Magic-BLASTのダウンロード
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast/LATEST/ncbi-magicblast-1.5.0-x64-linux.tar.gz
tar -zxvf ncbi-magicblast-1.5.0-x64-linux.tar.gz
Human genomeのダウンロード
cd ncbi-magicblast-1.5.0
mkdir database
cd database
wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/H_sapiens/annotation/GRCh38_latest/refseq_identifiers/GRCh38_latest_genomic.fna.gz
gzip -d GRCh38_latest_genomic.fna.gz
makeblastdb -in GRCh38_latest_genomic.fna -out GRCh38 -parse_seqids -dbtype nucl
実行
fastq, paired-end
リファレンスはゲノム、 Queryはトランスクリプトーム
magicblast -query reads.fastq -query_mate mates.fastq -db genome -infmt fastq
option
--no_unaligned # alignされないものは表示しない
-out FILE #output file
-outfmt sam #outputがsam
-outfmt tabular #outputがタブ