sraファイルをダウンロードする

NCBIなどにアップロードされたfastqファイルは、sraという形式に変換され、保管されています。論文などにアクセッションナンバーが書かれていることが多いのですが、それをググってもなかなかダウンロードするリンクを見つけることが難しいので、コマンドでダウンロードしたほうが簡単です。

ダウンロード方法

例えば、SRR1234567 というIDのsraファイルをダウンロードするとします。ダウンロードの仕方は以下の通りです。

wget ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR123/
SRR1234567/SRR1234567.sra

SRR/のあとは、IDの最初の三桁のディレクトリ、その後はすべてのIDの数字のディレクトリ、その中に、sraファイルがあります。

また、複数のファイルをダウンロードする場合は以下の通りです。例えばSRR1234567~SRR1234570 までのファイルをダウンロードするとします。

for i in {67..70}
do
wget ftp://ftp-trace.ncbi.nih.gov/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR123/
SRR12345$i/SRR12345$i.sra
done

Prefetchでもできるかもしれないけど

sra-toolkitのprefetchでsraをダウンロードできるらしいのですが、少なくとも僕はできませんでした。一応そのコマンドも書いておきます。

#sra-toolkitのインストール
conda install sra-tools

#prefetch
prefetch SRR1234567