石川 昌和 | Masakazu Ishikawa | いしかわ まさかず

https://www.niid.go.jp/niid/images/lab-manual/2019-nCoV20200217.pdf ここに書いてある。 新型コロナウイルス（2019-nCoV）の遺伝子領域２か所（open reading flame 1a (ORF1a) ＆ spike (S)）PCRで増幅する。 手順 痰をPBSで溶かし、20000 x g, 30 minで遠心、上清を得る QIAamp Viral RNA Mini KitでウィルスからのRNAを抽出 Reverse Transcription ランダムヘキサマーとoligo dTを使う 1 st PCR 2nd PCR (nested PCR) ここでは1st PCR産物を洗浄せず、1 uL/50 uL加えている 電気泳動でバンドが確認されれば陽性 結構普通のことをやってるんだな。

新型コロナウィルスの影響で、全校が休校になり会社も多くがテレワークになった。マスクも売ってないし、ニュースは一日中コロナウィルスのことをやっているし、なんとなく日本中が暗くなってきたような気がする。なんとなく東日本大震災のほうな雰囲気になってきた。 いろんなものが自粛ムードになり、悪いニュースが多くなる。その次に偽善的な人が出てきて、逆に他の人たちにプレッシャーをかける。なんか雰囲気悪いな。

新型コロナの影響で、ついに政府がテレワーク・休校を要請した。いままでも有識者（笑）たちが休校にしろだのなんとか言ってたけど、そんなの政府でとっくに検討済みで、経済などの影響を元にタイミングを測っていただけだよね。やっぱり責任のない人の意見なんてどうでもいいな。 それはともかく、うちの会社もテレワークを推進するよう言われたらしいけど、まだやってない。アナウンス自体していないから、このままダラダラと普通に仕事しそうな気がする。休校もそうだけど、なんかお祭りみたいでちょっと楽しいからぜひテレワークしたいな。 しかし、うちの会社でテレワークするときに一番影響するのが僕だと思う。僕は会社に行かないとできない仕事をしているから、僕だけ出勤とか嫌だな。 「どこでもできる仕事をする」をテーマにやっているつもりなんだけど、いつの間にか会社じゃないとできない仕事をしているよ。 ってか、マスクみんなつけてるけど、どこに売ってんの？僕も花粉症だし、マスクをつけたいんだけど売ってないんだよね。今日の会議とか、４人中僕を除く３人はマスクをしていたので、僕だけエチケットがなっていない人に思えちゃったよ。マスクって顔を隠すし、一度つけるとくせになってしまうんだよね。

仕事終わりにジムに行って、体重を測ったら１キロ増えてた。実際にふとっtナーと思ったし、心当たりは多くある。最近食べ過ぎなのだ。週末はしゃぶしゃぶ食べ放題、平日はケンタッキー食べ放題、その他に吉野家でご飯をお変わりしたり、週５で外食したり。僕の２０２０年の目標は６５ｋｇになることで、すぐに６６ｋｇになったので余裕だなと思ったけど、すぐ１キロ戻ったよ。 まぁ原因は食べ過ぎだということがわかっているので、外食を控えて運動を今のペースですれば元に戻るような気がする。とりあえず今週（木金）は外食（会社の食堂は除く）を控えよう。そして、金土日は運動をしよう。 しかし体重ってすぐに変わるな。あと体感も結構変わるもんだな。

最近休日にどこも出かけないことが普通になってきている。しかしさすがに３連休どこも行かないというのはいても立ってもいられないので、一日は外出をした。 行ったさきはスパワールド。天王寺にあるスーパー銭湯で、異国な作りになっている。初めて行ったのは高校のときで、このときは友人と３人で泊まった。そのときにすでに寂れていたから、もうないだろうなと思ったけどそれから１０年以上経った今でも続いている。 今月は、男性はヨーロッパゾーン。僕は実はヨーロッパゾーンしか行ったことがないんだよね。５日アジアゾーンに行ってみたい。 お目当ては、お風呂ではなく岩盤浴。僕は最近岩盤浴にはまっていて、近くのスーパー銭湯でも岩盤浴に行っている。スパワールドの岩盤浴は、結構いいのだけどやっぱり人が多いな。平日に行ったほうが正解だと思う。 夜は通天閣近くで、たこ焼きを食べた。ここらへんは串揚げしかないな。 スパワールド以外では、しゃぶしゃぶに行った。いつもは一番安い３０００円ぐらいのものを頼むんだけど、今回は一番高い牛つきのコース。しかもドリンク飲み放題をつけて５０００円になった。たけーな。美味しかったけど、もうしばらくはしゃぶしゃぶはいらないや。 最近暴食気味なので、もうちょっと抑えていかないとな。

自炊は総合的に見ると時間とお金が節約できる 自炊は本当に面倒だけど、長期的な視点から見ればコスパがいい。作る時間と買う時間がかかるけど、自炊をしないと昼食を飼いに行く時間などを考えると総合的にコスパが良くなる。 だから自炊をしよう。

Covit-19 検出マニュアル これが検出マニュアルみたい niid.go.jp/niid/images/lab-manual/2019-nCoV20200217.pdf

Covit-19の取り扱い 国立感染症研究所では以下のように定めているようです。 新型コロナウイルス2019-nCoVの病原体の取り扱いは、BSL3/ABSL3取り扱いとする。 新型コロナウイルス2019-nCoV感染疑い患者由来の臨床検体はBSL2取り扱いとする。 https://www.niid.go.jp/niid/ja/diseases/ka/corona-virus/2019-ncov/9324-2019-ncov.html

「普通の」はOrdinalでは通じない 僕もよく間違って使っていたのだけど、普通のというのを英語で表すときにordinalでは通じないみたいだ。ordinaryが正解らしいけど、これもそこまであってはいないっぽい。 normal とかroutineがよいらしい。 ちなみにこのordinalは僕以外の日本人も使っていたので、日本人がよく間違える単語だと思う。 http://www.best-forward.com/2019/09/ordinalordinary.html

Google driveのファイルをSpreadsheetにリスト化する 以下を参照した。 「【GAS】Google Driveのフォルダ内のファイル名、URLを取得するSpreadSheet 汎用版【コピペプログラミング】」: https://tom2rd.sakura.ne.jp/wp/2019/05/25/post-9280/ 結構すぐできた。

タイトルのことを実践している。これは橋下徹さんの『異端のすすめ』に書かれてあったことである。これを実践することにより、仕事のスピードと仕事の漏れがなくなるということ。 例えば、メールを一度見て処理せずに閉じること。たしかにメールはいっぺんに返したほうが効率がいいと思うかもしれないが、しかし改めて見返すとそれだけで時間がかかる。皿洗いもまとめて洗ったほうが効率がいいと思う。しかし実際は毎食洗ったほうが汚れはすぐ落ちるし手間ではない。 橋下さんの本を読んでから、なるべく 「先送りする理由」がない限り、とにかく今できることはすぐにやる を実践している。その効果は表れていると思う。問題はその気持ちを忘れないこと。Google keepにピンドメしておこう。

殆どの人がそうかもしれないけど、平日はほとんどが職場と家の往復のみ。平日のGoogle mapの軌跡は全く面白くない。僕が外食が好きなのは、職場と家以外の空間を欲しているからだと思う。ジムでもいいんだけど、なんかちょっと違う。漫画喫茶とかでもいいけど、僕はそもそもマンガを読まないし。リラックスするだけではなくて、何か自分のためになる場所があればいいな。 ということで今日はひっさしぶりにスタバに行った。僕の家の近くのスタバはあまり雰囲気が良くない上にいつも混んでるからあまり行かないんだよね。 今日飲んだのはマンゴーパッションなんとかティーというもの。いつもは普通のコーヒーなんだけど、今日は変わったことがしたい気分。スタバでティーを頼むなんて初めてだ。

くっそ寒いな 今日はいつもより一時間早く家を出た。お客さんが来るかと思ったのだが、僕が日にちを勘違いしていて今日は来なかった。 今日は明らかに寝不足である。夜中の３時ぐらいに起きてそれから眠れない。朝７時ぐらいに眠くなるのだが、そのくらいには起きなくてはならないので寝不足のまま仕事に行くことになる。寝不足で忙しいことも相まって、いらいら気味である。 今年は暖冬だけど、ところどころものすごく寒くなる。例えば今日。気温が低い上にかなり強い風邪が吹いていてめちゃくちゃ寒い。帰り際に生協から電話があったのだけど、あるきながら電話していると手がかじかんできた。 今日一時間早く行ったので、一時間早く帰った。そこが裁量労働制のいいところである。ストレス解消にと、鳥貴族に行った。最近無性に鳥貴族に行きたくなる。しかし、よく見ればあまり注文するものがない。もも貴族焼きぐらいしかまともな焼鳥がないな。まぁ焼き鳥なんてそんなもんだろうけど。もうあまり頻繁に行かないかな。鳥貴族って安いからなのか、うるさいんだよね。 運動はもう習慣化したと思う。少なくとも土日はジムで２０分は有酸素運動をやり、家ではリングフィットアドベンチャーをする。リングフィットは時間が１０分ぐらいだしあまり有酸素運動はできていない感じだけど、結構な筋トレになる。もう運動はカレンダーに書かなくてもいいかな。

きちりんさんの本を読むと、持ち家の持つ人は以下の条件に当てはまる必要があるらしい 収入が安定している 持ち家じゃないとできないことがある あまり移動しない。 今の僕は一応正社員なので、１はあてはまるが、２，３は当てはまらない。もちろん持ち家だと色々リフォームとか自分好みに変えたいけど、死んだら終わりだし。僕は死んでも夜に残るものを残したいと思っている。 そして３は致命的にだめ。僕はできれば海外に住みたいと思っているし、現実に数年に一回は引っ越しをしている。どこか行くなら売ればいいじゃないかと思うけど、今ではそれも厳しいらしいし。 ということで、僕は賃貸のほうがいいな。

アベノミクスが成功しているのは、目標の設定がうまいからだと思う。 アベノミクスをかんたんに説明すると、 「2%の インフレ目標 を達成するまでお金を刷り続ける」ということ。これに目標の本質が含まれていると思う。 つまり、達成する目標には以下の点が必要 目標が明確 目標を達成するまでやめない

橋下徹さんの「異端のすすめ」というのを買って読んだ。まだ消化しきれてないが、確かだと思うことをまとめていく。 それは、与えられた仕事は120%でこなすこと。与えられた仕事というのは、世間から受ける自分への評価。自分の評価を高めるためには、それ以上の成果を上げる必要がある。仕事を与えられること自体、普通に考えればレアなことだから、仕事を与えられているだけでラッキーだと思って、それを120%の力でやる。

Youtubeでえがちゃんねるが爆速で登録者数１００万人を超えたそうだ。なぜそんな人気があるのか考えたのだが、やはり「偽悪」というのがキーワードな気がする。わざと悪役を演じる、嫌われものを演じる。しかし、犯罪者と違うのはその根底は世の中を良くしたいとか、みんなを笑わせたいとかそういうポジティブなものがあるからだと思う。 トランプ大統領しかり、橋下徹さんしかり。

月曜日に有給をとったせいか、今日が結構忙しくなった。電話も含めると６つのミーティング。もう喉がカラカラ。 でも社長は僕以上のミーティングをこなし、かつより重要な内容である。僕ぐらいのものがあまりへこたれてはならんな。もっと言えば、安倍総理なんかその１０倍以上の人と会ってるわけだからやはりトップの人は体力がある。体力って大事だな。

去年の７月ぐらいに体重計を買って、測ってみるとなんと72 kg.だいたい自分の体重は65 kgだと思っていたので、びっくりして慌ててジムに入った。 その後、かなりスロースターターではあったが、最低でも週1でジムに入っていた。最初はサウナに入るだけというのも多かったけど、引っ越してジムと家が近くなってきたら気軽に行けるようになり、20分の有酸素運動も積極的にするようになった。 1月になり、Nintendo Switchのリングフィットアドベンチャーを買った。これが楽しくかつきつい運動で、2日に一回ぐらいのペースでやっていた。ジム必要ないんじゃないかと思うけど、今ではその2つを定期的に行っている。 その結果、直近の体重は66 kg.運動したあとだと500 gぐらい減って65.5 kg.今年の目標が体重を65 kgにすることだから、このまま続けば楽に達成できそうだ。 72 kg -> 65 kgということは7 kg位も減量したってことかな。自分では全く感じてないけど。まぁ72 kgというのは多分測定がおかしかっただけだと思うけど、少なくとも筋肉つはついてきた気がする。 筋肉がついてきて、脂肪が落ちてくると運動が楽しくなって、よいスパイラルが築くことができる。この良いスパイラルに行くまでが大変だけど、行ったあとは楽しいね。まだまだ良いスパイラルには入ってない気がするけど、このまま続けば入ってきそうだ。 運動の他に食事制限も必要だと思うけど、僕には無理なようだ。僕の好きな言葉は「焼き肉食べ放題」。食べることというのは僕にとって日常のストレス発散なので、これをやめることはできそうにない。でも、食事制限をしなくても運動で体重が落ちてきているので良しとしようか。 食事制限をするには、美味しいものを食べることが重要なのかもしれない。満腹感で満足感を得るのではなく、味で満足感を得る。こちらのほうが、お金も変わらないし、健康にもいい。さて、それをしてみようか。

Bullet journal まず、タスクの数を減らすことを考える。最大で５つ。それ以外は着手してはならない。 決断の回数を減らす努力をしなければならない。 １．思考の目録を作る まず、紙を一枚用意し、そこに２つの線を描く。 １．１ 最初の列には、いま実際に取り組んでいることを描く １．２ 真ん中の列には取り組むべきことをすべて書き出す。 １．３ 最後の列には取り組みたいことを全てかく ２．時間配分を最適化する タスクを、重要または必要不可欠なものだけ残し、あとはやめる。 次に箇条書きで書く。書く内容は以下の通り ２．１タスク イベント メモ ３．ラピッドロギング まず、トピックを決め、ページ上部に記入する。 ４．コレクション ５．移動 ６．インデックス ７．フゥーチャーログ 来月以降の特定の日付の予定を記入しておく ８．マンスリーログ 今月のタスクと予定 ９．デイリーログ

機械学習 機械学習は以下の３つに分けられる 教師あり学習 教師なし学習 強化学習 教師あり学習 すでに正解のわかってるデータをコンピュータに学習させる方法。以下の２つがある。学習させるということはデータを元に、線を引くこと。 分類 答えが離散値の場合。例えばジムを退会するか・しないかなど。先の引き方は、きれいに分類できる線を引く。 回帰 答えが連続値の場合。例えばジムの利用回数など。きれいに説明できる線を引く。 教師なし学習 学習データを学習させずに、与えられたデータから規則性のある情報を見つけ出す手法。 強化学習 一連の行動に対して報酬を与えて、どのような行動が最も報酬が高くなるかを学習していく手法。

博士号取得者は一度は聞いたことがあるだろうけど、博士号取得者は就職が難しいというのはあながち嘘ではないと思う。 博士号という資格がプラスされただけなのに、なんで難しくなるのか疑問だったが、採用する側になって、その理由がわかってきた。 まず、博士号取得者は、雇うときの給料が違う。派遣会社が派遣する際も、学士＜修士＜博士と、値段が上がってしまう。値段が上がるのであれば、即戦力として働いてもらわなければ困る。各会社でほしい人材というのは決まっているので、それに合致した人でないと受け入れずらくなる。 それに、博士までとって、研究分野と違うところを探しているとなると、どうしても実力がないのではないかとお思ってしまう。 僕も、博士卒業後の就職は難しかった。派遣会社にも籍をおきながらも、自分の研究を継続したいと思っていたのだが、なかなかそうはできず、ギリギリ就職できたぐらい。今は自分の研究を活かせてはいるのだけど、それはたまたまだと思う。 これは結構由々しき問題な気がする。博士号は医師免許よりも時間がかかるのに、医師よりも給料は低く、かつ就職もしづらい。そんな資格取る人がすく新野は当たり前である。その意識をどう変えたらいいのだろう。

僕は生物学者として何をしたいのだろう 僕の役割の一つは生物学者だと思う。でも一体僕は何をしたいのだろうか。 もちろん、細かい目標というのはある。しかし、一生をかけるほどの目標は何だろう。

家の近く、、でもないけど、生活圏内のホテルが、今月いっぱいで賃貸契約がなくなるらしく、そのホテルのバイキングもなくなるのでいってきた。 2500円と、バイキングの中では安いほうだけど、品数少なかったな。さびれた店っていうのは悲しいなぁ。

Magic-BLASTのダウンロード wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast/LATEST/ncbi-magicblast-1.5.0-x64-linux.tar.gz tar -zxvf ncbi-magicblast-1.5.0-x64-linux.tar.gz Human genomeのダウンロード cd ncbi-magicblast-1.5.0 mkdir database cd database wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/H_sapiens/annotation/GRCh38_latest/refseq_identifiers/GRCh38_latest_genomic.fna.gz gzip -d GRCh38_latest_genomic.fna.gz makeblastdb -in GRCh38_latest_genomic.fna -out GRCh38 -parse_seqids -dbtype nucl 実行 fastq, paired-end リファレンスはゲノム、 Queryはトランスクリプトーム magicblast -query reads.fastq -query_mate mates.fastq -db genome -infmt fastq option --no_unaligned # alignされないものは表示しない -out FILE #output file -outfmt sam #outputがsam -outfmt tabular #outputがタブ

あー岩盤浴行きたい

テレビでよくやってる。整うっていう人嫌いだけど。 岩盤浴もそのうち流行りそう。

R Graphical Manualがよい。

まず、Rを起動させる。 source(“ https://bioconductor.org/biocLite.R ”) biocLite()

Minicondaがインストールされていることが前提 conda install -c r r