingをし、複数のLigationをすることにより、DNAのオープンクロマチン領域と、cDNA両方に細胞に固有のバーコードをつける。
- まず、８つのウェルに細胞をそれぞれ入れ、Tn5 Tagmentationを行う。次に、同じラベルをしてある8つのウェルに細胞をそれぞれ入れ、RTを行う。
- 96 wellに細胞をそれぞれ入れ、DNA barcodeをつける。
- それをもう2回、合計3回行う。8 x 96 x 96 x 96 = 7 x 10^6