Quartzseq

Quartz-seqはFull length RNA-seq法の一つ。以下によれば、Smartseqの検出遺伝子数が３０００であるのに対し、Quartzseqの検出遺伝子数は８０００らしい。

https://jp.illumina.com/content/dam/illumina-marketing/apac/japan/documents/pdf/2013_illumina_rna-seq_quartz-seq.pdf

キモはSmartseqと同様に、Template switching.しかし、方法は少し異なる。Smartseqの場合はReverse transcriptaseのTdT活性を利用して、CCCをくっつける。一方quartz seqは一旦cDNA合成をして、改めてTdT enzymeを入れ、AAAをくっつける。

正直、これでなぜ検出遺伝子数が上がるのか僕はわからない。僕の予想ではreverse transcriptaseのTdT活性自体が弱いため、改めてTdT酵素を入れて反応させるQuartzseqのほうがいいのかなと思う。